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- PDB-2pgr: Crystal structure of adenosine deaminase from Plasmodium vivax in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pgr
タイトルCrystal structure of adenosine deaminase from Plasmodium vivax in complex with pentostatin
要素adenosine deaminaseアデノシンデアミナーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Metallo-dependent hydrolase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / MSGPP / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


S-methyl-5'-thioadenosine deaminase / 5'-methylthioadenosine deaminase activity / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / アデノシンデアミナーゼ / adenosine deaminase activity / purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / purine ribonucleoside salvage / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Adenosine/AMP deaminase active site / Adenosine and AMP deaminase signature. / Adenosine deaminase domain / アデノシンデアミナーゼ / Adenosine/adenine deaminase / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アセトニトリル / 2'-DEOXYCOFORMYCIN / アデノシンデアミナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structures of substrate- and inhibitor-bound adenosine deaminase from a human malaria parasite show a dramatic conformational change and shed light on drug selectivity.
著者: Larson, E.T. / Deng, W. / Krumm, B.E. / Napuli, A. / Mueller, N. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Lauricella, A. / DeTitta, G. / Luft, J. / Zucker, F. / Hol, W.G. / Verlinde, C.L. / Merritt, E.A.
履歴
登録2007年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年9月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 999SEQUENCE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT DATABASE AT THE TIME OF ...SEQUENCE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT DATABASE AT THE TIME OF DEPOSITION. THE SEQUENCE INFORMATION IS AVAILABLE AT PLASMODB, THE AUTHORITATIVE SEQUENCE REPOSITORY FOR PLASMODIUM SPECIES, WITH ACCESSION CODE PV111245. DUE TO CLONING PROCESS, THE CRYSTALLIZED POLYPEPTIDE HAS ADDITION OF AN UNCLEAVABLE N-TERMINAL HIS TAG (RESIDUES -7 TO 0).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: adenosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8935
ポリマ－43,4771
非ポリマー4164
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.488, 146.386, 50.034
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 adenosine deaminase / アデノシンデアミナーゼ


分子量: 43477.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
遺伝子: Pv111245 / プラスミド: BG1861 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5KE01, アデノシンデアミナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DCF / 2'-DEOXYCOFORMYCIN / ペントスタチン / ペントスタチン


分子量: 268.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N4O4 / コメント: 抗がん剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CCN / ACETONITRILE / アセトニトリル / アセトニトリル


分子量: 41.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3N
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 33% PEG 20000, 0.1 M TAPS (pH 9.0), 0.1 M Sodium phosphate (monobasic), 16% acetonitrile, 5 mM adenosine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91722 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91722 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 23772 / Num. obs: 23772 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 0.874 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 3.09 / Num. unique all: 2375 / Χ2: 0.926 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2PGF

2pgf


解像度: 2.3→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 10.06 / SU ML: 0.126 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS GROUPS WERE DEFINED USING THE TLSMD SERVER: J.PAINTER & E.A.MERRITT (2006) ACTA CRYST. D62, 439-450, J.PAINTER & E.A.MERRITT (2006) J. ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS GROUPS WERE DEFINED USING THE TLSMD SERVER: J.PAINTER & E.A.MERRITT (2006) ACTA CRYST. D62, 439-450, J.PAINTER & E.A.MERRITT (2006) J.APPL.CRYST. 39, 109-111. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1171 4.9 %RANDOM
Rwork0.168 ---
all0.171 ---
obs0.171 23771 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.985 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å20 Å20 Å2
2---1.77 Å20 Å2
3---0.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2915 0 26 110 3051
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223039
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8831.974101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.783.0015028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2915366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.48325.405148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.67815565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.601158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02591
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.2657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1630.22171
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21525
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.21444
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0980.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0940.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1740.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1020.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4582.52336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3242.5732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7153.752938
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.56841400
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.49661163
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.362 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 104 -
Rwork0.207 1613 -
obs-1717 98.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.0455-0.9754-4.37633.15760.51185.5888-0.27230.7243-0.4695-0.21670.06540.32250.2635-0.67260.2069-0.0133-0.070.00730.0608-0.10860.15495.0777.24224.605
21.1763-0.4224-0.09642.07620.11060.9832-0.04290.0015-0.20570.3905-0.0628-0.03980.06370.09080.10570.1305-0.04250.040.06170.00420.079124.6759.6935.856
31.4881-0.79750.53145.1247-0.69171.51350.0603-0.33780.03591.03930.0179-0.04030.28790.0871-0.07830.3098-0.0653-0.02980.07280.0255-0.044930.00315.04548.45
41.86280.7850.88832.9470.9461.87870.03960.1298-0.25330.10850.0437-0.32190.14680.2387-0.08330.0543-0.00310.03090.05510.00340.072434.20811.29228.316
50.8531.3773-0.89454.57043.04999.5459-0.03690.0572-0.0168-0.00880.1757-0.198-0.07770.2882-0.13880.034-0.01960.01830.07110.02350.099839.9625.91629.409
61.82920.6354-0.73932.11270.56352.5032-0.02930.0550.1607-0.0131-0.05430.0314-0.30370.13550.08360.1053-0.0618-0.01580.03240.0160.044928.32435.17530.44
76.8804-2.0794-0.01732.39240.037620.01820.14120.18981.0013-0.15550.1227-0.01-0.44180.1572-0.2640.0987-0.0038-0.0625-0.0920.01810.231114.00740.39327.938
81.217-0.24010.44682.8753-0.43961.6485-0.0041-0.03710.02710.2966-0.09710.3644-0.1422-0.13970.10130.0738-0.03950.05980.0623-0.03950.086215.5624.09934.753
92.93610.613-0.90983.9752-0.83110.8696-0.01580.3508-0.1615-0.3738-0.10.3116-0.1275-0.11910.11580.0353-0.0273-0.03290.0862-0.06550.082513.54119.0121.997
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
115 - 2813 - 36
2229 - 6437 - 72
3365 - 9973 - 107
44100 - 167108 - 175
55168 - 194176 - 202
66195 - 258203 - 266
77259 - 269267 - 277
88270 - 322278 - 330
99323 - 363331 - 371

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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