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- PDB-2pjy: Structural basis for cooperative assembly of the TGF-beta signali... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pjy
タイトルStructural basis for cooperative assembly of the TGF-beta signaling complex
要素
  • TGF-beta receptor type-1
  • TGF-beta receptor type-2
  • Transforming growth factor beta-3
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / ternary complex / three finger toxin / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / inferior endocardial cushion morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity, type II / bronchus morphogenesis / uterine wall breakdown / detection of hypoxia / mammary gland morphogenesis / lens fiber cell apoptotic process / growth plate cartilage chondrocyte growth ...positive regulation of tolerance induction to self antigen / positive regulation of B cell tolerance induction / inferior endocardial cushion morphogenesis / transforming growth factor beta receptor activity, type II / bronchus morphogenesis / uterine wall breakdown / detection of hypoxia / mammary gland morphogenesis / lens fiber cell apoptotic process / growth plate cartilage chondrocyte growth / frontal suture morphogenesis / tricuspid valve morphogenesis / activin receptor activity / extracellular structure organization / epicardium morphogenesis / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / embryonic neurocranium morphogenesis / miRNA transport / parathyroid gland development / transforming growth factor beta ligand-receptor complex / membranous septum morphogenesis / regulation of cardiac muscle cell proliferation / type III transforming growth factor beta receptor binding / lung lobe morphogenesis / myofibroblast differentiation / positive regulation of tight junction disassembly / aorta morphogenesis / Langerhans cell differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / negative regulation of macrophage cytokine production / transforming growth factor beta receptor activity / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / ventricular compact myocardium morphogenesis / mesenchymal cell differentiation / cardiac left ventricle morphogenesis / secondary palate development / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / positive regulation of T cell tolerance induction / endocardial cushion fusion / response to laminar fluid shear stress / positive regulation of NK T cell differentiation / positive regulation of vasculature development / activin receptor activity, type I / regulation of epithelial to mesenchymal transition / cardiac epithelial to mesenchymal transition / activin receptor complex / transforming growth factor beta receptor activity, type I / neuron fate commitment / outflow tract septum morphogenesis / positive regulation of extracellular matrix assembly / mammary gland development / myeloid dendritic cell differentiation / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / type II transforming growth factor beta receptor binding / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / pharyngeal system development / activin binding / germ cell migration / regulation of stem cell proliferation / coronary artery morphogenesis / type I transforming growth factor beta receptor binding / activin receptor signaling pathway / SMAD protein signal transduction / embryonic cranial skeleton morphogenesis / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / digestive tract development / regulation of stem cell differentiation / filopodium assembly / glycosaminoglycan binding / cell-cell junction organization / kinase activator activity / response to cholesterol / transforming growth factor beta binding / I-SMAD binding / odontogenesis / aortic valve morphogenesis / negative regulation of chondrocyte differentiation / skeletal system morphogenesis / collagen fibril organization / endothelial cell activation / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / face morphogenesis / endothelial cell proliferation / lens development in camera-type eye / atrioventricular valve morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / embryonic hemopoiesis / positive regulation of filopodium assembly / anterior/posterior pattern specification / artery morphogenesis / trachea formation / lung alveolus development / smoothened signaling pathway / activation of protein kinase activity
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-3 / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / GS domain ...Transforming growth factor beta-3 / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta receptor, type II / Transforming growth factor beta receptor 2 ectodomain / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Transforming growth factor-beta-related / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Cystine-knot cytokine / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-3 proprotein / TGF-beta receptor type-1 / TGF-beta receptor type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Groppe, J. / Zubieta, C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Cooperative assembly of TGF-beta superfamily signaling complexes is mediated by two disparate mechanisms and distinct modes of receptor binding.
著者: Groppe, J. / Hinck, C.S. / Samavarchi-Tehrani, P. / Zubieta, C. / Schuermann, J.P. / Taylor, A.B. / Schwarz, P.M. / Wrana, J.L. / Hinck, A.P.
履歴
登録2007年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta-3
B: TGF-beta receptor type-2
C: TGF-beta receptor type-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6953
ポリマ－33,6953
非ポリマー00
水1629
1
A: Transforming growth factor beta-3
B: TGF-beta receptor type-2
C: TGF-beta receptor type-1

A: Transforming growth factor beta-3
B: TGF-beta receptor type-2
C: TGF-beta receptor type-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3896
ポリマ－67,3896
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area8880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.920, 66.920, 254.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Transforming growth factor beta-3 / TGF-beta-3


