PDB-2pbk: Crystal structure of KSHV protease in complex with hexapeptide ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pbk

タイトル

Crystal structure of KSHV protease in complex with hexapeptide phosphonate inhibitor

要素

KSHV protease
hexapeptide phosphonate inhibitor

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / KSHV / KSHV PROTEASE / HERPESVIRUS PROTEASE / VIRAL PROTEASE / VIRAL PROTEIN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

assemblin / nuclear capsid assembly / viral release from host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human herpesvirus (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Lazic, A. / Goetz, D.H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Substrate modulation of enzyme activity in the herpesvirus protease family.
著者: Lazic, A. / Goetz, D.H. / Nomura, A.M. / Marnett, A.B. / Craik, C.S.

履歴

登録	2007年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2012年12月12日	Group: Other
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.6	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pbk.cif.gz	117.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pbk.ent.gz	90.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pbk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/2pbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/2pbk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fl1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1iuo-1 1ukb-1 3m6y-3 5u10-d 5mqj-2 1uk6-1 3lm7-2 4f1h-d 5zdb-d 5mqj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: KSHV protease

B: KSHV protease

C: hexapeptide phosphonate inhibitor

D: hexapeptide phosphonate inhibitor

ヘテロ分子

51.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.883, 108.941, 54.051
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.71, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	KSHV protease 分子量: 25027.662 Da / 分子数: 2 / 変異: S204G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus (ヘルペスウイルス) 属: Rhadinovirus / 株: 8 / 遺伝子: AF010430 / プラスミド: pet21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: O36607
#2: タンパク質・ペプチド	hexapeptide phosphonate inhibitor タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 751.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid phase FMOC 参照: 1-acetyl-L-prolyl-L-valyl-L-tyrosyl-3-methyl-L-valyl-N~1~-[(1R)-1-phosphonoethyl]-L-glutamamide
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 530 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	THE ELECTRON DENSITY SURROUNDING THE PHOSPHONATE GROUP SHOWS THAT THE INHIBITOR IN THE CRYSTAL ...THE ELECTRON DENSITY SURROUNDING THE PHOSPHONATE GROUP SHOWS THAT THE INHIBITOR IN THE CRYSTAL EXISTS IN AN "AGED" FORM, WHERE THE PHENOXY GROUPS ATTACHED TO O1A AND O1B ARE RELEASED. IN ADDITION TO THE COVALENT LINK TO THE CATALYTIC SER 114, THE PHOSPHONATE IS STABILIZED BY A H BOND TO NE2 OF HIS 46
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.8M NaFormate, 0.1M NaAcetate, 5% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→20 Å / Num. all: 50932 / Num. obs: 47867 / % possible obs: 93.92 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	最高解像度: 1.73 Å / R_merge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 61.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CrystalClear		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry 1FL1

1fl1

解像度: 1.73→19.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 4.02 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20394	2568	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16122	-	-	-
obs	0.16344	47865	93.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.575 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	0.03 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→19.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3613	0	12	530	4155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3709
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3465
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.485	1.986	5069
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.816	3	8025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.883	5	470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.819	23.05	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.128	15	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.332	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.149	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4063
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	718
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	817
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.183	0.2	3631
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.052	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.196	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.246	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.158	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.085	1.5	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.273	1.5	933
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.639	2	3834
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.362	3	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.535	4.5	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.73→1.775 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	136	-
R_work	0.227	2311	-
obs	-	-	61.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1594	0.4254	-0.0432	1.6779	-0.842	1.7068	0.0143	-0.032	0.014	-0.0138	-0.0083	0.0072	-0.2453	0.0508	-0.006	-0.1043	-0.0058	0.0076	-0.129	-0.0173	-0.1214	-2.253	17.812	23.423
2	1.6182	-0.1753	-0.094	1.4778	-0.0825	1.3501	0.0169	-0.0562	-0.041	0.0538	0.0374	0.0136	0.1014	-0.0802	-0.0543	-0.1512	-0.0003	-0.0218	-0.1332	-0.0025	-0.1223	-23.212	-5.109	43.378

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 230
2	X-RAY DIFFRACTION	1	D	1 - 6
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 230
4	X-RAY DIFFRACTION	2	C	1 - 6

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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