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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p5r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the poplar glutathione peroxidase 5 in the oxidized form | ||||||
要素 | Glutathione peroxidase 5グルタチオンペルオキシダーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Thioredoxin fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Populus trichocarpa x Populus deltoides (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Koh, C.S. / Didierjean, C. / Navrot, N. / Panjikar, S. / Mulliert, G. / Rouhier, N. / Jacquot, J.-P. / Aubry, A. / Shawkataly, O. / Corbier, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: Crystal Structures of a Poplar Thioredoxin Peroxidase that Exhibits the Structure of Glutathione Peroxidases: Insights into Redox-driven Conformational Changes. 著者: Koh, C.S. / Didierjean, C. / Navrot, N. / Panjikar, S. / Mulliert, G. / Rouhier, N. / Jacquot, J.P. / Aubry, A. / Shawkataly, O. / Corbier, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2p5r.cif.gz | 79.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2p5r.ent.gz | 63.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2p5r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/2p5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/2p5r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19432.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Populus trichocarpa x Populus deltoides (植物) 遺伝子: PtGPX5 / プラスミド: pET-3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pSBET 参照: UniProt: A3FNZ8, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 詳細: 25 % PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M calcium chloride, pH 8.5, Microbatch, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.8063 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8063 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 13374 / Num. obs: 13374 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 0.275 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 7.79 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Num. unique all: 654 / Χ2: 0.181 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 43.036 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.066 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→50 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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