[日本語] English
万見
- PDB-2p56: Crystal structure of alpha-2,3-sialyltransferase from Campylobact... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p56
タイトルCrystal structure of alpha-2,3-sialyltransferase from Campylobacter jejuni in apo form
要素Alpha-2,3-sialyltransferase
キーワードTRANSFERASE / mixed alpha beta
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Alpha-2,3-sialyltransferase / Alpha-2,3-sialyltransferase / Alpha-2,3-sialyltransferase superfamily / Alpha-2,3-sialyltransferase (CST-I) / sialyltransferase cstii, chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-2,3-sialyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chiu, C.P. / Lairson, L.L. / Gilbert, M. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Structural Analysis of the alpha-2,3-Sialyltransferase Cst-I from Campylobacter jejuni in Apo and Substrate-Analogue Bound Forms.
著者: Chiu, C.P. / Lairson, L.L. / Gilbert, M. / Wakarchuk, W.W. / Withers, S.G. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2007年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha-2,3-sialyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1406
ポリマ－33,8301
非ポリマー3105
水1,51384
1
A: Alpha-2,3-sialyltransferase
ヘテロ分子

A: Alpha-2,3-sialyltransferase
ヘテロ分子

A: Alpha-2,3-sialyltransferase
ヘテロ分子

A: Alpha-2,3-sialyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,56124
ポリマ－135,3194
非ポリマー1,24120
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area9680 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area45920 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)112.396, 112.396, 58.799
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: xyz, -x-y-z, -yxz, y-xz

-
要素

#1: タンパク質 Alpha-2,3-sialyltransferase


分子量: 33829.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: cst-I / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AD202 / 参照: UniProt: Q9RGF1, EC: 2.4.99.-
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 20mM Tris-HCl pH 7.5, and 200mM NaCl

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.514
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.514 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 18129 / % possible obs: 96.5 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.043 / Χ2: 0.984 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.236 / Num. unique all: 1245 / Rsym value: 0.214 / Χ2: 1.029 / % possible all: 66.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code 1RO7

1ro7


解像度: 2.2→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 879 4.7 %Random
Rwork0.212 ---
all0.214 18129 --
obs0.214 18129 96.6 %-
溶媒の処理Bsol: 43.922 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 40.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.082 Å20 Å20 Å2
2--10.082 Å20 Å2
3----20.164 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2128 0 20 84 2232
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.191
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4edo.par

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る