+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p80 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Solution structure of the complex between nitrite reductase and pseudoazurin from A. faecalis | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / transient complex / protein-protein interaction / redox partners / electron transfer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Alcaligenes faecalis (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / distance geometry, rigid body molecular dynamics, restrained side-chains energy minimization | ||||||
データ登録者 | Vlasie, M.D. / Ubbink, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Low resolution solution structure of the 152 kDa complex between nitrite reductase and pseudoazurin from A. faecalis by paramagnetic NMR. 著者: Vlasie, M.D. / Fernandez-Busnadiego, R. / Prudencio, M. / Ubbink, M. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2p80.cif.gz | 7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2p80.ent.gz | 5.9 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2p80.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2p80_validation.pdf.gz | 403.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2p80_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2p80_validation.xml.gz | 686.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2p80_validation.cif.gz | 967.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/2p80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/2p80 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36878.648 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア) 株: S-6 / 遺伝子: nirK, nir / プラスミド: pET28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P38501, nitrite reductase (NO-forming) #2: タンパク質 | | 分子量: 13383.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア) 株: S-6 / プラスミド: pET28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P04377 #3: 化合物 | ChemComp-CU / #4: 化合物 | ChemComp-GD / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
---|---|
NMR実験 | タイプ: 2D 15N,1H TROSY |
NMR実験の詳細 | Text: ~80% deuteration of the nonexchangeable protons in pseudoazurin |
-試料調製
詳細 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料状態 |
|
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz |
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: distance geometry, rigid body molecular dynamics, restrained side-chains energy minimization ソフトェア番号: 1 詳細: 324 distance restraints from paramagnetic relaxation, 5 restraints from chemical shift perturbations | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures closest to the average 計算したコンフォーマーの数: 134 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |