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- PDB-2p5l: Crystal structure of a dimer of N-terminal domains of AhrC in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p5l
タイトルCrystal structure of a dimer of N-terminal domains of AhrC in complex with an 18bp DNA operator site
要素
  • Arginine repressor
  • DNA (5'-D(*DCP*DAP*DTP*DGP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DAP*DAP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(*DCP*DTP*DTP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DAP*DTP*DG)-3')
キーワードtranscription repressor / DNA-binding domain / winged helix-turn-helix / ARG box / protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine catabolic process to ornithine / arginine biosynthetic process / arginine binding / protein complex oligomerization / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...Arginine repressor / Arginine repressor, C-terminal / Arginine repressor, DNA-binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain superfamily / Arginine repressor, DNA binding domain / Arginine repressor, C-terminal domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Arginine repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Garnett, J.A. / Marincs, F. / Baumberg, S. / Stockley, P.G. / Phillips, S.E.V.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure and function of the arginine repressor-operator complex from Bacillus subtilis.
著者: Garnett, J.A. / Marincs, F. / Baumberg, S. / Stockley, P.G. / Phillips, S.E.
履歴
登録2007年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DTP*DGP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DAP*DAP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DCP*DTP*DTP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DAP*DTP*DG)-3')
E: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DTP*DGP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DAP*DAP*DG)-3')
F: DNA (5'-D(*DCP*DTP*DTP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DAP*DTP*DG)-3')
C: Arginine repressor
D: Arginine repressor
G: Arginine repressor
H: Arginine repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,25713
ポリマ－51,7768
非ポリマー4805
水23413
1
A: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DTP*DGP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DAP*DAP*DG)-3')
B: DNA (5'-D(*DCP*DTP*DTP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DAP*DTP*DG)-3')
C: Arginine repressor
D: Arginine repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9845
ポリマ－25,8884
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area10980 Å2
手法PISA
2
E: DNA (5'-D(*DCP*DAP*DTP*DGP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DAP*DAP*DG)-3')
F: DNA (5'-D(*DCP*DTP*DTP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DAP*DTP*DG)-3')
G: Arginine repressor
H: Arginine repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2728
ポリマ－25,8884
非ポリマー3844
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
ΔGint-75.4 kcal/mol
Surface area11570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.105, 118.770, 121.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
詳細1 of the 2 complexes (chains A,B,C,D or E,F,G,H) is the biological protein-DNA complex

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DAP*DTP*DGP*DAP*DAP*DTP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DAP*DAP*DG)-3')


分子量: 5540.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized by MWG-biotech
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DTP*DTP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DTP*DAP*DTP*DTP*DCP*DAP*DTP*DG)-3')


分子量: 5486.573 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized by MWG-biotech
#3: タンパク質
Arginine repressor / Arginine hydroxamate resistance protein


分子量: 7430.474 Da / 分子数: 4 / Fragment: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: argR, ahrC / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17893
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.21 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7.1
詳細: 1.7M ammonium sulphate, 0.1M HEPES, 0.1M sodium chloride, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 7.10
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulphate11
2HEPES11
3sodium chloride11
4H2O11
5ammonium sulphate12
6HEPES12
7sodium chloride12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→24.81 Å / Num. obs: 23191 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 75.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.85→3 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.406 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.406 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: N-TERMINAL DOMAIN OF AHRC (2P5K) AND 7BP OF DNA FROM THE PURINE REPRESSOR-OPERATOR COMPLEX (1JFS)

2p5k

1jfs


解像度: 2.85→24.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 22.811 / SU ML: 0.204 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Individual isotropic temperature factors and individual TLS parameters for chains A-H
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1198 5.2 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.208 23191 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å20 Å20 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→24.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2064 1448 25 13 3550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0213804
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6752.465326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2635250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.99825.6100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.63715434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3811512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.31846
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3460.52397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.5225
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3440.332
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2460.511
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.69521285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17332064
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.58723282
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.87433262
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 76 -
Rwork0.39 1601 -
obs--97.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.0142.61943.24255.5661.06845.12550.4735-0.1813-1.17470.3989-0.1567-0.60720.7554-0.0122-0.31680.1208-0.0052-0.19-0.0759-0.01990.28335.3745.998-2.736
29.5644.13111.74836.6010.62082.04890.3669-0.0076-1.24390.42510.0095-1.12630.65290.1201-0.37640.1884-0.0336-0.2327-0.07760.02230.22914.4425.859-1.549
311.26970.53250.96544.1420.35194.85760.27920.65290.01170.0562-0.1662-0.447-0.02010.4921-0.1130.0750.0469-0.02260.04550.02030.1839.23921.699-9.365
46.45513.5890.30856.4098-0.08753.13850.2963-0.1328-0.07150.4881-0.32710.29860.5101-0.420.03080.1685-0.0266-0.01050.1251-0.01440.1305-12.08311.852-3.953
52.29560.22862.27371.07080.43847.39230.3662-0.2427-0.07130.2266-0.51010.49790.3057-1.14260.1440.2468-0.2416-0.01420.6032-0.20470.4183-34.558-17.771-30.214
65.2810.8234.0871.08251.72817.58210.4416-0.9223-0.15080.4465-0.51160.23890.7496-1.55510.07010.35-0.33040.00230.6417-0.10880.3709-34.592-19.948-30.24
77.01232.7793-0.10817.5122-0.47167.83890.30590.37950.1803-0.226-0.00690.84610.1296-1.1457-0.2990.01420.021-0.09860.3545-0.05640.1361-36.567-13.175-47.856
85.8767-0.2872-0.99566.13771.93449.64110.0233-0.1193-0.32640.4667-0.0362-0.15240.68560.36960.01290.1002-0.03120.00160.1002-0.0120.0931-15.869-19.41-34.157
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 181 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 181 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3CE2 - 642 - 64
4X-RAY DIFFRACTION4DF1 - 641 - 64
5X-RAY DIFFRACTION5EC1 - 181 - 18
6X-RAY DIFFRACTION6FD2 - 182 - 18
7X-RAY DIFFRACTION7GG2 - 642 - 64
8X-RAY DIFFRACTION8HH1 - 641 - 64

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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