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万見
- PDB-2pj5: CRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED PORCINE PANCREATIC CARBOXYPEPTIDAS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pj5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED PORCINE PANCREATIC CARBOXYPEPTIDASE B [((R)-1-Benzyloxycarbonylamino-hexyl)-hydroxy-phosphinoyloxy]-(3-guanidino-phenyl)-acetic acid COMPLEX
要素Carboxypeptidase B
キーワードHYDROLASE / CARBOXYPEPTIDASE B / EXOPEPTIDASE / Phosphinate BASED INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase B / metallocarboxypeptidase activity / cytoplasmic vesicle / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase B, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A ...Carboxypeptidase B, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Zinc carboxypeptidase / Peptidase family M14 domain profile. / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-11B / Carboxypeptidase B
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Adler, M. / Whitlow, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structures of potent selective peptide mimetics bound to carboxypeptidase B.
著者: Adler, M. / Buckman, B. / Bryant, J. / Chang, Z. / Chu, K. / Emayan, K. / Hrvatin, P. / Islam, I. / Morser, J. / Sukovich, D. / West, C. / Yuan, S. / Whitlow, M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of Potent Thiol-Based Inhibitors Bound to Carboxypeptidase B.
著者: Adler, M. / Bryant, J. / Buckman, B. / Islam, I. / Larsen, B. / Finster, S. / Kent, L. / May, K. / Mohan, R. / Yuan, S. / Whitlow, M.
#2: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: 3-Mercaptopropionic acids as efficacious inhibitors of activated thrombin activatable fibrinolysis inhibitor (TAFIa).
著者: Islam, I. / Bryant, J. / May, K. / Mohan, R. / Yuan, S. / Kent, L. / Morser, J. / Zhao, L. / Vergona, R. / White, K. / Adler, M. / Whitlow, M. / Buckman, B.O.
履歴
登録2007年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carboxypeptidase B
B: Carboxypeptidase B
C: Carboxypeptidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,9359
ポリマ－104,2203
非ポリマー1,7166
水14,646813
1
A: Carboxypeptidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3123
ポリマ－34,7401
非ポリマー5722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carboxypeptidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3123
ポリマ－34,7401
非ポリマー5722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Carboxypeptidase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3123
ポリマ－34,7401
非ポリマー5722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.805, 96.145, 135.875
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Carboxypeptidase B


分子量: 34739.859 Da / 分子数: 3 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P09955, carboxypeptidase B
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-11B / (5R,6S,8S)-8-(3-{[AMINO(IMINO)METHYL]AMINO}PHENYL)-6-HYDROXY-3-OXO-5-PENTYL-1-PHENYL-2,7-DIOXA-4-AZA-6-PHOSPHANONAN-9-OIC ACID 6-OXIDE


分子量: 506.489 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H31N4O7P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 813 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: SODIUM CHLORIDE, TRIS, SODIUM CACODYLATE, PEG 8000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年3月12日 / 詳細: SI(111)
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→25 Å / Num. obs: 104480 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.207 / % possible all: 85.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
CNX2005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1Z5R

1z5r


解像度: 1.65→24.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2424375.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.195 4141 4 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.173 104102 98.4 %-
all-104375 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.74 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20 Å2
2--2.79 Å20 Å2
3----3.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å0.05 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→24.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7315 0 108 813 8236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.63
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.961.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.622.5
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 331 3.6 %
Rwork0.188 8747 -
obs--86.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ZN.PARZN.TOP
X-RAY DIFFRACTION4110.PAR110.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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