PDB-2pc2: Lysozyme Cocrystallized with Tris-dipicolinate Eu complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pc2

タイトル

Lysozyme Cocrystallized with Tris-dipicolinate Eu complex

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.538 Å

データ登録者

Pompidor, G. / Vicat, J. / Kahn, R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: A dipicolinate lanthanide complex for solving protein structures using anomalous diffraction
著者: Pompidor, G. / Maury, O. / Vicat, J. / Kahn, R.

履歴

登録	2007年3月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pc2.cif.gz	47 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pc2.ent.gz	35.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pc2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/2pc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/2pc2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2qz7-2 6ee0-3 4gb5-d 1u7o-d 5w2l-1 2g2x-1 2qng-d 6ee0-1 4liz-d 1sc0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.266, 33.779, 69.683
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.22, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- EU
2	1	A-402- PDC
3	1	A-402- PDC
4	1	A-885- HOH
5	1	A-886- HOH
6	1	A-898- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d 4 / Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hen-egg white / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-EU / EUROPIUM ION 分子量: 151.964 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PDC / PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / DIPICOLINIC ACID / ジピコリン酸分子量: 167.119 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅NO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 0.3M NaCl, 0.1M MES, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月20日 / 詳細: MULTILAYER

放射

モノクロメーター: MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 7.9 % / Av σ(I) over netI: 3.8 / 数: 128936 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_sym value: 0.095 / D res high: 1.542 Å / D res low: 19.035 Å / Num. obs: 16398 / % possible obs: 98.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
4.88	19.03	98.2	1	0.108	0.108	10.4
3.45	4.88	100	1	0.112	0.112	11
2.82	3.45	100	1	0.088	0.088	11.1
2.44	2.82	100	1	0.074	0.074	11
2.18	2.44	99.9	1	0.085	0.085	10.3
1.99	2.18	99.7	1	0.077	0.077	7.3
1.84	1.99	99.2	1	0.086	0.086	6.9
1.72	1.84	98.6	1	0.093	0.093	6.1
1.63	1.72	97.9	1	0.094	0.094	5.7
1.54	1.63	92.7	1	0.102	0.102	5.2

反射

解像度: 1.538→19.035 Å / Num. obs: 16398 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / B_iso Wilson estimate: 10.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 3.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.538-1.63	5.2	0.102	5.8	11518	2234	0.102	92.7
1.63-1.72	5.7	0.094	6.2	12771	2222	0.094	97.9
1.72-1.84	6.1	0.093	6.3	12967	2118	0.093	98.6
1.84-1.99	6.9	0.086	6.7	13838	2009	0.086	99.2
1.99-2.18	7.3	0.077	7.3	13425	1834	0.077	99.7
2.18-2.44	10.3	0.085	6.8	17189	1668	0.085	99.9
2.44-2.82	11	0.074	7.2	16569	1505	0.074	100
2.82-3.45	11.1	0.088	5.1	14020	1261	0.088	100
3.45-4.88	11	0.112	4.9	10880	991	0.112	100
4.88-19.03	10.4	0.108	5.3	5759	556	0.108	98.2

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	0	16.937	0	EU	10.65	0.69
2	18.115	28.136	9.858	EU	14.81	1.58
3	3.716	26.524	23.705	EU	16.9	0.9
4	3.812	26.171	8.185	EU	16.88	0.51
5	8.723	25.257	6.16	EU	18	0.42
6	0	16.937	0	EU	9.06	0.68
7	18.115	28.136	9.858	EU	13.49	1.57
8	3.716	26.524	23.705	EU	15.24	0.9
9	3.812	26.171	8.185	EU	15.56	0.49
10	8.723	25.257	6.16	EU	17.23	0.43

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MAR345		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.538→18.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.167	832	5.1 %	RANDOM
R_work	0.138	-	-	-
all	0.14	-	-	-
obs	0.14	16396	98.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0 Å²	0.11 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.538→18.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	162	198	1361

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.52	2.044	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.073	3	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.876	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.67	23.137	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.867	15	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.844	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.202	0.2	618
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.103	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.04	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.142	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.301	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.195	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.581	1.5	644
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	273
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.044	2	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.663	3	554
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.367	4.5	595
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	7.896	3	5

LS精密化シェル

解像度: 1.538→1.577 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	42	-
R_work	0.148	1034	-
obs	-	1076	87.84 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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