PDB-2pgz: Crystal structure of Cocaine bound to an ACh-Binding Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pgz

タイトル

Crystal structure of Cocaine bound to an ACh-Binding Protein

要素

Soluble acetylcholine receptor

キーワード

CHOLINE-BINDING PROTEIN / non-competitive inhibitors / nicotinic acetycholine receptors / acetycholine-binding protein / benzodiazepine / galanthamine / cocaine / CHOLINE BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aplysia californica (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Hansen, S.B. / Taylor, P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Galanthamine and non-competitive inhibitor binding to ACh-binding protein: evidence for a binding site on non-alpha-subunit interfaces of heteromeric neuronal nicotinic receptors.
著者: Hansen, S.B. / Taylor, P.

履歴

登録	2007年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: software / struct_keywords / Item: _struct_keywords.text
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pgz.cif.gz	255.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pgz.ent.gz	205.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pgz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2pgz_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pgz_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	2pgz_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	2pgz_validation.cif.gz	42.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/2pgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/2pgz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ph9C 2bynS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sio-1 3sio-2 4dbm-d 2wn9-d 2wnj-d 3gua-2 3t4m-2 3gua-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Soluble acetylcholine receptor

B: Soluble acetylcholine receptor

C: Soluble acetylcholine receptor

D: Soluble acetylcholine receptor

E: Soluble acetylcholine receptor

ヘテロ分子

133 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.822, 115.589, 130.879
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	Soluble acetylcholine receptor 分子量: 26212.105 Da / 分子数: 5 / 断片: residues 18-236 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物) 遺伝子: synthetic 細胞株 (発現宿主): 293S N-acetylglucosaminyltransferase I deficient 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WSF8

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1146分子

#3: 化合物	ChemComp-COC / COCAINE / コカイン分子量: 303.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁NO₄ / コメント: alkaloid*YM
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.88 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Tris-HCL 10% (w/v) PEG 400, 15% (w/v) PEG 1000, 2ul drop, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	296	1
2	296	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.2.1	1	1
シンクロトロン	APS	19-ID	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器
ADSC QUANTUM 210	1	CCD
ADSC QUANTUM 210	2	CCD

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2		1

反射

解像度: 1.76→50 Å / Num. all: 130088 / Num. obs: 130088 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.057 / R_sym value: 0.05 / Net I/σ(I): 17.7

反射シェル

解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / R_sym value: 0.428 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2BYN, Apo Aplysia AChBP

