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- PDB-2pc2: Lysozyme Cocrystallized with Tris-dipicolinate Eu complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pc2
タイトルLysozyme Cocrystallized with Tris-dipicolinate Eu complex
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
EUROPIUM ION / PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.538 Å
データ登録者Pompidor, G. / Vicat, J. / Kahn, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: A dipicolinate lanthanide complex for solving protein structures using anomalous diffraction
著者: Pompidor, G. / Maury, O. / Vicat, J. / Kahn, R.
履歴
登録2007年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,29920
ポリマ－14,3311
非ポリマー2,96819
水3,567198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.266, 33.779, 69.683
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.22, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

EU

21A-402-

PDC

31A-402-

PDC

41A-885-

HOH

51A-886-

HOH

61A-898-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d 4 / Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hen-egg white / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-EU / EUROPIUM ION


分子量: 151.964 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-PDC / PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / DIPICOLINIC ACID / ジピコリン酸


分子量: 167.119 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 0.3M NaCl, 0.1M MES, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月20日 / 詳細: MULTILAYER
放射モノクロメーター: MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.9 % / Av σ(I) over netI: 3.8 / 数: 128936 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / D res high: 1.542 Å / D res low: 19.035 Å / Num. obs: 16398 / % possible obs: 98.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
4.8819.0398.210.1080.10810.4
3.454.8810010.1120.11211
2.823.4510010.0880.08811.1
2.442.8210010.0740.07411
2.182.4499.910.0850.08510.3
1.992.1899.710.0770.0777.3
1.841.9999.210.0860.0866.9
1.721.8498.610.0930.0936.1
1.631.7297.910.0940.0945.7
1.541.6392.710.1020.1025.2
反射解像度: 1.538→19.035 Å / Num. obs: 16398 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 10.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.538-1.635.20.1025.81151822340.10292.7
1.63-1.725.70.0946.21277122220.09497.9
1.72-1.846.10.0936.31296721180.09398.6
1.84-1.996.90.0866.71383820090.08699.2
1.99-2.187.30.0777.31342518340.07799.7
2.18-2.4410.30.0856.81718916680.08599.9
2.44-2.82110.0747.21656915050.074100
2.82-3.4511.10.0885.11402012610.088100
3.45-4.88110.1124.9108809910.112100
4.88-19.0310.40.1085.357595560.10898.2

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1016.9370EU10.650.69
218.11528.1369.858EU14.811.58
33.71626.52423.705EU16.90.9
43.81226.1718.185EU16.880.51
58.72325.2576.16EU180.42
6016.9370EU9.060.68
718.11528.1369.858EU13.491.57
83.71626.52423.705EU15.240.9
93.81226.1718.185EU15.560.49
108.72325.2576.16EU17.230.43

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345データ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.538→18.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.167 832 5.1 %RANDOM
Rwork0.138 ---
all0.14 ---
obs0.14 16396 98.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20.11 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.538→18.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 162 198 1361
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211198
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.02938
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.522.0441622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.07332164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8765132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6723.13751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.86715172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.8441511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2360.2940
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2020.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1030.2533
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.040.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1420.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3010.296
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5811.5644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.5273
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04421026
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6633554
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3674.5595
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.89635
LS精密化 シェル解像度: 1.538→1.577 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 42 -
Rwork0.148 1034 -
obs-1076 87.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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