PDB-2par: Crystal structure of the 5'-deoxynucleotidase YfbR mutant E72A co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2par

タイトル

Crystal structure of the 5'-deoxynucleotidase YfbR mutant E72A complexed with Co(2+) and TMP

要素

5'-deoxynucleotidase YfbR

キーワード

HYDROLASE / Nucleotidase / 5'-deoxynucleotidase / YfbR / HD domain phosphohydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrimidine deoxyribonucleotide salvage / thymidylate 5'-phosphatase activity / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / dUMP biosynthetic process / cobalt ion binding / nucleotide binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zimmerman, M.D. / Proudfoot, M. / Yakunin, A. / Minor, W.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural insight into the mechanism of substrate specificity and catalytic activity of an HD-domain phosphohydrolase: the 5'-deoxyribonucleotidase YfbR from Escherichia coli.
著者: Zimmerman, M.D. / Proudfoot, M. / Yakunin, A. / Minor, W.

履歴

登録	2007年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2par.cif.gz	87.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2par.ent.gz	65.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2par_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2par_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/2par ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/2par	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2paqC 2pauC 1wph PDB 未公開エントリS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2pau-d 6njj-4 4pib-3 4acy-1 2ouy-1 4pib-1 4pib-4 2ixo-1 5c1w-1 6msc-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-deoxynucleotidase YfbR

B: 5'-deoxynucleotidase YfbR

ヘテロ分子

46.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: 5'-deoxynucleotidase YfbR

B: 5'-deoxynucleotidase YfbR

ヘテロ分子

A: 5'-deoxynucleotidase YfbR

B: 5'-deoxynucleotidase YfbR

ヘテロ分子

A: 5'-deoxynucleotidase YfbR

B: 5'-deoxynucleotidase YfbR

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
140 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.136, 136.136, 55.418
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 2 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: TMP / End label comp-ID: TMP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 301 / Label seq-ID: 4

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A - D
2	B	B - G

#1: タンパク質	5'-deoxynucleotidase YfbR / Nucleoside 5'-monophosphate phosphohydrolase / 5'-deoxyribonucleotidase 分子量: 22874.219 Da / 分子数: 2 / 変異: E72A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yfbR, b2291, JW2288 / プラスミド: Modified pET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3) / 参照: UniProt: P76491, 5'-nucleotidase
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物	ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP 分子量: 322.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₂O₈P
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M NH4 Citrate, 0.8 % w/v NDSB 256, 5 % w/v PEG 3350, 1 % v/v Glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月10日詳細: LN2 cooled first crystal, sagital focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror, beam defining slits
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution Si(111) double-crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 22238 / Num. obs: 22238 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 41.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 8
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1WPH

1wph
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.1→40.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 10.277 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. COOT program has also been used in the refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	1102	5.1 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
all	0.196	21608	-	-
obs	0.196	21608	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.28 Å²	-0.14 Å²	0 Å²
2-	-	-0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2741	0	51	42	2834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	2840
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.842	1.975	3847
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.932	3	6013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.623	5	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.212	24.308	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.286	15	474
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.153	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	562
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	677
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.206	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.32	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.081	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.926	1.5	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.276	1.5	707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.36	2	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.406	3	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.518	4.5	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2645 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.49	0.5
medium thermal	0.74	2

