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- PDB-2p6n: Human DEAD-box RNA helicase DDX41, helicase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p6n
タイトルHuman DEAD-box RNA helicase DDX41, helicase domain
要素ATP-dependent RNA helicase DDX41
キーワードHYDROLASE / RNA / HELICASE / DEAD / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


STING mediated induction of host immune responses / IRF3-mediated induction of type I IFN / catalytic step 2 spliceosome / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / cell population proliferation / RNA helicase activity / cell differentiation ...STING mediated induction of host immune responses / IRF3-mediated induction of type I IFN / catalytic step 2 spliceosome / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / cell population proliferation / RNA helicase activity / cell differentiation / RNA helicase / mRNA binding / apoptotic process / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DDX41, DEAD-box helicase domain / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily ...DDX41, DEAD-box helicase domain / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX41
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Karlberg, T. / Ogg, D. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A. / Flodin, S. / Flores, A. ...Karlberg, T. / Ogg, D. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hallberg, B.M. / Hammarstrom, M. / Johansson, I. / Kotenyova, T. / Lehtio, L. / Moche, M. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Stenmark, P. / Sundstrom, M. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Holmberg-Schiavone, L. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2010
タイトル: Comparative Structural Analysis of Human DEAD-Box RNA Helicases.
著者: Schutz, P. / Karlberg, T. / van den Berg, S. / Collins, R. / Lehtio, L. / Hogbom, M. / Holmberg-Schiavone, L. / Tempel, W. / Park, H.W. / Hammarstrom, M. / Moche, M. / Thorsell, A.G. / Schuler, H.
履歴
登録2007年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS A MONOMER. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DDX41
B: ATP-dependent RNA helicase DDX41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3452
ポリマ－42,3452
非ポリマー00
水00
1
A: ATP-dependent RNA helicase DDX41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1721
ポリマ－21,1721
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ATP-dependent RNA helicase DDX41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1721
ポリマ－21,1721
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.013, 68.013, 305.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 406 - 565 / Label seq-ID: 28 - 187

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細The biological unit is a monomer, the asymmetric unit contains two monomers

-
要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DDX41 / DEAD box protein 41 / DEAD box protein abstrakt homolog


分子量: 21172.273 Da / 分子数: 2 / 断片: HELICASE DOMAIN / 変異: R525C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX41, ABS / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold pRARE2
参照: UniProt: Q9UJV9, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 293 K / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 200mM Lithium sulfate, 100mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 5.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.04005
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月29日 / 詳細: DOUBLE CRYSTAL, SI(111) OR SI(311), TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: KHOZU, WITH A MCLENNON CONTROLLER CONTAINING A LN2 COOLED SI111 CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 13827 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 40 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.029 / Net I/σ(I): 35.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.8 Å / 冗長度: 41.8 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 12.6 / Rsym value: 0.084 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I4I

2i4i


解像度: 2.6→29.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 27.859 / SU ML: 0.266 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.559 / ESU R Free: 0.337 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29431 696 5 %RANDOM
Rwork0.24345 ---
obs0.24594 13220 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.341 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2481 0 0 0 2481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222518
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021691
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6021.9913404
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90934192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3435314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.95625.943106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.74715474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.418158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.250.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.21756
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.21227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.21351
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.251
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2460.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6351.51733
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1231.5636
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.94222564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.61231009
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5484.5840
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
A926medium positional0.230.5
B1130loose positional0.515
A926medium thermal0.322
B1130loose thermal0.4410
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 49 -
Rwork0.29 929 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.1667-3.4473-1.39776.5293-0.85788.33780.0183-0.11450.42930.7234-0.0013-0.241-0.23540.078-0.0171-0.0312-0.0803-0.01620.0619-0.049-0.2277-19.91133.977191.693
24.03220.8659-0.15563.7860.63666.7715-0.1180.47390.2612-0.29550.14240.0251-0.1877-0.123-0.0244-0.0344-0.05760.02010.09620.0817-0.0934-24.51333.265176.122
37.1827-1.30062.31284.6970.70316.7789-0.04160.018-0.1703-0.153-0.3045-0.37270.20220.46360.346-0.0877-0.05550.03280.11350.0184-0.066-10.99725.528190.719
46.24033.77371.25343.50070.64415.632-0.03281.222-0.3384-0.51250.21120.03870.39960.0914-0.17830.0191-0.04980.07720.2121-0.0391-0.124114.19924.576191.852
54.9156-1.3656-0.47293.35411.19035.6513-0.2117-0.2211-0.05160.11080.24450.11480.1333-0.1278-0.0329-0.0520.03490.06450.03490.0455-0.10259.45225.687207.284
66.87751.1452-1.44366.06410.5554.3295-0.17770.40820.3967-0.18330.2227-0.3175-0.02280.0447-0.045-0.08150.02120.06570.14690.0251-0.045322.66532.89193.409
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA406 - 43128 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2AA432 - 50854 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3AA509 - 568131 - 190
4X-RAY DIFFRACTION4BB406 - 43128 - 53
5X-RAY DIFFRACTION5BB432 - 50854 - 130
6X-RAY DIFFRACTION6BB509 - 565131 - 187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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