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万見
- PDB-2phn: Crystal structure of an amide bond forming F420-gamma glutamyl li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2phn
タイトルCrystal structure of an amide bond forming F420-gamma glutamyl ligase from Archaeoglobus fulgidus
要素F420-0:gamma-glutamyl ligase
キーワードLIGASE / gamma-glutamyl ligase / coenzyme F420 biosynthesis / amide bond forming enzyme / metal dependent / new fold / GDP binding / MCSG / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme F420-0:L-glutamate ligase / coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase / coenzyme F420-0:L-glutamate ligase activity / coenzyme F420-1:gamma-L-glutamate ligase activity / F420-0 metabolic process / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CofE-like / CofE-like fold / CofE-like domain / Coenzyme F420:L-glutamate ligase, archaeal / Coenzyme F420:L-glutamate ligase-like domain / Coenzyme F420:L-glutamate ligase / F420-0:Gamma-glutamyl ligase / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Coenzyme F420:L-glutamate ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Nocek, B. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure of an Amide Bond Forming F(420):gammagamma-glutamyl Ligase from Archaeoglobus Fulgidus - A Member of a New Family of Non-ribosomal Peptide Synthases.
著者: Nocek, B. / Evdokimova, E. / Proudfoot, M. / Kudritska, M. / Grochowski, L.L. / White, R.H. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32011年10月19日Group: Derived calculations
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月27日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn / struct_conn_type
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT ASSEMBLY HAS BEEN CONFIRMED BY GEL FILTRATION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F420-0:gamma-glutamyl ligase
B: F420-0:gamma-glutamyl ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,20817
ポリマ－55,5262
非ポリマー1,68315
水10,377576
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12020 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.367, 98.367, 94.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 F420-0:gamma-glutamyl ligase


分子量: 27762.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
生物種: Archaeoglobus fulgidus / 株: DSM 4304, VC-16, JCM 9628, NBRC 100126 / 遺伝子: cofE, AF_2256 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Gold
参照: UniProt: O28028, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

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非ポリマー , 6種, 591分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate, 25% PEG 5000 MME, 10 mM GDP, MnCl2, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→40 Å / Num. all: 99727 / Num. obs: 99727 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.69 / Num. unique all: 4897 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2G9I

2g9i


解像度: 1.35→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 1.678 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18997 4973 5 %RANDOM
Rwork0.1603 ---
all0.164 99727 --
obs0.16179 94754 98.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.446 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å20 Å20 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3809 0 98 576 4483
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5642.0195804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9553.0027300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2355574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.18723.73185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.47215780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5151545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02858
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.23390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.22120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22388
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2480.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3330.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4931.52863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5811.51089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.00924319
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.62931706
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7034.51466
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.30637965
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.9613590
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.23837162
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 363 -
Rwork0.164 6863 -
obs--97.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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