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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pj1 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED PORCINE PANCREATIC CARBOXYPEPTIDASE B (3-Aminomethyl-phenyl)-[((R)-1-benzyloxycarbonylamino-2-methyl-propyl)-hydroxy-phosphinoyloxy]-acetic acid COMPLEX | ||||||
![]() | Carboxypeptidase B | ||||||
![]() | HYDROLASE / CARBOXYPEPTIDASE B / EXOPEPTIDASE / Phosphinate BASED INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() carboxypeptidase B / metallocarboxypeptidase activity / cytoplasmic vesicle / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Adler, M. / Whitlow, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of potent selective peptide mimetics bound to carboxypeptidase B. 著者: Adler, M. / Buckman, B. / Bryant, J. / Chang, Z. / Chu, K. / Emayan, K. / Hrvatin, P. / Islam, I. / Morser, J. / Sukovich, D. / West, C. / Yuan, S. / Whitlow, M. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures of Potent Thiol-Based Inhibitors Bound to Carboxypeptidase B. 著者: Adler, M. / Bryant, J. / Buckman, B. / Islam, I. / Larsen, B. / Finster, S. / Kent, L. / May, K. / Mohan, R. / Yuan, S. / Whitlow, M. #2: ![]() タイトル: 3-Mercaptopropionic acids as efficacious inhibitors of activated thrombin activatable fibrinolysis inhibitor (TAFIa). 著者: Islam, I. / Bryant, J. / May, K. / Mohan, R. / Yuan, S. / Kent, L. / Morser, J. / Zhao, L. / Vergona, R. / White, K. / Adler, M. / Whitlow, M. / Buckman, B.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 209.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 166.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2piyC ![]() 2pizC ![]() 2pj0C ![]() 2pj2C ![]() 2pj3C ![]() 2pj4C ![]() 2pj5C ![]() 2pj6C ![]() 2pj7C ![]() 2pj8C ![]() 2pj9C ![]() 2pjaC ![]() 2pjbC ![]() 2pjcC ![]() 1z5rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34739.859 Da / 分子数: 3 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.71 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 6.5 詳細: SODIUM CHLORIDE, TRIS, SODIUM CACODYLATE, PEG 8000, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年6月14日 / 詳細: SI(111) |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→20.3 Å / Num. obs: 105850 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.68 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.156 / % possible all: 89.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1Z5R 解像度: 1.64→20.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2458673.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.31 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→20.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.64→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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