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- PDB-2pbl: Crystal structure of a putative thioesterase (tm1040_2492) from s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pbl
タイトルCrystal structure of a putative thioesterase (tm1040_2492) from silicibacter sp. tm1040 at 1.79 A resolution
要素Putative esterase/lipase/thioesterase
キーワードHYDROLASE / Alpha/beta-hydrolases fold / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Unknown ligand / Putative esterase/lipase/thioesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Silicibacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative thioesterase (YP_614486.1) from Silicibacter sp. TM1040 at 1.79 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative esterase/lipase/thioesterase
B: Putative esterase/lipase/thioesterase
C: Putative esterase/lipase/thioesterase
D: Putative esterase/lipase/thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,46315
ポリマ－116,1074
非ポリマー35611
水23,6001310
1
A: Putative esterase/lipase/thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0623
ポリマ－29,0271
非ポリマー352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative esterase/lipase/thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1815
ポリマ－29,0271
非ポリマー1554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Putative esterase/lipase/thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1574
ポリマ－29,0271
非ポリマー1303
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Putative esterase/lipase/thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0623
ポリマ－29,0271
非ポリマー352
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.197, 74.438, 95.727
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYASPASP3AA0 - 51 - 6
21GLYGLYASPASP3BB0 - 51 - 6
31GLYGLYASPASP3CC0 - 51 - 6
41GLYGLYASPASP3DD0 - 51 - 6
52ALAALAALAALA5AA6 - 2617 - 262
62ALAALAALAALA5BB6 - 2617 - 262
72ALAALAALAALA5CC6 - 2617 - 262
82ALAALAALAALA5DD6 - 2617 - 262

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative esterase/lipase/thioesterase


分子量: 29026.627 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Silicibacter sp. (バクテリア) / 株: TM1040 / 遺伝子: YP_614486.1, TM1040_2492 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q1GDP2

-
非ポリマー , 5種, 1321分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: NANODROP, 0.2M MgCl2, 30.0% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97937, 0.91837, 0.97910
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月10日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979371
20.918371
30.97911
反射解像度: 1.79→29.45 Å / Num. obs: 93727 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.79-1.843.10.6531.12158069010.653100
1.84-1.893.10.5021.52120467580.502100
1.89-1.943.10.3981.82046065000.398100
1.94-23.20.3232.32011263840.323100
2-2.073.20.2642.81946961650.264100
2.07-2.143.20.223.21891459850.22100
2.14-2.223.20.23.51816557420.2100
2.22-2.313.20.1773.91753655350.177100
2.31-2.413.20.1484.71696053510.148100
2.41-2.533.20.1295.31614850990.129100
2.53-2.673.20.1195.51546048640.119100
2.67-2.833.20.1035.81451545740.103100
2.83-3.033.20.0955.71367843140.095100
3.03-3.273.20.0786.71275440190.078100
3.27-3.583.20.06481173237130.06499.9
3.58-43.20.0578.91059533550.05799.9
4-4.623.10.0578.9926129480.05799.8
4.62-5.663.10.0568.7791025170.05699.6
5.66-8.013.10.068.4605419410.0699.2
8.01-29.4530.0558.3318610620.05596.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHELX位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.79→29.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.928 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.161
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. ONE MG ATOM AND FOUR CHLORIDE IONS FROM CRYSTALLIZATION WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. 5. ONE P-NITROBENZENE-LIKE UNKNOWN LIGAND IS MODELED NEAR TO HIS 135 IN EACH SUBUNIT. 6. PHOSPHATE IONS ARE MODELED IN THE UNKNOWN ELECTRON DENSITY NEAR GLU 149 IN EACH SUBUNIT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 4700 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
all0.224 ---
obs0.224 93699 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.35 Å20 Å2-0.33 Å2
2---1.4 Å20 Å2
3---0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→29.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8049 0 51 1310 9410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0228402
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.711.9511482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.014317460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.27951066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60923.777376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.28151249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3331553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.31891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.38188
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.54253
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.54656
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2290.51650
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0310.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1560.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.311
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2410.378
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2570.544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.99735440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.78932134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.79358494
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.29883454
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.855112988
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A34TIGHT POSITIONAL0.030.05
2B34TIGHT POSITIONAL0.030.05
3C34TIGHT POSITIONAL0.030.05
4D34TIGHT POSITIONAL0.040.05
1A1485MEDIUM POSITIONAL0.170.5
2B1485MEDIUM POSITIONAL0.170.5
3C1485MEDIUM POSITIONAL0.190.5
4D1485MEDIUM POSITIONAL0.170.5
1A2287LOOSE POSITIONAL0.365
2B2287LOOSE POSITIONAL0.365
3C2287LOOSE POSITIONAL0.485
4D2287LOOSE POSITIONAL0.375
1A34TIGHT THERMAL0.150.5
2B34TIGHT THERMAL0.10.5
3C34TIGHT THERMAL0.10.5
4D34TIGHT THERMAL0.120.5
1A1485MEDIUM THERMAL1.22
2B1485MEDIUM THERMAL1.142
3C1485MEDIUM THERMAL1.182
4D1485MEDIUM THERMAL1.152
1A2287LOOSE THERMAL2.1710
2B2287LOOSE THERMAL2.2610
3C2287LOOSE THERMAL2.2110
4D2287LOOSE THERMAL2.2710
LS精密化 シェル解像度: 1.79→1.836 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 333 -
Rwork0.349 6562 -
obs-6895 99.94 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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