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万見
- PDB-2pa1: Structure of the PDZ domain of human PDLIM2 bound to a C-terminal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pa1
タイトルStructure of the PDZ domain of human PDLIM2 bound to a C-terminal extension from human beta-tropomyosin
要素PDZ and LIM domain protein 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / PDZ DOMAIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


filamin binding / muscle structure development / muscle alpha-actinin binding / cortical actin cytoskeleton / myosin heavy chain binding / filamentous actin / stress fiber / adherens junction / protein catabolic process / Z disc ...filamin binding / muscle structure development / muscle alpha-actinin binding / cortical actin cytoskeleton / myosin heavy chain binding / filamentous actin / stress fiber / adherens junction / protein catabolic process / Z disc / heart development / actin binding / actin cytoskeleton organization / ubiquitin protein ligase binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF4749 / Domain of unknown function (DUF4749) / : / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain ...Domain of unknown function DUF4749 / Domain of unknown function (DUF4749) / : / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PDZ and LIM domain protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Uppenberg, J. / Shrestha, L. / Elkins, J. / Burgess-Brown, N. / Salah, E. / Bunkoczi, G. / Papagrigoriou, E. / Pike, A.C.W. / Turnbull, A.P. / Ugochukwu, E. ...Uppenberg, J. / Shrestha, L. / Elkins, J. / Burgess-Brown, N. / Salah, E. / Bunkoczi, G. / Papagrigoriou, E. / Pike, A.C.W. / Turnbull, A.P. / Ugochukwu, E. / Umeano, C. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Unusual binding interactions in PDZ domain crystal structures help explain binding mechanisms
著者: Elkins, J.M. / Gileadi, C. / Shrestha, L. / Phillips, C. / Wang, J. / Muniz, J.R. / Doyle, D.A.
履歴
登録2007年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42021年6月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE THESE FOUR RESIDUES BELONG TO THE C-TERMINAL EXTENSION FROM HUMAN BETA-TROPOMYOSIN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PDZ and LIM domain protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4203
ポリマ－9,3491
非ポリマー712
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.770, 58.770, 52.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 PDZ and LIM domain protein 2 / PDZ-LIM protein mystique / PDZ-LIM protein


分子量: 9348.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDLIM2, PP6345 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96JY6
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.9 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30 % PEG Monomethylether 2000, 0.2M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月3日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 11401 / Num. obs: 11401 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 31.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / Num. unique all: 1794 / % possible all: 98.5

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.39 Å
Translation2.5 Å29.39 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE MODEL

解像度: 1.7→29.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 6.262 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 544 4.8 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.195 11381 --
obs0.195 11381 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.275 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.67 Å20.83 Å20 Å2
2--1.67 Å20 Å2
3----2.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数639 0 2 89 730
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.022680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1991.978930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.069594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.64922.96327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71815113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.102157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02527
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1760.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.2459
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2660.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0990.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6011.5464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8322725
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4163243
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2294.5202
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 39 -
Rwork0.303 793 -
obs-832 98.46 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 36.9156 Å / Origin y: 25.8897 Å / Origin z: 5.697 Å
111213212223313233
T-0.1851 Å2-0.0335 Å2-0.0377 Å2--0.0151 Å2-0.0124 Å2---0.1349 Å2
L3.4099 °20.1885 °2-0.4532 °2-2.6636 °20.9569 °2--4.5066 °2
S-0.1273 Å °0.0345 Å °0.2482 Å °-0.0027 Å °0.2046 Å °-0.2688 Å °-0.0914 Å °0.3584 Å °-0.0773 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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