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- PDB-2pec: THE REFINED THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF PECTATE LYASE C FROM E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pec
タイトルTHE REFINED THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF PECTATE LYASE C FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI AT 2.2 ANGSTROMS RESOLUTION: IMPLICATIONS FOR AN ENZYMATIC MECHANISM
要素PECTATE LYASE C
キーワードLYASE (ACTING ON POLYSACCHARIDES)
機能・相同性
機能・相同性情報


pectate lyase / pectate lyase activity / pectin catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pectate lyase / Pectin lyase family / Pectate lyase / Amb_all / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Yoder, M.D. / Jurnak, F.
引用
ジャーナル: FASEB J. / 年: 1995
タイトル: Protein motifs. 3. The parallel beta helix and other coiled folds.
著者: Yoder, M.D. / Jurnak, F.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1993
タイトル: Unusual Structural Features of the Parallel Beta-Helix of the Pectate Lyases
著者: Yoder, M.D. / Lietzke, S.E. / Jurnak, F.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: New Domain Motif: The Structure of Pectate Lyase C, a Secreted Plant Virulence Factor
著者: Yoder, M.D. / Keen, N.T. / Jurnak, F.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990
タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of the Plant Pathogenic Factor, Pectate Lyase C from Erwinia Chrysanthemi
著者: Yoder, M.D. / Dechaine, C.A. / Jurnak, F.
#4: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1988
タイトル: Structure and Organization of the Pel Genes from Erwinia Chrysanthemi Ec16
著者: Tamaki, S.J. / Gold, S. / Robeson, M. / Manulis, S. / Keen, N.T.
履歴
登録1994年8月8日処理サイト: BNL
置き換え1995年2月14日ID: 1PEC
改定 1.01995年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PECTATE LYASE C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7341
ポリマ－37,7341
非ポリマー00
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.380, 80.260, 95.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 220
2: THE SIDE-CHAIN DENSITY FOR RESIDUES THR 16, LYS 43, LYS 44, LYS 109, ASN 161, LYS 285, ASN 321, AND LYS 333 IS UNCLEAR AND NOT COMPLETELY RESOLVED.

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要素

#1: タンパク質 PECTATE LYASE C


分子量: 37733.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
属: Dickeya / 遺伝子: PPEL410 OF PELC / 参照: UniProt: P11073, pectate lyase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.85 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→10 Å / σ(F): 2
詳細: THE SIDE-CHAIN DENSITY FOR RESIDUES THR 16, LYS 43, LYS 44, LYS 109, ASN 161, LYS 285, ASN 321, AND LYS 333 IS UNCLEAR AND NOT COMPLETELY RESOLVED.
Rfactor反射数
Rwork0.1797 -
obs0.1797 27769
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2649 0 0 114 2763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.768
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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