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- PDB-2p7j: Crystal structure of the domain of putative sensory box/GGDEF fam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p7j
タイトルCrystal structure of the domain of putative sensory box/GGDEF family protein from Vibrio parahaemolyticus
要素Putative sensory box/GGDEF family protein
キーワードTRANSCRIPTION / Sensory box/GGDEF family protein / Structural genomics / MCSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / protein histidine kinase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / phosphorelay signal transduction system / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial histidine kinase, sensor domain / : / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain ...: / Bacterial histidine kinase, sensor domain / : / Periplasmic sensor-like domain superfamily / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / Nucleotide cyclase / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / diguanylate cyclase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Wu, R. / James, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the domain of putative sensory box/GGDEF family protein from Vibrio parahaemolyticus
著者: Wu, R. / James, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS A DIMER. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative sensory box/GGDEF family protein
B: Putative sensory box/GGDEF family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8896
ポリマ－66,6142
非ポリマー2754
水5,783321
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.980, 81.596, 121.851
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細This protein exists as a dimer

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要素

#1: タンパク質 Putative sensory box/GGDEF family protein


分子量: 33306.918 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 27-312 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
生物種: Vibrio parahaemolyticus / 株: 223926 / 遺伝子: VP0354 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q87SR8
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M LiSO4, 25% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月4日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 34928 / Num. obs: 33442 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 32.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.583 / Mean I/σ(I) obs: 3.96 / Num. unique all: 3433 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→38.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 11.175 / SU ML: 0.149 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.21
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23863 1746 5 %RANDOM
Rwork0.19346 ---
all0.19577 33090 --
obs0.19577 33090 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.187 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.64 Å20 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----2.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→38.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4391 0 15 321 4727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224619
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5441.9636275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.555562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.48724.5240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.41515813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2391531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2674
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.22048
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.23179
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2480.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.280.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7091.52771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37824502
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.15431911
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4844.51773
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 110 -
Rwork0.209 2173 -
obs-2173 89.32 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.3463 Å / Origin y: 28.0199 Å / Origin z: 9.8719 Å
111213212223313233
T-0.0815 Å2-0.0376 Å20.0194 Å2--0.0562 Å2-0.019 Å2---0.0792 Å2
L0.332 °2-0.0627 °20.1315 °2-0.5334 °2-0.1556 °2--0.6171 °2
S-0.0217 Å °0.0485 Å °-0.0119 Å °-0.0377 Å °0.0122 Å °-0.0057 Å °0.0506 Å °-0.0055 Å °0.0094 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA9 - 6010 - 61
2X-RAY DIFFRACTION1AA61 - 12062 - 121
3X-RAY DIFFRACTION1AA121 - 180122 - 181
4X-RAY DIFFRACTION1AA181 - 240182 - 241
5X-RAY DIFFRACTION1AA241 - 273242 - 274
6X-RAY DIFFRACTION1BB8 - 609 - 61
7X-RAY DIFFRACTION1BB61 - 12062 - 121
8X-RAY DIFFRACTION1BB121 - 180122 - 181
9X-RAY DIFFRACTION1BB181 - 240182 - 241
10X-RAY DIFFRACTION1BB241 - 281242 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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