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万見
- PDB-2pez: Crystal structrue of deletion mutant of APS-kinase domain of huma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pez
タイトルCrystal structrue of deletion mutant of APS-kinase domain of human PAPS-synthetase 1 in complex with cyclic PAPS and dADP
要素Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthetase 1 (PAPS synthetase 1) (PAPSS 1) (Sulfurylase kinase 1) (SK1) (SK 1)
キーワードTRANSFERASE / NMP-kinase fold / protein in complex with nucleic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate biosynthetic process / Transport and synthesis of PAPS / adenylyl-sulfate kinase / sulfate adenylyltransferase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / Metabolism of ingested H2SeO4 and H2SeO3 into H2Se / sulfate assimilation / nucleotidyltransferase activity / skeletal system development ...3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate biosynthetic process / Transport and synthesis of PAPS / adenylyl-sulfate kinase / sulfate adenylyltransferase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / Metabolism of ingested H2SeO4 and H2SeO3 into H2Se / sulfate assimilation / nucleotidyltransferase activity / skeletal system development / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sulphate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase catalytic domain / ATP-sulfurylase PUA-like domain / ATP-sulfurylase / PUA-like domain / Adenylyl-sulfate kinase / Adenylylsulphate kinase / PUA-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...Sulphate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase catalytic domain / ATP-sulfurylase PUA-like domain / ATP-sulfurylase / PUA-like domain / Adenylyl-sulfate kinase / Adenylylsulphate kinase / PUA-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-GGZ / Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sekulic, N. / Lavie, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural mechanism for substrate inhibition of the adenosine 5'-phosphosulfate kinase domain of human 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthetase 1 and its ramifications for enzyme regulation.
著者: Sekulic, N. / Konrad, M. / Lavie, A.
履歴
登録2007年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthetase 1 (PAPS synthetase 1) (PAPSS 1) (Sulfurylase kinase 1) (SK1) (SK 1)
B: Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthetase 1 (PAPS synthetase 1) (PAPSS 1) (Sulfurylase kinase 1) (SK1) (SK 1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0615
ポリマ－39,7492
非ポリマー1,3123
水5,963331
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.090, 59.400, 139.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthetase 1 (PAPS synthetase 1) (PAPSS 1) (Sulfurylase kinase 1) (SK1) (SK 1)


分子量: 19874.469 Da / 分子数: 2 / 断片: APS-kinase domain (residues 51-226) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAPSS1, ATPSK1, PAPSS
プラスミド: PGEX-RB in which the thrombin clevage site was replaced by TEV site
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 Codon plus / 参照: UniProt: O43252
#2: 化合物 ChemComp-GGZ / (2S,3AR,4R,6R,6AR)-4-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-6-({[(R)-HYDROXY(SULFOOXY)PHOSPHORYL]OXY}METHYL)TETRAHYDROFURO[3,4-D][1,3,2]DIOXAPHOSPHOL-2-OL 2-OXIDE


分子量: 489.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O12P2S
#3: 化合物 ChemComp-DAT / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DADP / dADP


分子量: 411.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O9P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: reservoir: 16-20% PEG 3350, 0.25-0.15 M diammonium hydrogen citrate, drop: 3.2 mg/ml protein, 2mM dADP, 2mM PAPS, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 73074 / Num. obs: 64712 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 5.1 / Net I/σ(I): 15.73
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 3.12 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 11674 / Rsym value: 30.2 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2PEY

2pey


解像度: 1.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.037 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21981 6493 10.1 %RANDOM
Rwork0.19433 ---
obs0.19695 57725 87.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.825 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.02 Å20 Å20 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2600 0 82 331 3013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222750
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9372.0073743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3515334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.55424.884129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.65115457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4931518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21344
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21888
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2370.2302
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1311.51711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6522695
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.64431149
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9654.51048
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.435 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 427 -
Rwork0.255 3935 -
obs--81.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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