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- PDB-2pi4: T7RNAP complexed with a phi10 protein and initiating GTPs. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pi4
タイトルT7RNAP complexed with a phi10 protein and initiating GTPs.
要素
  • 5'-D(*CP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*T)-3'
  • DNA-directed RNA polymerase
キーワードTransferase/DNA / T7 RNA polymerase / initiating nucleotides. / Transferase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated viral transcription / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
T7 RNA polymerase; domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain / Helix Hairpins - #260 / Helix Hairpins - #280 / DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal ...T7 RNA polymerase; domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain / Helix Hairpins - #260 / Helix Hairpins - #280 / DNA-directed RNA polymerase, helix hairpin domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 1. / DNA-directed RNA polymerase N-terminal / DNA-directed RNA polymerase, phage-type / : / DNA-dependent RNA polymerase / Bacteriophage-type RNA polymerase family active site signature 2. / Alpha-Beta Plaits - #370 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Helix Hairpins / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3'-DEOXY-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / T7 RNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kennedy, W.P. / Momand, J.R. / Yin, Y.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Mechanism for de novo RNA synthesis and initiating nucleotide specificity by t7 RNA polymerase.
著者: Kennedy, W.P. / Momand, J.R. / Yin, Y.W.
履歴
登録2007年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: 5'-D(*CP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*A)-3'
P: 5'-D(*TP*AP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*T)-3'
A: DNA-directed RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,4307
ポリマ－109,3673
非ポリマー1,0634
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)224.450, 73.791, 80.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TP

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*GP*TP*AP*TP*TP*A)-3'


分子量: 6732.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*TP*AP*CP*GP*AP*CP*TP*CP*AP*CP*T)-3'


分子量: 4223.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase


分子量: 98410.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
属: T7-like viruses / 遺伝子: 1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00573, DNA-directed RNA polymerase

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非ポリマー , 3種, 133分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GH3 / 3'-DEOXY-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / 3′-dGTP


タイプ: RNA linking / 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris-HCl, 200 mM Li2SO4, 20% PEG 8000, 5% Glycerol, 15 mM magnesium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris-HCl11
2Li2SO411
3PEG 800011
4Glycerol11
5magnesium acetate11
6Tris-HCl12
7Li2SO412
8PEG 800012
9Glycerol12
10magnesium acetate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 46141 / Num. obs: 46141 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 5.2 Å2 / Net I/σ(I): 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1cez

1cez


解像度: 2.5→39.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 497050.59 / Data cutoff high rms absF: 497050.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 1810 4.9 %RANDOM
Rwork0.265 ---
obs0.265 36766 78 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 1646.37 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 64.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.97 Å20 Å20 Å2
2---14.96 Å20 Å2
3----2.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→39.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6803 726 64 129 7722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 191 4.4 %
Rwork0.343 4195 -
obs--56.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION53dGTP.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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