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- PDB-2php: Crystal structure of the C-terminal domain of protein MJ0236 (Y23... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2php
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of protein MJ0236 (Y236_METJA)
要素Uncharacterized protein MJ0236
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Chlorine ion / PSI-2 / 10417a / NYSGXRC / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphooxymethylpyrimidine kinase / hydroxymethylpyrimidine kinase / thiamine phosphate synthase / phosphomethylpyrimidine kinase activity / hydroxymethylpyrimidine kinase activity / thiamine-phosphate diphosphorylase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thiamine-phosphate synthase ThiN / Thiamine-phosphate synthase ThiN / Hydroxymethylpyrimidine kinase/phosphomethylpyrimidine kinase domain / L-fuculose-1-phosphate Aldolase / Class II aldolase/adducin N-terminal domain / Pyridoxamine kinase/Phosphomethylpyrimidine kinase / Phosphomethylpyrimidine kinase / Class II aldolase/adducin N-terminal domain superfamily / Ribokinase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional thiamine biosynthesis protein ThiDN
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal domain of protein MJ0236 (Y236_METJA)
著者: Eswaramoorthy, S. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2007年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein MJ0236
B: Uncharacterized protein MJ0236
D: Uncharacterized protein MJ0236
E: Uncharacterized protein MJ0236
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,75813
ポリマ－87,4394
非ポリマー3199
水5,945330
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area31470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.077, 112.141, 67.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein MJ0236


分子量: 21859.711 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 240-420 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
生物種: Methanocaldococcus jannaschii / 株: DSM 2661, JAL-1, JCM 10045, NBRC 100440 / 遺伝子: MJ0236 / プラスミド: pSGX3(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57688
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% PEG6000, 2.0M Sodium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. all: 63779 / Num. obs: 63779 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Num. unique all: 5451 / % possible all: 83.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.03→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Residues listed as missing in Remark 465 are due to lack of electron density. Residues with missing atoms listed in Remark 470 are due to lack of electron density for side chains and modeled as alanines.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 2397 -RANDOM
Rwork0.2162 ---
all0.2162 59523 --
obs0.2162 59523 89.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.57 Å20 Å29.93 Å2
2---14.08 Å20 Å2
3---1.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5770 0 9 330 6109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 138 -
Rwork0.3 --
obs-3122 59.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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