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- PDB-2pcl: Crystal structure of ABC transporter with complex (aq_297) from a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pcl
タイトルCrystal structure of ABC transporter with complex (aq_297) from aquifex aeolicus VF5
要素Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein lolD
キーワードHYDROLASE / ABC transporter / ATP-binding protein / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / transmembrane transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lipoprotein release ATP-binding protein lolD family profile. / MacB, ATP-binding domain / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain ...Lipoprotein release ATP-binding protein lolD family profile. / MacB, ATP-binding domain / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Jeyakanthan, J. / Kanaujia, S.P. / Rafi, Z.A. / Sekar, K. / Ebihara, A. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A. / Shiro, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ABC transporter with complex (aq_297) from aquifex aeolicus VF5
著者: Jeyakanthan, J. / Kanaujia, S.P. / Rafi, Z.A. / Sekar, K. / Nakagawa, N. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A. / Shiro, Y. / Yokoyama, S.
履歴
登録2007年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein lolD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,83413
ポリマ－24,9231
非ポリマー91112
水5,945330
1
A: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein lolD
ヘテロ分子

A: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein lolD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,66826
ポリマ－49,8462
非ポリマー1,82224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_455y-1/3,x+1/3,-z+1/31
Buried area5490 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area20550 Å2
手法PISA, PQS
2
A: Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein lolD
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,00478
ポリマ－149,5386
非ポリマー5,46672
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
crystal symmetry operation10_455y-1/3,x+1/3,-z+1/31
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
crystal symmetry operation12_345-x-4/3,-x+y-2/3,-z+1/31
Buried area20140 Å2
ΔGint-533 kcal/mol
Surface area59090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.177, 104.177, 135.046
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-230-

SO4

21A-473-

HOH

31A-478-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein lolD / ABC transporter


分子量: 24923.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 CONDON PLUS (DE3)-RIL
参照: UniProt: O66646, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.075M Sodium Acetate trihydrate, 1.5M Ammonium Sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月15日 / 詳細: RH Coated Bent-Cyrindrical MIRROR
放射モノクロメーター: SI 1 1 1 DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 31017 / % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rsym value: 0.037
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.249 / Num. unique all: 3058 / Rsym value: 0.276 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F3O

1f3o


解像度: 1.7→42.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 2.336 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24694 1567 5.1 %RANDOM
Rwork0.20096 ---
obs0.2033 29448 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1740 0 51 330 2121
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6862.0292413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.415222
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12324.36671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12815354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1811512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021267
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3170.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2551.51140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80321770
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1493733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8724.5643
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 121 -
Rwork0.271 2130 -
obs--99.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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