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	72	-
R_work	0.201	1323	-
obs	-	-	83.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.3632	3.0676	-2.5886	3.3582	-1.6072	8.311	0.1965	0.5902	0.2495	-0.474	0.2119	0.246	0.1021	-0.1921	-0.4083	0.2447	-0.0009	-0.0537	0.0927	0.056	-0.0201	-19.1777	-14.215	-17.2498
2	2.7509	1.0304	1.5236	4.2484	2.0394	4.3893	-0.1228	0.0351	0.4709	-0.0419	-0.0084	-0.0982	-0.2101	0.0122	0.1312	0.1062	-0.0185	-0.0275	0.0261	0.027	0.0921	-12.2547	-5.7731	2.2848
3	1.8983	0.8462	-0.5312	2.0621	-1.215	2.9038	-0.0263	-0.1797	-0.0125	0.0956	-0.0624	0.2174	0.0365	-0.1157	0.0888	0.1096	-0.0361	0.0233	0.1018	0.0067	-0.0333	-20.7065	-25.6923	7.7668
4	2.1414	0.4122	0.439	4.196	0.3581	0.1082	-0.0274	-0.0049	0.2112	-0.1037	-0.0802	0.4953	-0.4322	-0.1161	0.1076	0.2006	0.0278	-0.0542	0.0846	-0.0069	0.0971	-26.0989	-7.4495	-4.4285
5	4.5376	1.1784	-0.7239	2.7074	1.2681	1.0554	-0.0232	-0.0436	0.2568	-0.1822	-0.0341	0.4271	0.1929	-0.0416	0.0573	0.1701	-0.0149	-0.0644	0.105	-0.0115	0.0264	-28.4227	-20.3701	-9.0982
6	4.3663	3.0096	0.7626	4.4347	0.7651	1.2596	0.0636	-0.4118	0.3842	0.397	-0.1544	0.2291	-0.1155	-0.0904	0.0908	0.2013	-0.0072	0.0058	0.1465	-0.0718	0.0023	-18.1152	-10.4617	15.2453
7	4.6744	-0.7233	0.3378	0.3585	0.0292	3.0197	-0.1943	-0.4781	0.0555	0.5258	0.1066	0.1837	-0.3705	0.0358	0.0877	0.2718	-0.0179	0.0089	0.1702	-0.0033	-0.0585	-16.9911	-20.5192	19.8071
8	4.5465	2.744	-4.3899	10.717	1.7279	6.3536	0.0885	-0.7909	-0.1765	0.2301	-0.0165	0.1232	-0.1522	1.3643	-0.072	0.1879	-0.0673	-0.0607	0.3036	-0.0065	-0.0464	-6.2833	-23.3754	17.1273
9	2.2028	1.6147	-0.3683	5.7402	-2.1314	6.1549	0.0894	-0.0221	0.2825	0.1396	-0.0592	-0.4947	-0.0759	0.2698	-0.0302	0.065	-0.0225	-0.0456	0.0822	-0.0158	0.0662	0.0894	-12.8866	-2.4736
10	2.6249	0.9159	0.3378	1.9463	1.1231	2.234	-0.0192	0.1718	-0.0755	-0.1036	-0.021	0.0761	0.1969	-0.1128	0.0402	0.1532	-0.0509	-0.0241	0.0729	-0.0102	-0.0492	-15.6539	-26.831	-8.0049
11	1.6191	0.7695	-1.2065	1.2968	0.1425	1.4494	-0.1694	-0.2799	-0.302	-0.0563	0.0116	-0.2682	0.0516	0.3634	0.1578	0.1359	-0.0119	-0.0189	0.1657	0.0467	0.0358	1.4258	-27.5308	2.3287
12	0.5389	1.0198	0.4786	3.1211	2.282	7.5543	-0.0811	-0.2605	-0.1896	0.2076	0.0583	0.0253	0.2613	0.3329	0.0228	0.1543	0.0413	0.0113	0.1284	0.0848	0.0307	-8.7518	-33.8444	8.3044
13	1.7997	0.4449	-0.4408	3.0285	-0.4789	0.9682	-0.0658	0.2756	-0.0077	-0.3774	0.0351	-0.3313	0.0783	0.0479	0.0307	0.1742	-0.0369	0.0249	0.1444	0.0075	-0.0252	-3.0452	-20.3385	-15.469
14	3.3272	-1.0698	-0.4176	5.0603	1.4119	0.9334	-0.2163	0.4321	-0.0371	-0.5879	0.1482	-0.0605	0.0186	0.007	0.0681	0.2372	-0.0771	-0.0319	0.1767	-0.0166	-0.0511	-13.0258	-22.5613	-19.8205

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 9	4 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	10 - 33	12 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	34 - 67	36 - 69
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	68 - 107	70 - 109
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	108 - 125	110 - 127
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	126 - 169	128 - 171
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	170 - 187	172 - 189
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	2 - 9	4 - 11
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	10 - 28	12 - 30
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	29 - 63	31 - 65
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	64 - 106	66 - 108
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	107 - 126	109 - 128
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	127 - 169	129 - 171
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	170 - 187	172 - 189

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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