分子量: 12734.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10600
#2: タンパク質 TGF-beta receptor type-2 / TGF-beta receptor type II / TGFR-2 / TGF-beta type II receptor / Transforming growth factor-beta ...TGF-beta receptor type II / TGFR-2 / TGF-beta type II receptor / Transforming growth factor-beta receptor type II / TbetaR-II


分子量: 12244.113 Da / 分子数: 1 / Fragment: extracellular domain / Mutation: N42A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37173, receptor protein serine/threonine kinase
#3: タンパク質 TGF-beta receptor type-1 / TGF-beta receptor type I / TGFR-1 / TGF-beta type I receptor / Transforming growth factor-beta ...TGF-beta receptor type I / TGFR-1 / TGF-beta type I receptor / Transforming growth factor-beta receptor type I / TbetaR-I / Serine/threonine-protein kinase receptor R4 / SKR4 / Activin receptor-like kinase 5 / ALK-5


分子量: 8715.943 Da / 分子数: 1 / Fragment: extracellular domain / Mutation: M70S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFBR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P36897, receptor protein serine/threonine kinase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10-20% PEG 3350, 0.4-0.65 M calcium acetate, 0.1-0.25M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 6710 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 75.056 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 3→3.29 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.598 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. measured obs: 17731 / Num. unique all: 1724 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MRRfactor: 0.525 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.267
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å38.35 Å
Translation3 Å38.35 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1KTZ

1ktz


解像度: 3→28.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 63.761 / SU ML: 0.508 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.566 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 312 4.7 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.244 6701 90.43 %-
all-7427 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.645 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20.07 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→28.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2328 0 0 9 2337
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8091.9583264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.645296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.33725.146103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.56915399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.433158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021798
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1520.2934
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.290.21616
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0890.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2430.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1011.51549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.18622456
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.143958
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.2474.5808
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 38 -
Rwork0.353 491 -
obs-529 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.44251.2651.981710.7537-1.20432.23160.1158-0.0723-0.05960.0088-0.14520.67670.3098-0.2540.02940.61710.2118-0.00470.24550.01110.1784-13.4939.751-12.885
25.4893-2.57125.4944.017-1.88938.75820.96390.39820.7434-1.2105-0.29160.86840.9989-0.6442-0.67230.8137-0.0939-0.16040.30550.1050.4862-12.812-12.940.034
33.22514.3224-1.251412.4868-4.55413.39050.2704-0.3088-0.13480.5077-0.421-0.18040.18960.12150.15060.64070.1525-0.10150.3068-0.00140.2161-6.14610.172-7.374
432.249811.616440.32484.184214.52550.42181.1703-0.1358-1.04420.29020.49810.73611.5223-0.5878-1.66841.51910.2416-0.18910.45290.2673-0.1206-4.58133.0684.36
54.32470.60072.88840.286-1.035812.1226-0.84410.03291.1909-0.27630.7373-0.8082-0.19220.65430.10680.8230.1196-0.04450.1985-0.16790.2947-7.62943.436-16.971
67.5661-2.2751-1.74189.2049-1.06216.23620.28820.30820.6632-0.4569-0.1139-0.2627-0.64990.2581-0.17430.56820.0502-0.09170.1791-0.23060.3147-9.69945.835-13.172
79.272-6.0855-3.77748.6272-3.54819.3798-0.1598-0.27621.83760.13340.6143-0.7614-0.94360.5289-0.45440.97550.0192-0.19690.2329-0.42630.5319-8.71252.931-4.969
87.2152-9.117-0.932421.4467-7.74629.8327-0.3552-0.88090.19490.4920.31811.235-0.1545-0.67780.03710.43310.184-0.13390.1886-0.21160.1238-14.80444.393-7.565
91.6044-1.41463.27129.6792-3.665410.27-0.1809-0.1712-0.5597-0.0648-0.1878-0.02370.4261-0.30680.36870.5362-0.1161-0.05710.3144-0.05330.2339-0.25516.27515.592
1015.96662.03033.508911.7998-4.83234.51570.5592-0.1942-0.1448-0.3345-0.66570.48110.34090.12120.10650.5877-0.049-0.190.1121-0.10310.1802-4.83319.9387.043
110.5823-0.24492.2897.3465-4.470310.69640.2156-0.73910.64370.28150.26591.5607-1.453-2.0077-0.48160.970.23040.11240.4977-0.10180.5083-7.21624.28812.723
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA1 - 481 - 48
22AA49 - 6849 - 68
33AA69 - 11269 - 112
44BB20 - 272 - 9
55BB28 - 3810 - 20
66BB39 - 7721 - 59
77BB78 - 11060 - 92
88BB111 - 12693 - 108
99CC10 - 372 - 29
1010CC38 - 6030 - 52
1111CC61 - 8753 - 79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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