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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p6p | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of C-C bond-forming dTDP-D-Olivose-transferase UrdGT2 | ||||||
![]() | Glycosyl transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / C-glycosyltransferase / dTDP-D-Olivose-transferase / polyketide aglycon / GT-B family / X-ray-diffraction / UrdamycinA-biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mittler, M. / Bechthold, A. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and action of the C-C bond-forming glycosyltransferase UrdGT2 involved in the biosynthesis of the antibiotic urdamycin. 著者: Mittler, M. / Bechthold, A. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE Author states that the sequence database reference that was used for this entry (UNP ...SEQUENCE Author states that the sequence database reference that was used for this entry (UNP Q9RPA7) does not match sequence. The DB ref was removed. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 128.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 471.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41409.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Streptomyces fradiae Tue2717 / 遺伝子: urdGT2 / プラスミド: pRSET / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.43 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.1M HEPES,18% PEG 1500, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.88→68.04 Å / Num. all: 57551 / Num. obs: 57345 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 29.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 6.4 / Net I/σ(I): 15.7 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→68 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 15.7 / Num. unique all: 57346 / Rsym value: 6.4 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.096 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.88→68.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.88→1.929 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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