2byn

解像度: 1.76→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.615 / SU ML: 0.068 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21018	1314	1 %	RANDOM
R_work	0.17996	-	-	-
obs	0.18026	128685	99.5 %	-
all	-	129999	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.491 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8421	0	155	1141	9717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	9000
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.254	1.968	12286
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.208	5	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.579	24.5	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.384	15	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.923	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1378
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6860
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	4024
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	6186
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.23	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.79	1.5	5531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.227	2	8785
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.849	3	3993
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.776	4.5	3473
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.806 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	99	-
R_work	0.255	9006	-
obs	-	-	94.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5598	-0.1009	-0.0467	0.9064	-0.0499	0.546	0.0238	-0.0499	-0.0102	-0.0144	0.0272	0.1922	-0.003	-0.1067	-0.051	-0.0854	-0.0008	0.0049	-0.0661	-0.0063	-0.0345	-17.3916	5.5223	68.2541
2	0.7452	0.2476	0.2021	0.7369	-0.1069	1.0707	-0.017	0.0025	0.1592	0.0153	0.0053	0.1205	-0.1801	-0.0072	0.0117	-0.0554	0.011	0.0023	-0.1008	-0.0235	-0.0258	2.0831	24.3514	63.4665
3	0.5191	-0.0955	0.0485	0.7471	-0.0601	1.4007	0.0416	0.0419	0.103	-0.0387	-0.0214	-0.213	0.0045	0.2383	-0.0202	-0.0989	-0.0057	0.0294	-0.0317	0.0102	-0.0365	26.1593	10.9633	61.9098
4	0.6438	0.1571	-0.06	0.923	0.1212	0.9578	-0.0274	0.0387	-0.0966	-0.0511	0.0383	-0.1554	0.1313	0.0909	-0.0108	-0.0456	0.0479	0.0101	-0.0579	-0.0182	-0.0633	21.3022	-15.7723	66.3358
5	0.8522	0.366	0.3844	0.7639	0.2902	1.1026	0.0369	-0.0075	-0.1009	0.0012	0.031	0.0222	0.1351	-0.0647	-0.0678	-0.0253	-0.02	-0.0082	-0.0918	-0.0024	-0.071	-5.6315	-19.1595	70.307
6	8.9063	-9.9797	2.9208	11.1824	-3.2728	0.9579	-0.5522	0.2089	-0.4114	-0.2289	-0.0295	-1.0347	-0.2553	0.2015	0.5818	-0.0091	-0.0071	0.0358	-0.0071	0.0464	0.002	-10.9304	21.8209	63.284
7	9.8894	-1.0178	-5.2915	2.7188	-0.6085	5.1737	-0.0977	0.9451	0.0502	-0.7926	0.2912	0.6121	0.5118	-1.868	-0.1934	0	0.0006	0.0001	0	0.0003	0.0001	-3.7779	24.8016	47.5131
8	2.0334	-8.6227	7.2031	80.178	-62.6326	49.1241	0.2539	0.6574	0.0677	-0.8502	-1.2855	-1.6096	0.8285	1.566	1.0316	0.0005	-0.0002	0.0007	0.0007	-0.001	-0.0012	25.9515	31.463	34.4077
9	132.2505	76.7712	-14.4856	223.3764	-35.4605	119.1973	-0.09	0.306	-0.2246	1.0532	-0.6298	-0.4179	1.3367	-1.7948	0.7198	0.0043	-0.0044	0.0025	0.0062	0.002	0.0058	6.0126	-25.275	67.8582
10	15.8039	-24.4823	-17.4512	44.5767	31.0551	21.7013	0.016	0.0419	0.1	-0.1187	-0.1127	0.0125	0.0142	0.0879	0.0968	-0.0001	0.0004	0.0002	-0.0003	-0.0011	0.0011	-19.9957	-9.7917	69.472
11	2.4278	0.6737	0.9145	24.6204	-1.2553	11.0472	0.1494	0.3676	-0.5316	-0.8361	-0.2182	-0.0996	0.3947	0.2346	0.0687	-0.0298	-0.0026	-0.0501	-0.0242	-0.0711	-0.0379	-17.8643	-15.383	44.0605
12	21.5447	10.0487	3.6482	13.6468	4.11	13.2319	-0.6702	1.054	-0.659	0.3958	0.6544	0.8844	0.8619	-1.1509	0.0158	-0.0006	0.0003	-0.0012	0.0004	-0.0004	0.0001	-17.6843	12.6741	40.208
13	7.6022	-7.0987	0.3845	14.3037	3.1521	10.9031	0.0549	0.5502	-0.052	-0.3629	-0.3785	0.4141	-0.1889	-0.7035	0.3236	-0.0268	0.0039	0.0512	0.0391	0.0059	-0.1412	11.2841	18.7201	35.6612
14	12.0142	21.4528	-10.2115	38.317	-18.035	12.524	-0.3563	0.6973	0.3119	-0.573	0.5867	-0.0182	0.0904	-0.5305	-0.2304	0.0459	0.0719	0.124	0.0684	0.0735	0.0108	27.5941	-2.8269	35.8816
15	55.8562	-15.6199	-14.0104	14.9954	8.5031	19.5363	0.4915	2.7233	0.8179	-0.093	-0.202	-1.9748	-0.6655	0.6139	-0.2895	0.0004	0.0008	-0.0002	0	-0.0008	-0.0004	9.5929	-26.7585	42.5812
16	0.5379	0.0141	0.0546	0.6008	-0.0268	0.3948	0.0037	-0.0012	0.023	-0.0036	0.0021	0.0028	0.0178	0.0235	-0.0057	0.039	0.0039	0.0026	0.0345	-0.0182	0.0273	5.2328	2.5473	65.5829

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	20 - 207	29 - 216
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	20 - 213	29 - 222
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	20 - 207	29 - 216
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	20 - 207	29 - 216
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	20 - 207	29 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	H	401
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	F - J	402 - 403
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	K	407
9	X-RAY DIFFRACTION	8	C	G	402 - 406
10	X-RAY DIFFRACTION	9	D	I	401
11	X-RAY DIFFRACTION	10	E	L	403
12	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	-5 - 17	4 - 26
13	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	-5 - 15	4 - 24
14	X-RAY DIFFRACTION	13	C	C	-4 - 19	5 - 28
15	X-RAY DIFFRACTION	14	D	D	-8 - 17	1 - 26
16	X-RAY DIFFRACTION	15	E	E	-5 - 15	4 - 24
17	X-RAY DIFFRACTION	16	C	O	408 - 637

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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