PDB-2pgr: Crystal structure of adenosine deaminase from Plasmodium vivax in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pgr

タイトル

Crystal structure of adenosine deaminase from Plasmodium vivax in complex with pentostatin

要素

adenosine deaminase

キーワード

HYDROLASE / Metallo-dependent hydrolase / Structural Genomics / Medical Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / MSGPP / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP / PSI / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

S-methyl-5'-thioadenosine deaminase / 5'-methylthioadenosine deaminase activity / adenosine deaminase / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / adenosine deaminase activity / purine ribonucleoside salvage / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium vivax (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Larson, E.T. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structures of substrate- and inhibitor-bound adenosine deaminase from a human malaria parasite show a dramatic conformational change and shed light on drug selectivity.
著者: Larson, E.T. / Deng, W. / Krumm, B.E. / Napuli, A. / Mueller, N. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Lauricella, A. / DeTitta, G. / Luft, J. / Zucker, F. / Hol, W.G. / Verlinde, C.L. / Merritt, E.A.

履歴

登録	2007年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年9月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 999

SEQUENCE THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT DATABASE AT THE TIME OF ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pgr.cif.gz	90.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pgr.ent.gz	68.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pgr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2pgr_validation.pdf.gz	800.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pgr_full_validation.pdf.gz	801 KB	表示
XML形式データ	2pgr_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	2pgr_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/2pgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/2pgr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pgfSC 2qvnC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4qa2-2 2pgf-d 2zun-2 3qho-2 3qho-1 6hsk-1 3w6l-3 2d8l-d 3qhm-2 2qvn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pviv005676AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: adenosine deaminase

ヘテロ分子

43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.488, 146.386, 50.034
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	adenosine deaminase 分子量: 43477.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア病原虫) 遺伝子: Pv111245 / プラスミド: BG1861 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5KE01, adenosine deaminase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-DCF / 2'-DEOXYCOFORMYCIN / ペントスタチン分子量: 268.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆N₄O₄ / コメント: 抗がん剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-CCN / ACETONITRILE / アセトニトリル分子量: 41.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃N
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 33% PEG 20000, 0.1 M TAPS (pH 9.0), 0.1 M Sodium phosphate (monobasic), 16% acetonitrile, 5 mM adenosine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91722 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月28日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Double Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91722 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 23772 / Num. obs: 23772 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 32.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / Χ²: 0.874 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 3.09 / Num. unique all: 2375 / Χ²: 0.926 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2PGF

2pgf

解像度: 2.3→37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 10.06 / SU ML: 0.126 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. TLS GROUPS WERE DEFINED USING THE TLSMD SERVER: J.PAINTER & E.A.MERRITT (2006) ACTA CRYST. D62, 439-450, J.PAINTER & E.A.MERRITT (2006) J. ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22	1171	4.9 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
all	0.171	-	-	-
obs	0.171	23771	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.985 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2915	0	26	110	3051

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	3039
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.883	1.97	4101
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.78	3.001	5028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.291	5	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.483	25.405	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.678	15	565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.601	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	450
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3350
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	657
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.163	0.2	2171
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	1444
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.098	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.094	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.174	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.102	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.458	2.5	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.324	2.5	732
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.715	3.75	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.568	4	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.496	6	1163

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.362 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.237	104	-
R_work	0.207	1613	-
obs	-	1717	98.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0455	-0.9754	-4.3763	3.1576	0.5118	5.5888	-0.2723	0.7243	-0.4695	-0.2167	0.0654	0.3225	0.2635	-0.6726	0.2069	-0.0133	-0.07	0.0073	0.0608	-0.1086	0.1549	5.077	7.242	24.605
2	1.1763	-0.4224	-0.0964	2.0762	0.1106	0.9832	-0.0429	0.0015	-0.2057	0.3905	-0.0628	-0.0398	0.0637	0.0908	0.1057	0.1305	-0.0425	0.04	0.0617	0.0042	0.0791	24.675	9.69	35.856
3	1.4881	-0.7975	0.5314	5.1247	-0.6917	1.5135	0.0603	-0.3378	0.0359	1.0393	0.0179	-0.0403	0.2879	0.0871	-0.0783	0.3098	-0.0653	-0.0298	0.0728	0.0255	-0.0449	30.003	15.045	48.45
4	1.8628	0.785	0.8883	2.947	0.946	1.8787	0.0396	0.1298	-0.2533	0.1085	0.0437	-0.3219	0.1468	0.2387	-0.0833	0.0543	-0.0031	0.0309	0.0551	0.0034	0.0724	34.208	11.292	28.316
5	0.853	1.3773	-0.8945	4.5704	3.0499	9.5459	-0.0369	0.0572	-0.0168	-0.0088	0.1757	-0.198	-0.0777	0.2882	-0.1388	0.034	-0.0196	0.0183	0.0711	0.0235	0.0998	39.96	25.916	29.409
6	1.8292	0.6354	-0.7393	2.1127	0.5635	2.5032	-0.0293	0.055	0.1607	-0.0131	-0.0543	0.0314	-0.3037	0.1355	0.0836	0.1053	-0.0618	-0.0158	0.0324	0.016	0.0449	28.324	35.175	30.44
7	6.8804	-2.0794	-0.0173	2.3924	0.0376	20.0182	0.1412	0.1898	1.0013	-0.1555	0.1227	-0.01	-0.4418	0.1572	-0.264	0.0987	-0.0038	-0.0625	-0.092	0.0181	0.2311	14.007	40.393	27.938
8	1.217	-0.2401	0.4468	2.8753	-0.4396	1.6485	-0.0041	-0.0371	0.0271	0.2966	-0.0971	0.3644	-0.1422	-0.1397	0.1013	0.0738	-0.0395	0.0598	0.0623	-0.0395	0.0862	15.56	24.099	34.753
9	2.9361	0.613	-0.9098	3.9752	-0.8311	0.8696	-0.0158	0.3508	-0.1615	-0.3738	-0.1	0.3116	-0.1275	-0.1191	0.1158	0.0353	-0.0273	-0.0329	0.0862	-0.0655	0.0825	13.541	19.01	21.997

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	5 - 28	13 - 36
2	2	29 - 64	37 - 72
3	3	65 - 99	73 - 107
4	4	100 - 167	108 - 175
5	5	168 - 194	176 - 202
6	6	195 - 258	203 - 266
7	7	259 - 269	267 - 277
8	8	270 - 322	278 - 330
9	9	323 - 363	331 - 371

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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