[日本語] English
万見
- PDB-2p7n: Crystal structure of the Pathogenicity island 1 effector protein ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p7n
タイトルCrystal structure of the Pathogenicity island 1 effector protein from Chromobacterium violaceum. Northeast Structural Genomics Consortium (NESGC) target CvR69.
要素Pathogenicity island 1 effector protein
キーワードCELL INVASION / cvr69 / Pathogenicity island 1 effector protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性IpaD-like / IpaD-like / Type III secretion systems tip complex components / BipD-like superfamily / Type III secretion systems tip complex components / Up-down Bundle / extracellular region / Mainly Alpha / Translocator protein BipD
機能・相同性情報
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Benach, J. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Zhao, L. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Benach, J. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Zhao, L. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Pathogenicity island 1 effector protein from Chromobacterium violaceum. Northeast Structural Genomics Consortium (NESGC) target CvR69.
著者: Benach, J. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Zhao, L. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / ...著者: Benach, J. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Zhao, L. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
履歴
登録2007年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pathogenicity island 1 effector protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7571
ポリマ－43,7571
非ポリマー00
水27015
1
A: Pathogenicity island 1 effector protein

A: Pathogenicity island 1 effector protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,5142
ポリマ－87,5142
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.026, 66.981, 194.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細A dimer can be constructed by applying the symmetry operation (-X,-Y,Z)

-
要素

#1: タンパク質 Pathogenicity island 1 effector protein


分子量: 43757.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
株: DSM 30191, IFO 12614, JCM 1249, NCIB 9131 / 遺伝子: sipD, CV_2617 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q7NUT0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 150 mM Sodium acetate pH 4.6, 22% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97912, 0.97897, 0.96862
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979121
20.978971
30.968621
Reflection

D res high: 2.6 Å / D res low: 50 Å

冗長度 (%)IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2Num. obs% possible obs
7.5112.31614770.0891.442149599.9
7.5211.41620710.0941.352159899.9
7.4313.91578460.0871.692123799.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.65099.310.0381.0857.3
4.455.610010.0481.0447.7
3.884.4510010.0651.037.7
3.533.8810010.1341.7726.9
3.283.5310010.1281.1547.7
3.083.2810010.1871.3087.7
2.933.0810010.271.4917.7
2.82.9310010.3681.5417.7
2.692.810010.5262.2557.5
2.62.6910010.6652.0527.1
5.65099.520.0380.9637.4
4.455.610020.0491.0087.8
3.884.4510020.0671.1497.7
3.533.8810020.1361.437.1
3.283.5310020.1361.0727.7
3.083.2810020.211.287.7
2.933.0810020.3021.4557.7
2.82.9310020.4311.4897.7
2.692.810020.5821.5677.4
2.62.6910020.7641.5236.8
5.65098.330.0381.1357.2
4.455.610030.0471.0997.7
3.884.4510030.0661.2247.6
3.533.8899.630.1281.8986.1
3.283.5310030.1281.4947.7
3.083.2810030.1841.4047.7
2.933.0810030.271.9117.7
2.82.9310030.3591.9817.7
2.692.810030.5162.557.6
2.62.6910030.6722.4677.3
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 21495 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.443 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.6-2.697.10.66521592.052100
2.69-2.87.50.52621542.255100
2.8-2.937.70.36821341.541100
2.93-3.087.70.2721551.491100
3.08-3.287.70.18721241.308100
3.28-3.537.70.12821671.154100
3.53-3.886.90.13421481.772100
3.88-4.457.70.06521561.03100
4.45-5.67.70.04821621.044100
5.6-507.30.03821361.08599.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→20 Å / FOM work R set: 0.779 / σ(F): 485 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 1496 8.8 %
Rwork0.248 --
obs-15650 91.7 %
溶媒の処理Bsol: 11.085 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 51.277 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.022 Å20 Å20 Å2
2---19.066 Å20 Å2
3---25.088 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2514 0 0 15 2529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.4512
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.6022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.932.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.8-2.830.5310.379385416
2.83-2.870.382630.411439502
2.87-2.90.436370.372430467
2.9-2.940.474430.389426469
2.94-2.980.403540.321442496
2.98-3.020.283370.322471508
3.02-3.070.316520.324487539
3.07-3.120.532540.35450504
3.12-3.170.427430.304480523
3.17-3.220.338430.259500543
3.22-3.280.337620.302450512
3.28-3.340.253430.254527570
3.34-3.410.312550.3470525
3.41-3.490.325480.26527575
3.49-3.570.272480.243498546
3.57-3.650.307480.227449497
3.65-3.750.304490.245455504
3.75-3.860.315560.218484540
3.86-3.990.24500.214523573
3.99-4.130.269570.209529586
4.13-4.290.295550.188505560
4.29-4.480.252450.228555600
4.48-4.720.31730.201491564
4.72-5.010.239680.225529597
5.01-5.390.278480.245534582
5.39-5.920.259680.273526594
5.92-6.750.37530.241542595
6.75-8.390.293600.241518578
8.39-200.213530.206532585
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.par
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る