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- PDB-2pex: Structure of reduced C22S OhrR from Xanthamonas Campestris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pex
タイトルStructure of reduced C22S OhrR from Xanthamonas Campestris
要素Transcriptional regulator OhrR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator SarA/Rot / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Transcriptional regulator SarA/Rot / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Organic hydroperoxide resistance transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Brennan, R.G. / Newberry, K.J.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structural Mechanism of Organic Hydroperoxide Induction of the Transcription Regulator OhrR.
著者: Newberry, K.J. / Fuangthong, M. / Panmanee, W. / Mongkolsuk, S. / Brennan, R.G.
#1: ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 2006
タイトル: Novel organic hydroperoxide-sensing and responding mechanisms for OhrR, a major bacterial sensor and regulator of organic hydroperoxide stress.
著者: Panmanee, W. / Vattanaviboon, P. / Poole, L.B. / Mongkolsuk, S.
履歴
登録2007年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator OhrR
B: Transcriptional regulator OhrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1999
ポリマ－33,8772
非ポリマー3227
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6700 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area13380 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.290, 77.790, 77.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator OhrR


分子量: 16938.436 Da / 分子数: 2 / 変異: C22S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris (バクテリア)
遺伝子: ohrR / プラスミド: PET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93R11
#2: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4M sodium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1931
2931
放射光源
由来タイプID波長
回転陽極RIGAKU11.54
回転陽極RIGAKU22.29
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS1IMAGE PLATE2006年3月10日mirrors
RIGAKU RAXIS2IMAGE PLATE2006年4月12日mirrors
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
22.291
Reflection冗長度: 26.69 % / Av σ(I) over netI: 42.1 / 数: 359108 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 0.94 / D res high: 2.4 Å / D res low: 27.63 Å / Num. obs: 13353 / % possible obs: 99.4
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
5.1627.6399.70.0481.4425.311316
4.15.161000.0521.0927.49120
3.584.11000.0570.9327.6633
3.263.581000.0610.927.4855
3.023.2699.90.0680.8927.37113
2.853.0299.60.0810.8727.03162
2.72.8599.50.0940.8626.98200
2.592.798.40.1110.8226.74325
2.492.5998.60.1250.826.5202
2.42.4997.90.1360.7624.35168
反射解像度: 1.9→25.63 Å / Num. all: 26612 / Num. obs: 26616 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 13.79 % / Biso Wilson estimate: 34.1 Å2 / Limit h max: 28 / Limit h min: 0 / Limit k max: 40 / Limit k min: 0 / Limit l max: 40 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 1160314.12 / Observed criterion F min: 2.5 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 20.4 / Scaling rejects: 2773
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2
1.9-1.9713.590.4014.63544126030.96
1.97-2.0513.630.3215.83602626350.97
2.05-2.1413.620.2647.13551325931.05
2.14-2.2513.740.2168.73643426361.02
2.25-2.3913.80.1810.63656926350.97
2.39-2.5813.970.14612.53722826520.94
2.58-2.8414.070.108173743326470.9
2.84-3.2514.10.06826.83798226810.84
3.25-4.0914.040.04340.63838927100.93
4.09-25.6313.30.0366.83868228241.19

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1S14.9840.0390.0020.0630.906
2S14.4130.4540.6240.1311.006
3S26.470.2720.8610.1671.183
4S23.360.8980.2650.1420.927
5S600.4960.8290.1970.755
6S43.9950.1610.1020.0930.663
7S3.6770.3910.9460.1490.247
Phasing dmFOM : 0.71 / FOM acentric: 0.73 / FOM centric: 0.59 / 反射: 11820 / Reflection acentric: 10091 / Reflection centric: 1729
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.1-27.6260.850.930.71562366196
4.5-7.10.860.890.7516251285340
3.6-4.50.860.880.7519951692303
3.1-3.60.80.820.6319991727272
2.7-3.10.650.680.4335083104404
2.5-2.70.440.460.2621311917214

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4SSIデータスケーリング
SOLVE2.1位相決定
RESOLVE2.1位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→25.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 1160314.125 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 2640 9.9 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.236 26612 99.8 %-
all-26622 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.588 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 68.5 Å2 / Biso mean: 32.8 Å2 / Biso min: 18.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.65 Å20 Å20 Å2
2---5.09 Å20 Å2
3----3.56 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.12 Å
Luzzati d res high-1.9
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2127 0 21 175 2323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg18.8
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg0.7
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9-1.990.37733610.30.34429180.0213264325499.7
1.99-2.090.32234310.40.27129540.0173304329799.8
2.09-2.220.296325100.24329410.0163272326699.8
2.22-2.390.2853239.80.23929580.0163285328199.9
2.39-2.630.28133510.10.26229800.0153318331599.9
2.63-3.010.3123139.40.27230180.01833323331100
3.01-3.80.2834910.40.22930150.0153366336499.9
3.8-25.630.23631690.20131880.0133507350499.9
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3fmt_par.txtfmt_top.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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