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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pc9 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of ATP-Dependent Phosphoenolpyruvate Carboxykinase From Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Phosphoenolpyruvate carboxykinase [ATP] | ||||||
キーワード | LYASE / Phosphoenolpyruvate Carboxykinase / adenosine triphosphate / Thermus thermophilus HB8 / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) / phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) activity / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Sugahara, M. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure Of ATP-Dependent Phosphoenolpyruvate Carboxykinase From Thermus thermophilus HB8 著者: Sugahara, M. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pc9.cif.gz | 427.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pc9.ent.gz | 348.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pc9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/2pc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/2pc9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1xkvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59387.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: pET-11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q5SLL5, phosphoenolpyruvate carboxykinase (ATP) #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-ATP / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: oil-micro batch / pH: 8.4 詳細: 2.2M sodium phosphate, 5mM ATP, pH 8.4, oil-micro batch, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 99306 / Num. obs: 99306 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 49.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 9758 / Rsym value: 0.548 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1XKV 解像度: 2.4→39.91 Å / Isotropic thermal model: Anisotrop / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 47 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.016
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