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- PDB-2pet: Lutheran glycoprotein, N-terminal domains 1 and 2. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pet
タイトルLutheran glycoprotein, N-terminal domains 1 and 2.
要素Lutheran blood group glycoprotein
キーワードCELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily.
機能・相同性
機能・相同性情報


laminin receptor activity / laminin binding / cell-matrix adhesion / transmembrane signaling receptor activity / : / angiogenesis / cell adhesion / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome ...laminin receptor activity / laminin binding / cell-matrix adhesion / transmembrane signaling receptor activity / : / angiogenesis / cell adhesion / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Basal cell adhesion molecule
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Burton, N. / Brady, R.L.
引用ジャーナル: Blood / : 2007
タイトル: The Laminin 511/521-binding site on the Lutheran blood group glycoprotein is located at the flexible junction of Ig domains 2 and 3.
著者: Mankelow, T.J. / Burton, N. / Stefansdottir, F.O. / Spring, F.A. / Parsons, S.F. / Pedersen, J.S. / Oliveira, C.L. / Lammie, D. / Wess, T. / Mohandas, N. / Chasis, J.A. / Brady, R.L. / Anstee, D.J.
履歴
登録2007年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lutheran blood group glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6481
ポリマ-25,6481
非ポリマー00
3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.955, 111.062, 35.301
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.450, 90.000
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211
詳細Asymmetric unit contains one copy of the biological unit.

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要素

#1: 抗体 Lutheran blood group glycoprotein / B-CAM cell surface glycoprotein / Auberger B antigen / F8/G253 antigen / CD239 antigen


分子量: 25647.830 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domains 1 and 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCAM, LU, MSK19 / プラスミド: pEE / 参照: UniProt: P50895
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 12% PEG 20000, 6% heaxane-1,2-diol, 0.1M MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
41
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.285 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月10日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.285 Å / 相対比: 1
Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)IDAv σ(I) over netIRmerge(I) obsΧ2D res high (Å)Num. obs% possible obs
6.8110586000.1180.982.5859393.6
5.9211.8462930.0890.952.5783285.4
8.839.51900180.0980.861.82147189.9
8.9416.11923710.0690.941.82154290.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.385099.810.1081.78.2
4.275.3810010.1021.3558.6
3.734.2710010.1121.1268.5
3.393.7310010.1220.9298.4
3.153.3910010.1410.7397.9
2.963.1598.210.1620.6427.1
2.822.9696.710.1820.5285.8
2.692.8290.410.2240.5634.9
2.592.698110.2290.4543.8
2.52.5970.310.2630.4523
5.385099.420.0641.7887.5
4.275.3810020.0781.3687.7
3.734.2710020.0930.9357.7
3.393.7310020.1130.7487.4
3.153.3999.920.1460.5796.8
2.963.1597.320.1740.4565.5
2.822.9689.220.2040.4094.1
2.692.8275.220.3050.643.1
2.592.6955.920.2840.352.2
2.52.5936.320.3260.3271.8
3.885010030.081.75310.6
3.083.8810030.0861.20610.7
2.693.0810030.0940.85810.7
2.442.6999.930.1170.67410.5
2.272.4499.230.1330.62310
2.132.2798.530.1470.5669.2
2.032.1393.530.1610.5028.2
1.942.0385.330.1840.4696.8
1.861.9470.130.2160.4614.4
1.81.8651.930.2320.4372.8
3.885010040.0561.5910.3
3.083.8810040.0591.34610.4
2.693.0810040.0640.99410.4
2.442.6910040.0810.82810.3
2.272.4499.940.0930.75810.1
2.132.2799.540.1090.6789.8
2.032.1397.440.1250.6218.9
1.942.0387.540.1450.6556.6
1.861.9470.640.1670.594.7
1.81.8649.640.20.5743.3
反射解像度: 1.7→55.64 Å / Num. all: 24823 / Num. obs: 24823 / % possible obs: 89.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 0.913 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / Num. unique all: 1354 / Χ2: 0.88 / % possible all: 48.3

