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万見
- PDB-2p67: Crystal structure of LAO/AO transport system kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p67
タイトルCrystal structure of LAO/AO transport system kinase
要素LAO/AO transport system kinase
キーワードTRANSFERASE / argK / Kinase / LAO/AO transport system kinase / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GTPase activity / GTP binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
SIMIBI class G3E GTPase, ArgK/MeaB / Methylmalonyl Co-A mutase-associated GTPase MeaB / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...SIMIBI class G3E GTPase, ArgK/MeaB / Methylmalonyl Co-A mutase-associated GTPase MeaB / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Adams, J. / Rodgers, L. / Toro, R. / Bain, K. / Rutter, M. / Schwinn, K. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of LAO/AO transport system kinase
著者: Ramagopal, U.A. / Adams, J. / Rodgers, L. / Toro, R. / Bain, K. / Rutter, M. / Schwinn, K. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LAO/AO transport system kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1296
ポリマ－37,9641
非ポリマー1655
水3,819212
1
A: LAO/AO transport system kinase
ヘテロ分子

A: LAO/AO transport system kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,25812
ポリマ－75,9282
非ポリマー33010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area6440 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area28120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.311, 108.452, 141.296
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細Biological unit is a domain swapped dimer

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要素

#1: タンパク質 LAO/AO transport system kinase


分子量: 37964.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: argK, b2918, JW2885 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P27254, 転移酵素; リンを含む基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 2.5 M NaCl, 10% MPD, 0.1M CAPS pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X3A10.9793
シンクロトロンNSLS X29A20.9793
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2007年2月27日
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年2月27日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
21
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 40015 / Num. obs: 40015 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.041 / Χ2: 0.673 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3999 / Rsym value: 0.424 / Χ2: 0.283 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXEモデル構築
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→43.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 2.457 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 2006 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.208 39802 --
obs0.208 39802 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.133 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å20 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2368 0 5 212 2585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2021.9663394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8345326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.63823.333120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.82315462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4611528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021876
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.21733
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3430.2103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8141.51543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.52322498
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3013975
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9144.5884
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.842 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 144 -
Rwork0.277 2695 -
obs-2839 96.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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