+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p9f | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of TTHB049 from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Alpha-ribazole-5'-phosphate phosphatase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Yamamoto, H. / Taketa, M. / Kageyama, Y. / Matsuura, Y. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of TTHB049 from Thermus thermophilus HB8 著者: Sugahara, M. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2p9f.cif.gz | 87.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2p9f.ent.gz | 65.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2p9f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/2p9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/2p9f | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 2hiaC 2owdC 2oweC 2p2yC 2p2zC 2p30C 2p6mC 2p6oC 2p75C 2p77C 2p78C 2p79C 2p9yC 2p9zC 2pa0C 1v37S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
2 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
| |||||||||
詳細 | Biological assembly is a monomer; the asymmetric unit contains the two biological units. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19646.504 Da / 分子数: 2 / 変異: L72M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53WB3, EC: 5.4.2.1 #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.27 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.3 詳細: 2.75M Sodium chloride, 0.1M Tris, pH 8.3, MICROBATCH, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 44012 / Num. obs: 44012 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 4374 / Rsym value: 0.262 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER 開始モデル: PDB ENTRY 1V37 解像度: 1.75→29.58 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.58 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.013
|