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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p4v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the transcript cleavage factor, GreB at 2.6A resolution | ||||||
![]() | Transcription elongation factor greB | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / transcript cleavage / Gre-factors / RNA polymerase | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA-templated transcription elongation / RNA polymerase binding / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vassylyeva, M.N. / Svetlov, V. / Dearborn, A.D. / Klyuyev, S. / Artsimovitch, I. / Vassylyev, D.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The carboxy-terminal coiled-coil of the RNA polymerase beta'-subunit is the main binding site for Gre factors. 著者: Vassylyeva, M.N. / Svetlov, V. / Dearborn, A.D. / Klyuyev, S. / Artsimovitch, I. / Vassylyev, D.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 201.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 165.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 548.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 66.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The monomer is a bilogical assembly of the protein |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18573.109 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 3.75% PEG 8000, 25 mM ammonium sulfate, 12 mM sodium cacodylate, 8mM TRIS HCl, 800 mM NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月14日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 74091 / Num. obs: 74091 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 32.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 5540 / Rsym value: 0.498 / % possible all: 73 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Single Wavelength / 解像度: 2.6→10 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: THE PERFECT MEROHEDRAL TWINNING WAS DETECTED IN THE CRYSTALS WITH THE TWINNING OPERATOR {H,-K,-L}. THE REFINEMENT STATISTICS PRESENTED FOR THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE REFINEMENT CARRIED OUT ...詳細: THE PERFECT MEROHEDRAL TWINNING WAS DETECTED IN THE CRYSTALS WITH THE TWINNING OPERATOR {H,-K,-L}. THE REFINEMENT STATISTICS PRESENTED FOR THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE REFINEMENT CARRIED OUT USING THE TWINNING OPTION OF THE CNS PROGRAM. FOR THE DEPOSITION THE DIFFRACTION DATA WERE DETWINNED USING THE CNS PROGRAM. THEREFORE, SOME REFLECTIONS WERE LOST DUE TO THE DETWINNING PROCEDURE AND ARE MISSING IN THE DEPOSITED SF FILE, WHEREAS THE REFINEMENT STATISTICS CALCULATED BASED ON THE DETWINNED ATA MIGHT BE SLIGHTLY DIFFERENT FROM THOSE OBTAINED DURING THE "TWINNED" REFINEMENT INCLUDED IN THIS ENTRY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.5 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å
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