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- PDB-2p6f: Crystal structures of Saccharomyces cerevisiae N-myristoyltransfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p6f
タイトルCrystal structures of Saccharomyces cerevisiae N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA and inhibitors
要素Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / antifungal drug / non-peptidic inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / protein localization to membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase ...Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, conserved site / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 1. / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase signature 2. / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, N-terminal / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase, C-terminal / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, N-terminal domain / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase, C-terminal domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GN8 / TETRADECANOYL-COA / Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wu, J. / Ding, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of Saccharomyces cerevisiae N-myristoyltransferase with bound myristoyl-CoA and inhibitors reveal the functional roles of the N-terminal region.
著者: Wu, J. / Tao, Y. / Zhang, M. / Howard, M.H. / Gutteridge, S. / Ding, J.
履歴
登録2007年3月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月9日Group: Advisory
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
D: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
E: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
F: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,57018
ポリマ－317,4686
非ポリマー8,10212
水00
1
A: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2623
ポリマ－52,9111
非ポリマー1,3502
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2623
ポリマ－52,9111
非ポリマー1,3502
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2623
ポリマ－52,9111
非ポリマー1,3502
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2623
ポリマ－52,9111
非ポリマー1,3502
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2623
ポリマ－52,9111
非ポリマー1,3502
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2623
ポリマ－52,9111
非ポリマー1,3502
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)188.760, 151.492, 133.939
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / Peptide N-myristoyltransferase / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase / NMT / Cell division ...Peptide N-myristoyltransferase / Myristoyl-CoA:protein N-myristoyltransferase / NMT / Cell division control protein 72


分子量: 52911.383 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: 850892 / プラスミド: pBX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS
参照: UniProt: P14743, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-MYA / TETRADECANOYL-COA / MYRISTOYL-COA / ミリストイルCoA


分子量: 977.890 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H62N7O17P3S
#3: 化合物
ChemComp-GN8 / (Z)-3-BENZYL-5-(2-HYDROXY-3-NITROBENZYLIDENE)-2-THIOXOTHIAZOLIDIN-4-ONE


分子量: 372.418 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H12N2O4S2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 2.6M ammonium salphate, 20mM HEPES, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 65374 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rsym value: 0.154 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.329 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.329 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.818 / SU B: 73.838 / SU ML: 0.572 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.642 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.332 3222 5.1 %RANDOM
Rwork0.27 ---
obs0.273 63071 97.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.195 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4 Å20 Å2-0.62 Å2
2--1.34 Å20 Å2
3---2.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21460 0 528 0 21988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02222540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1581.9930517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.15552603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.59524.4951079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.841153953
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.22115114
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.23263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0216978
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.210789
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.215034
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2706
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1380.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7061.513409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.244221244
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.532310875
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2664.59273
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.385324284
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free0.813325
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded0.762321988
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.179 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 239 -
Rwork0.35 4373 -
obs-4612 98.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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