-
位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 24792
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.56-10053.50.874502
5.19-6.5650.70.892504
4.52-5.1953.20.903510
4.06-4.5252.70.895560
3.71-4.0654.20.877624
3.44-3.7156.50.864693
3.22-3.44570.847723
3.04-3.2257.60.866789
2.89-3.0456.80.844819
2.76-2.8955.70.802854
2.64-2.7656.90.82914
2.54-2.6459.70.816901
2.45-2.5478.40.6431017
2.36-2.4590.60.495971
2.29-2.3691.60.5551057
2.22-2.2987.90.5181056
2.16-2.2288.60.5161110
2.1-2.1688.90.5211131
2.05-2.1900.5551131
2-2.0589.80.5891194
1.96-290.50.5891147
1.91-1.9688.80.5511129
1.87-1.91900.561098
1.84-1.8791.60.5141018
1.8-1.8489.80.511006
1.77-1.891.40.542864
1.73-1.77890.462740
1.7-1.7389.60.438730
Phasing MIR解像度: 1.7→55.64 Å / FOM: 0.735 / 反射: 8805 / Reflection criterion: FP >3.0 SIGFP
Phasing MIR der

Der set-ID: 1 / Reflection criteria: FPH >3.0 SIGFPH

ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis anomalousR cullis centricNum. of sitesPower acentricPower centricReflection acentricReflection anomalousReflection centric
Ptpeak3-500.850.950.9130.960.7148814855197
Ptlr3-500.870.970.9230.920.6848754866196
Auhr2.5-500.510.830.6513.051.7185118509293
Aulr2.5-500.520.880.6712.971.6285108510294
Phasing MIR der site
IDDer-IDBiso (Å)Atom type symbolFract xFract yFract zOccupancy anomOccupancy anom suOccupancy isoOccupancy iso su
1Ptpeak88.666Pt0.346-0.0630.0290.7010.0551.1490.079
2Ptpeak39.463Pt0.6610.135-0.0810.40.0320.4970.056
3Ptpeak42.636Pt0.1410.180.3220.580.0340.9280.058
4Ptlr74.646Pt0.346-0.0620.0290.2480.02310.076
5Ptlr25.972Pt0.6610.135-0.0830.1760.0150.4340.053
6Ptlr37.772Pt0.1410.180.3230.2780.0170.8710.058
7Auhr16.176Au0.1520.0260.2980.6270.010.8880.014
8Aulr15.256Au0.1520.0260.2980.2830.0050.8040.014
Phasing MIR shell
解像度 (Å)FOMFOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
11.19-55.640.830.820.894978413
6.22-11.190.8160.810.948845533
4.31-6.220.7870.7790.9521158110454
3.29-4.310.7420.7360.9262128206266
2.67-3.290.7140.7080.9193384329193
2.24-2.670.7010.6960.91550151535
1.93-2.24
1.7-1.93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MLPHARECCP4_5.99位相決定
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.7→55.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.209 / WRfactor Rwork: 0.168 / SU B: 4.56 / SU ML: 0.077 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.113
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 1229 5 %RANDOM
Rwork0.168 ---
all0.17 24792 --
obs0.17 24792 88.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.165 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å20 Å2-0.57 Å2
2---1.77 Å20 Å2
3---2.22 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.113 Å0.112 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→55.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1796 0 0 211 2007
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6781.9652665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6155266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09322.60992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.91915336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4581523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021515
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.2786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21307
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.250.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0051.51247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49521971
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1423780
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2554.5676
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.699-1.7430.368410.278867206244.035
1.743-1.790.268600.2421121198459.526
1.79-1.8420.305790.2161357196573.079
1.842-1.8990.223700.1971451185881.862
1.899-1.9610.21700.1811619188589.602
1.961-2.030.248720.1671630175896.815
2.03-2.1060.239880.1711587171497.725
2.106-2.1920.2750.1631610169299.586
2.192-2.2890.199850.1711460154799.871
2.289-2.4010.22760.1711433151199.868
