[日本語] English
万見
- PDB-2p6c: Crystal structure of hypothetical protein aq_2013 from Aquifex ae... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p6c
タイトルCrystal structure of hypothetical protein aq_2013 from Aquifex aeolicus VF5.
要素aq_2013 protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性YjbQ-like / Uncharacterised protein family UPF0047, YjbQ / YjbQ-like superfamily / Uncharacterised protein family UPF0047 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION / YjbQ family protein
機能・相同性情報
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yamamoto, H. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein aq_2013 from Aquifex aeolicus VF5
著者: Yamamoto, H. / Kunishima, N.
履歴
登録2007年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: aq_2013 protein
B: aq_2013 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5948
ポリマ－32,0252
非ポリマー5706
水4,522251
1
A: aq_2013 protein
ヘテロ分子

A: aq_2013 protein
ヘテロ分子

A: aq_2013 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,89212
ポリマ－48,0373
非ポリマー8559
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area10200 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA, PQS
2
B: aq_2013 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2974
ポリマ－16,0121
非ポリマー2853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: aq_2013 protein
ヘテロ分子

B: aq_2013 protein
ヘテロ分子

B: aq_2013 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,89212
ポリマ－48,0373
非ポリマー8559
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.248, 70.248, 133.937
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1113-

HOH

21A-1114-

HOH

31B-1096-

HOH

41B-1097-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer.

-
要素

#1: タンパク質 aq_2013 protein


分子量: 16012.288 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O67812
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Sodium Citrate, 1.0M Ammonium dihydrogen Phosphate, pH 5.6, MICROBATCH, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40 Å / Num. obs: 16682 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 16.729 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 32.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Mean I/σ(I) obs: 15 / Num. unique all: 1660 / Rsym value: 0.093 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VMJ

1vmj


解像度: 2→35.12 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THOUGEOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 816 -RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.183 16647 99.9 %-
all-16663 --
原子変位パラメータBiso mean: 16.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.33 Å20.73 Å20 Å2
2---0.33 Å20 Å2
3---0.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.22 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2256 0 30 251 2537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.37
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 137 -
Rwork0.2 --
obs-2775 100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る