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- PDB-2pem: Crystal structure of RbcX in complex with substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pem
タイトルCrystal structure of RbcX in complex with substrate
要素
  • ORF134
  • RbcL
キーワードCHAPERONE / helix bundle / protein complex assembly
機能・相同性
機能・相同性情報


ribulose bisphosphate carboxylase complex assembly / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis / protein folding chaperone / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperonin-like RbcX / RuBisCO chaperone RbcX / Chaperonin-like RbcX superfamily / RbcX protein / Chaperonin-like RbcX / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RuBisCO chaperone RbcX
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Saschenbrecker, S. / Bracher, A. / Vasudeva Rao, K. / Vasudeva Rao, B. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: Structure and Function of RbcX, an Assembly Chaperone for Hexadecameric Rubisco.
著者: Saschenbrecker, S. / Bracher, A. / Rao, K.V. / Rao, B.V. / Hartl, F.U. / Hayer-Hartl, M.
履歴
登録2007年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF134
B: ORF134
C: ORF134
D: ORF134
E: ORF134
F: ORF134
R: RbcL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6337
ポリマ－92,6337
非ポリマー00
水28816
1
A: ORF134
B: ORF134
R: RbcL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4963
ポリマ－31,4963
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6230 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area11710 Å2
手法PISA
2
C: ORF134
D: ORF134


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5682
ポリマ－30,5682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area11440 Å2
手法PISA
3
E: ORF134
F: ORF134


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5682
ポリマ－30,5682
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area11790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.207, 93.207, 412.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological unit of RbcX is a dimer. There are 3 biological units in the asymmetric unit (chains A & B, chains C & D and chains E & F).

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要素

#1: タンパク質
ORF134


分子量: 15284.084 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: PCC 7002 / 遺伝子: RbcX / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q44177
#2: タンパク質・ペプチド RbcL


分子量: 928.016 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 459-465 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide with the sequence based on Ribulose bisphosphate carboxylase large chain (RbcL) from Synechococcus sp. PCC 7002, UNP entry Q44176, RBL_SYNP2, residues 459-465
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4 M Sodium acetate, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→103.142 Å / Num. obs: 37874 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.95-3.113.80.5361.42102655000.53697.6
3.11-3.33.80.3212.41968351690.32197.3
3.3-3.533.80.1714.31851048660.17197.4
3.53-3.813.80.1086.51726245580.10897.1
3.81-4.173.80.07491577141970.07496.7
4.17-4.663.80.05711.11432238150.05796.5
4.66-5.393.70.06691235833510.06696.2
5.39-6.63.60.0896.31043728870.08995.6
6.6-9.333.50.04811.1773722400.04894.5
9.33-93.253.30.0449.7428812910.04492.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2PEN

2pen


解像度: 2.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 12.826 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.308 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1913 5.1 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.236 37701 95.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.682 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5216 0 0 16 5232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0225289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3881.9767163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3945661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.7124.262237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.15415947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6821540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023900
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.22634
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.23685
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6881.53409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27225316
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.59632073
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8174.51847
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.025 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 125 -
Rwork0.376 2596 -
obs-2721 97.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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