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- PDB-2p4b: Crystal structure of E.coli RseB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p4b
タイトルCrystal structure of E.coli RseB
要素Sigma-E factor regulatory protein rseB
キーワードSIGNALING PROTEIN / Open and closed form
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of polysaccharide biosynthetic process / antisigma factor binding / sigma factor antagonist complex / outer membrane-bounded periplasmic space / protein stabilization / negative regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MucB/RseB, C-terminal domain / MucB/RseB / MucB/RseB, N-terminal / MucB/RseB, C-terminal / MucB/RseB, C-terminal domain superfamily / MucB/RseB N-terminal domain / MucB/RseB C-terminal domain / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Clam ...MucB/RseB, C-terminal domain / MucB/RseB / MucB/RseB, N-terminal / MucB/RseB, C-terminal / MucB/RseB, C-terminal domain superfamily / MucB/RseB N-terminal domain / MucB/RseB C-terminal domain / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Clam / Phosphorylase Kinase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sigma-E factor regulatory protein RseB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kim, D.Y. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of RseB and a model of its binding mode to RseA
著者: Kim, D.Y. / Jin, K.S. / Kwon, E. / Ree, M. / Kim, K.K.
履歴
登録2007年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2 THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONSISTS OF THREE CHAINS (A, B, C) SEE ...BIOMOLECULE: 1, 2 THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONSISTS OF THREE CHAINS (A, B, C) SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULES. THe author state that BIOMOLECULE 1 IS A HOMODIMER AND TWO SUBUNITS ARE RELATED BY NON-CRYSTALLOGRAPIHC TWO-FOLD SYMMETRY (CHAIN A AND CHAIN B). BIOMOLECULE 2 IS A HOMODIMER AND TWO SUBUNITS ARE RELATED BY CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD SYMMETRY (CHAIN C AND ITS EQUIVALENT).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sigma-E factor regulatory protein rseB
B: Sigma-E factor regulatory protein rseB
C: Sigma-E factor regulatory protein rseB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,2794
ポリマ－99,9863
非ポリマー2921
水5,855325
1
A: Sigma-E factor regulatory protein rseB
B: Sigma-E factor regulatory protein rseB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9503
ポリマ－66,6582
非ポリマー2921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area24670 Å2
手法PISA
2
C: Sigma-E factor regulatory protein rseB

C: Sigma-E factor regulatory protein rseB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6582
ポリマ－66,6582
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_756-x+2,y,-z+3/21
単位格子
Length a, b, c (Å)97.683, 197.681, 108.951
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Sigma-E factor regulatory protein rseB


分子量: 33328.750 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 遺伝子: rseB / プラスミド: pET-22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AFX9
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 6%(w/v) PEG 8000, 0.1M HEPES, 0.1M NaCl, 5%(v/v) MPD, 5%(w/v) guanidine-HCl, 3mM b-octylglucoside, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 41505 / Num. obs: 39529 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2526756.96 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 3965 10 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 39529 95.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.1905 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.64 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3----1.67 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6447 0 20 325 6792
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it7.641.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it11.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it10.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it14.262.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 631 10.1 %
Rwork0.294 5643 -
obs--92.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3bog.parambog.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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