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- PDB-2pe5: Crystal Structure of the Lac Repressor bound to ONPG in repressed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pe5
タイトルCrystal Structure of the Lac Repressor bound to ONPG in repressed state
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DT)-3')
  • Lactose operon repressor
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Lac repressor / allosteric effectors / gene regulation / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily ...LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside / DNA / DNA (> 10) / Lactose operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Daber, R. / Stayrook, S.E. / Rosenberg, A. / Lewis, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural analysis of lac repressor bound to allosteric effectors
著者: Daber, R. / Stayrook, S. / Rosenberg, A. / Lewis, M.
履歴
登録2007年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DT)-3')
E: DNA (5'-D(*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DT)-3')
F: DNA (5'-D(*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DT)-3')
A: Lactose operon repressor
B: Lactose operon repressor
C: Lactose operon repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,5349
ポリマ－124,6306
非ポリマー9043
水00
1
D: DNA (5'-D(*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DT)-3')
E: DNA (5'-D(*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DT)-3')
A: Lactose operon repressor
B: Lactose operon repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6896
ポリマ－83,0874
非ポリマー6022
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11400 Å2
ΔGint-58.9 kcal/mol
Surface area30520 Å2
手法PISA
2
F: DNA (5'-D(*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DT)-3')
C: Lactose operon repressor
ヘテロ分子

F: DNA (5'-D(*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DT)-3')
C: Lactose operon repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,6896
ポリマ－83,0874
非ポリマー6022
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation17_555x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/31
Buried area11450 Å2
ΔGint-56.5 kcal/mol
Surface area31460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)253.080, 253.080, 203.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DAP*DTP*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DGP*DCP*DGP*DCP*DTP*DCP*DAP*DCP*DAP*DAP*DTP*DT)-3')


分子量: 6132.991 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質 Lactose operon repressor


分子量: 35410.438 Da / 分子数: 3 / Fragment: sequence database residues 2-331 / Mutation: S61L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: lacI / プラスミド: HTUA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P03023
#3: 糖 ChemComp-145 / 2-nitrophenyl beta-D-galactopyranoside / 1-O-[O-NITROPHENYL]-BETA-D-GALACTOPYRANOSE / 2-nitrophenyl beta-D-galactoside / 2-nitrophenyl D-galactoside / 2-nitrophenyl galactoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 301.249 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO8
識別子タイププログラム
1-O-[O-nitrophenyl]-b-D-galactopyranoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.52 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.8 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Hepes pH 7.5. 11% PEG 400, 14% glycerol, 10X ONPG, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Ammonium Sulfate11
2Ammonium Sulfate12
3Hepes11
4Hepes12
5PEG 40011
6PEG 40012
7glycerol11
8glycerol12
9ONPG11
10ONPG12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月19日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. all: 31342 / Num. obs: 29717 / % possible obs: 99.89 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.1 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rsym value: 0.176 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 3.5→3.6 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 4.37 / Num. unique all: 2090 / Rsym value: 0.504 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1EFA

1efa


解像度: 3.5→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.878 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.82 / SU B: 24.027 / SU ML: 0.398 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.548 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28656 1581 5.1 %RANDOM
Rwork0.23347 ---
all0.23616 29717 --
obs0.23616 29717 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.844 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7418 1046 63 0 8527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0228797
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6272.13712196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8965983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.86724.804306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.917151292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2011548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.21499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026133
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.24303
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.25890
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1080.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5511.55015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98327890
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.92734559
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7524.54306
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.589 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 107 -
Rwork0.263 2090 -
obs-2090 99.64 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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