2.401-2.5310.191760.18114091485100
2.531-2.6840.217690.17612731342100
2.684-2.8690.225600.16511941254100
2.869-3.0980.207650.15811451210100
3.098-3.3920.216550.1510501105100
3.392-3.7910.172500.145944994100
3.791-4.3740.185500.142848898100
4.374-5.3490.173400.149699739100
5.349-7.530.261330.194547580100
7.53-55.6410.197150.20931933599.701
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
120.358215.98160.724139.101517.0110.2054-1.22012.12650.5145-1.83640.5951.0638-0.83530.57530.62510.1277-0.0915-0.0990.2230.00270.0104-30.10424.93316.31
22.16162.66110.86743.53771.54241.2088-0.0344-0.060.23930.0487-0.13620.2364-0.0863-0.15860.17060.026-0.00140.00030.0517-0.02810.0649-19.95135.65727.865
320.914411.09833.64269.58723.38823.85690.1535-0.5382-0.5123-0.1003-0.2679-0.0789-0.1286-0.59560.11450.0034-0.00910.00760.16430.016-0.0398-26.69719.06727.075
432.16160.8358-18.66141.71743.30319.29030.25350.72011.9511-0.69540.95790.5917-0.83770.2521-1.21140.1082-0.11970.06690.13380.02790.1141-8.2825.44920.492
57.0038-1.9773-8.6831.04260.874633.6311-0.1833-0.213-0.58380.0168-0.13480.20330.71350.53170.3182-0.00680.00860.02270.00590.00530.0574-12.06721.24725.831
647.73249.25071.08655.7536-3.874916.7427-0.3386-0.7951-0.7204-0.00840.87610.34790.11-1.6206-0.5375-0.032-0.02550.02010.26610.14170.0116-29.11716.67933.193
71.18733.0174-2.22388.5875-5.82984.19980.0417-0.089-0.52190.564-0.5299-1.0206-0.30730.11560.48820.0445-0.0089-0.04820.0470.04870.1298-13.87121.88336.702
89.95267.13360.28365.8129-0.16243.36470.2184-0.13820.46570.443-0.18770.2023-0.2299-0.2013-0.03060.0524-0.00370.02350.0377-0.01010.0276-20.32128.82234.861
93.26643.72171.90915.91862.81311.79920.07770.105-0.25240.0144-0.0632-0.3291-0.0032-0.0907-0.01450.0171-0.02940.01470.0654-0.01430.0307-16.74727.51125.042
1012.46459.75016.04397.86284.14994.34620.0360.1952-0.10840.03720.2281-0.29450.1160.1792-0.26410.02660.00450.00850.0476-0.01740.0966-7.43743.71328.993
1110.61825.9845-1.15353.3734-0.67861.75580.1618-0.3887-0.17310.0943-0.2538-0.0318-0.04930.19720.0920.02920.02080.0360.0692-0.00190.01216.18262.53830.857
125.82729.2107-4.956414.8025-9.25912.53890.2195-0.4088-0.18980.0646-0.3876-0.22070.56211.33040.1681-0.0117-0.00150.04720.2210.0097-0.021423.33867.28219.491
133.53842.4799-0.35381.9364-0.58470.6071-0.0260.023-0.2543-0.10120.0004-0.08090.00220.0210.02560.03890.00450.02230.0461-0.01250.09665.23953.69727.263
147.408-7.4131-0.64938.6289-1.80955.05220.30980.57480.3472-0.0636-0.10870.19790.0606-0.3548-0.20110.01210.0149-0.03010.04870.04850.0854.00767.46521.116
1524.135316.32410.909814.17061.151312.9513-1.1921.8458-1.4118-2.27671.5166-0.470.29050.6527-0.32460.2942-0.06640.04160.1219-0.1187-0.068814.03559.55112.991
168.573610.6344-4.054213.2441-5.779812.4614-0.59030.1838-0.6435-1.1112-0.1259-0.32451.3021-0.17790.71620.1833-0.01250.0609-0.0282-0.06070.015211.56653.50219.82
173.33344.1396-1.79136.353-2.61751.09-0.0280.0714-0.3732-0.0741-0.0814-0.2323-0.0885-0.00120.10940.0516-0.00140.01820.0465-0.00420.07827.11647.33227.108
182.95081.2241-0.60332.1421-0.60120.50140.00320.10160.2043-0.079-0.00290.1155-0.1023-0.0856-0.00030.07760.00540.00650.03970.01510.022210.99269.51224.595
1911.51542.51752.142612.9538-3.65511.76950.10890.02980.22050.1778-0.0943-0.21680.1842-0.0257-0.0146-0.014-0.01310.01370.0509-0.00190.1023-11.15451.56726.569
2012.31947.97180.51995.43740.66560.53950.0893-0.22890.27170.0201-0.10530.3072-0.12480.0260.01590.03640.00570.02580.04470.0190.031710.9866.61531.34
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111 - 41 - 4
225 - 275 - 27
3328 - 3528 - 35
4436 - 4236 - 42
5543 - 4843 - 48
6649 - 5649 - 56
7757 - 7057 - 70
8871 - 8271 - 82
9983 - 10883 - 108
1010109 - 118109 - 118
1111119 - 130119 - 130
1212131 - 136131 - 136
1313137 - 154137 - 154
1414155 - 163155 - 163
1515164 - 171164 - 171
1616172 - 176172 - 176
1717177 - 192177 - 192
1818193 - 209193 - 209
1919210 - 218210 - 218
2020219 - 231219 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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