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- PDB-2pff: Structural Insights of Yeast Fatty Acid Synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pff
タイトルStructural Insights of Yeast Fatty Acid Synthase
要素
  • Fatty acid synthase subunit alpha
  • Fatty acid synthase subunit beta
  • Tail protein
キーワードTRANSFERASE / Fatty acid synthase / acyl-carrier-protein / Beta-ketoacyl reductase / Beta-ketoacyl synthase / dehydratase / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase / acetyltransferase / malonyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acyl-CoA synthase system / fatty acid synthase complex / fatty-acyl-CoA synthase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / : / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity ...fatty-acyl-CoA synthase system / fatty acid synthase complex / fatty-acyl-CoA synthase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / : / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid synthase activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / lipid droplet / magnesium ion binding / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2430 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1850 / Alpha-Beta Plaits - #10 / Alpha-Beta Plaits / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase subunit beta, insertion domain / Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain ...Alpha-Beta Plaits - #2430 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1850 / Alpha-Beta Plaits - #10 / Alpha-Beta Plaits / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase subunit beta, insertion domain / Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain / Fatty acid synthase subunit alpha Acyl carrier domain / : / Fatty acid synthase type I, helical / : / Fatty acid synthase type I helical domain / Fatty acid synthase / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / N-terminal of MaoC-like dehydratase / N-terminal half of MaoC dehydratase / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Other non-globular / HotDog domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Helix non-globular / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Special / Aldolase-type TIM barrel / Alpha-Beta Plaits / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Xiong, Y. / Lomakin, I.B. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Structural Insights of Yeast Fatty Acid Synthase
著者: Xiong, Y. / Lomakin, I.B. / Steitz, T.A.
履歴
登録2007年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE THE AUTHORS REPORTED THAT THE RESIDUES LABELED UNK IN ALL CHAINS COULD NOT BE ACCURATELY ...SEQUENCE THE AUTHORS REPORTED THAT THE RESIDUES LABELED UNK IN ALL CHAINS COULD NOT BE ACCURATELY MAPPED TO THE AVAIALABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCES. NO SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE FOR THE PROTEIN IN CHAIN C, F AND I.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid synthase subunit alpha
B: Fatty acid synthase subunit beta
C: Tail protein
D: Fatty acid synthase subunit alpha
E: Fatty acid synthase subunit beta
F: Tail protein
G: Fatty acid synthase subunit alpha
H: Fatty acid synthase subunit beta
I: Tail protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,104,5479
ポリマ－1,104,5479
非ポリマー00
水00
1
A: Fatty acid synthase subunit alpha
B: Fatty acid synthase subunit beta
C: Tail protein
D: Fatty acid synthase subunit alpha
E: Fatty acid synthase subunit beta
F: Tail protein
G: Fatty acid synthase subunit alpha
H: Fatty acid synthase subunit beta
I: Tail protein

A: Fatty acid synthase subunit alpha
B: Fatty acid synthase subunit beta
C: Tail protein
D: Fatty acid synthase subunit alpha
E: Fatty acid synthase subunit beta
F: Tail protein
G: Fatty acid synthase subunit alpha
H: Fatty acid synthase subunit beta
I: Tail protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,209,09318
ポリマ－2,209,09318
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area103160 Å2
ΔGint-597 kcal/mol
Surface area1029670 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)231.343, 231.343, 754.288
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細Chains A, B, C, D, E, F and their symmetry mates related by the crystallographic 2-fold.

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid synthase subunit alpha / Includes: Acyl carrier / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (EC 1.1.1.100) (Beta-ketoacyl ...Includes: Acyl carrier / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (EC 1.1.1.100) (Beta-ketoacyl reductase) / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase (EC 2.3.1.41) (Beta-ketoacyl synthase)


分子量: 171121.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YIT613 / 参照: UniProt: P19097, fatty-acyl-CoA synthase system
#2: タンパク質 Fatty acid synthase subunit beta / Includes: 3- hydroxypalmitoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase (EC 4.2.1.61) / Enoyl-[acyl- ...Includes: 3- hydroxypalmitoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase (EC 4.2.1.61) / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] (EC 1.3.1.9) / [Acyl- carrier-protein] acetyltransferase (EC 2.3.1.38) / [Acyl-carrier- protein] malonyltransferase (EC 2.3.1.39) / S-acyl fatty acid synthase thioesterase (EC 3.1.2.14)


分子量: 191510.812 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: YIT613 / 参照: UniProt: P07149, fatty-acyl-CoA synthase system
#3: タンパク質 Tail protein


分子量: 5549.833 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 7 microleter samle and 3 microleter buffer: 15% PEG3350, 20mM HEPES (pH7.5), 3mM Mg acetate, 0.3M KCl, 30mM Ca cloride, 1mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
1,2,3,41
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンALS 8.2.21
シンクロトロンAPS 24-ID-C2
シンクロトロンNSLS X253
シンクロトロンCHESS A14
検出器
タイプID検出器
ADSC QUANTUM 3151CCD
ADSC QUANTUM 2102CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長相対比: 1
反射解像度: 4→60 Å / Num. all: 172942 / Num. obs: 170640 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 140 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 4→4.1 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CDH

2cdh


解像度: 4→60 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: throuout / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The structure was solved using 2 data sets (space group P43212 and P21). Both these data sets are included in the sf file. About 50% of the residues were built and refined as poly-alanine. ...詳細: The structure was solved using 2 data sets (space group P43212 and P21). Both these data sets are included in the sf file. About 50% of the residues were built and refined as poly-alanine. Additional residues were seen in the electron density (chains C, F, I) that could not be mapped to the available sequence. The authors reported the residues modeled as poly-alanine as UNK since their register against the available sequence database references was uncertain.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.346 8382 -random
Rwork0.319 ---
all-172942 --
obs-170640 98.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 150 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→60 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数71862 0 0 0 71862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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