PDB-2pex: Structure of reduced C22S OhrR from Xanthamonas Campestris

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pex

タイトル

Structure of reduced C22S OhrR from Xanthamonas Campestris

要素

Transcriptional regulator OhrR

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR

機能・相同性

機能・相同性情報

response to stress / DNA-binding transcription factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthomonas campestris (バクテリア)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Brennan, R.G. / Newberry, K.J.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structural Mechanism of Organic Hydroperoxide Induction of the Transcription Regulator OhrR.
著者: Newberry, K.J. / Fuangthong, M. / Panmanee, W. / Mongkolsuk, S. / Brennan, R.G.

履歴

登録	2007年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pex.cif.gz	70.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pex.ent.gz	51.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pex.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2pex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2pex	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pfbC 1z91 1z9c C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5teu-2 2pfb-d 6cau-d 3q63-3 5cem-d 3mg2-3 1agx-d 1p2m-4 2h0e-d 4uua-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator OhrR

B: Transcriptional regulator OhrR

ヘテロ分子

34.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.290, 77.790, 77.810
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a dimer

#1: タンパク質	Transcriptional regulator OhrR 分子量: 16938.436 Da / 分子数: 2 / 変異: C22S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Xanthomonas campestris (バクテリア) 遺伝子: ohrR / プラスミド: PET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93R11
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 4M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	93	1
2	93	1

放射光源

由来	タイプ	ID	波長
回転陽極	RIGAKU	1	1.54
回転陽極	RIGAKU	2	2.29

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
RIGAKU RAXIS	1	IMAGE PLATE	2006年3月10日	mirrors
RIGAKU RAXIS	2	IMAGE PLATE	2006年4月12日	mirrors

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.54	1
2	2.29	1

Reflection

冗長度: 26.69 % / Av σ(I) over netI: 42.1 / 数: 359108 / R_merge(I) obs: 0.061 / Χ²: 0.94 / D res high: 2.4 Å / D res low: 27.63 Å / Num. obs: 13353 / % possible obs: 99.4

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy	Rejects
5.16	27.63	99.7	0.048	1.44	25.31	1316
4.1	5.16	100	0.052	1.09	27.49	120
3.58	4.1	100	0.057	0.93	27.66	33
3.26	3.58	100	0.061	0.9	27.48	55
3.02	3.26	99.9	0.068	0.89	27.37	113
2.85	3.02	99.6	0.081	0.87	27.03	162
2.7	2.85	99.5	0.094	0.86	26.98	200
2.59	2.7	98.4	0.111	0.82	26.74	325
2.49	2.59	98.6	0.125	0.8	26.5	202
2.4	2.49	97.9	0.136	0.76	24.35	168

反射

解像度: 1.9→25.63 Å / Num. all: 26612 / Num. obs: 26616 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 13.79 % / B_iso Wilson estimate: 34.1 Å² / Limit h max: 28 / Limit h min: 0 / Limit k max: 40 / Limit k min: 0 / Limit l max: 40 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1160314.12 / Observed criterion F min: 2.5 / R_merge(I) obs: 0.063 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 20.4 / Scaling rejects: 2773

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²
1.9-1.97	13.59	0.401	4.6	35441	2603	0.96
1.97-2.05	13.63	0.321	5.8	36026	2635	0.97
2.05-2.14	13.62	0.264	7.1	35513	2593	1.05
2.14-2.25	13.74	0.216	8.7	36434	2636	1.02
2.25-2.39	13.8	0.18	10.6	36569	2635	0.97
2.39-2.58	13.97	0.146	12.5	37228	2652	0.94
2.58-2.84	14.07	0.108	17	37433	2647	0.9
2.84-3.25	14.1	0.068	26.8	37982	2681	0.84
3.25-4.09	14.04	0.043	40.6	38389	2710	0.93
4.09-25.63	13.3	0.03	66.8	38682	2824	1.19

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	S	14.984	0.039	0.002	0.063	0.906
2	S	14.413	0.454	0.624	0.131	1.006
3	S	26.47	0.272	0.861	0.167	1.183
4	S	23.36	0.898	0.265	0.142	0.927
5	S	60	0.496	0.829	0.197	0.755
6	S	43.995	0.161	0.102	0.093	0.663
7	S	3.677	0.391	0.946	0.149	0.247

Phasing dm

FOM : 0.71 / FOM acentric: 0.73 / FOM centric: 0.59 / 反射: 11820 / Reflection acentric: 10091 / Reflection centric: 1729

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.1-27.626	0.85	0.93	0.71	562	366	196
4.5-7.1	0.86	0.89	0.75	1625	1285	340
3.6-4.5	0.86	0.88	0.75	1995	1692	303
3.1-3.6	0.8	0.82	0.63	1999	1727	272
2.7-3.1	0.65	0.68	0.43	3508	3104	404
2.5-2.7	0.44	0.46	0.26	2131	1917	214

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.4SSI	データスケーリング
SOLVE	2.1	位相決定
RESOLVE	2.1	位相決定
CNS	1.2	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CrystalClear		データ収集
d*TREK		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→25.63 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 1160314.125 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.278	2640	9.9 %	RANDOM
R_work	0.236	-	-	-
obs	0.236	26612	99.8 %	-
all	-	26622	-	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 49.588 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.5 Å² / B_iso mean: 32.8 Å² / B_iso min: 18.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.65 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.56 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.32 Å	0.27 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.18 Å	0.12 Å
Luzzati d res high	-	1.9

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→25.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2127	0	21	175	2323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_torsion_deg	18.8
X-RAY DIFFRACTION	c_torsion_impr_deg	0.7

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	% reflection R_free (%)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor R_free error	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.9-1.99	0.377	336	10.3	0.344	2918	0.021	3264	3254	99.7
1.99-2.09	0.322	343	10.4	0.271	2954	0.017	3304	3297	99.8
2.09-2.22	0.296	325	10	0.243	2941	0.016	3272	3266	99.8
2.22-2.39	0.285	323	9.8	0.239	2958	0.016	3285	3281	99.9
2.39-2.63	0.281	335	10.1	0.262	2980	0.015	3318	3315	99.9
2.63-3.01	0.312	313	9.4	0.272	3018	0.018	3332	3331	100
3.01-3.8	0.28	349	10.4	0.229	3015	0.015	3366	3364	99.9
3.8-25.63	0.236	316	9	0.201	3188	0.013	3507	3504	99.9

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	3	fmt_par.txt	fmt_top.txt

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)