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- PDB-2p5u: Crystal structure of Thermus thermophilus HB8 UDP-glucose 4-epime... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p5u
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus HB8 UDP-glucose 4-epimerase complex with NAD
要素UDP-glucose 4-epimerase
キーワードISOMERASE / TTHA0591 / STRUCTURAL GENOMICS / Thermus thermophilus HB8 / UDP-glucose 4-epimerase / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-L-rhamnose synthase activity / UDP-glucose 4,6-dehydratase activity / UDP-rhamnose biosynthetic process / dTDP-glucose 4,6-dehydratase activity / flavonol biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / UDP-glucose 4-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Fu, Z.-Q. / Chen, L. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Zhao, M. / Dillard, B. / Chrzas, J. / Rose, J.P. ...Fu, Z.-Q. / Chen, L. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Zhao, M. / Dillard, B. / Chrzas, J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG) / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Thermus thermophilus HB8 UDP-glucose 4-epimerase complex with NAD
著者: Fu, Z.-Q. / Chen, L. / Ebihara, A. / Shinkai, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Zhao, M. / Dillard, B. / Chrzas, J. / Rose, J.P. / Wang, B.-C.
履歴
登録2007年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ... BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS A DIMER. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose 4-epimerase
B: UDP-glucose 4-epimerase
C: UDP-glucose 4-epimerase
D: UDP-glucose 4-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,9198
ポリマ－135,2664
非ポリマー2,6544
水7,404411
1
A: UDP-glucose 4-epimerase
D: UDP-glucose 4-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9604
ポリマ－67,6332
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4880 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23500 Å2
手法PISA
2
B: UDP-glucose 4-epimerase
C: UDP-glucose 4-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9604
ポリマ－67,6332
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)250.922, 250.922, 121.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The biological assembly is a monomer with NAD

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要素

#1: タンパク質
UDP-glucose 4-epimerase


分子量: 33816.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
生物種: Thermus thermophilus / 株: HB8, DSM 579 / 遺伝子: TTHA0591 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q5SKQ2, UDP-glucose 4-epimerase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (11.71 mg/ml) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.09M Tris-HCl pH 8.5, 0.63M tri-Sodium citrate , VAPOR DIFFUSION, ...詳細: USING 1 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (11.71 mg/ml) AND RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.09M Tris-HCl pH 8.5, 0.63M tri-Sodium citrate , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97243 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月11日 / 詳細: ROSENBAUM
放射モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97243 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 18.5 % / Av σ(I) over netI: 19.1 / 数: 1664200 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 1.31 / D res high: 2.37 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 90097 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.15099.910.0671.71217.7
4.055.110010.0711.62718.5
3.544.0510010.071.45618.7
3.223.5410010.0821.48818.7
2.993.2210010.0871.25718.8
2.812.9910010.1011.13918.8
2.672.8110010.1261.10518.8
2.552.6710010.1451.09718.8
2.452.5599.910.1851.08118.8
2.372.4599.210.2171.0817
反射解像度: 2.37→50 Å / Num. all: 90097 / Num. obs: 90097 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18.5 % / Rsym value: 0.085 / Χ2: 1.307 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.37-2.45170.21787971.0899.2
2.45-2.5518.80.18588911.08199.9
2.55-2.6718.80.14589101.097100
2.67-2.8118.80.12689271.105100
2.81-2.9918.80.10189251.139100
2.99-3.2218.80.08789601.257100
3.22-3.5418.70.08289961.488100
3.54-4.0518.70.0790541.456100
4.05-5.118.50.07191381.627100
5.1-5017.70.06794991.71299.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SGXPRO位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.37→49.85 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 8975 9.9 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs-89519 98.7 %-
溶媒の処理Bsol: 35.779 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 28.253 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.338 Å2-4.026 Å20 Å2
2---2.338 Å20 Å2
3---4.676 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→49.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9552 0 176 411 10139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.463
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3831.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.5742
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2622
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.9072.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:nad_yale.paramCNS_TOPPAR:nad_yale.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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