PDB-2p3n: Thermotoga maritima IMPase TM1415

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p3n

タイトル

Thermotoga maritima IMPase TM1415

要素

Inositol-1-monophosphatase

キーワード

HYDROLASE / tetramer / inositol

機能・相同性

機能・相同性情報

inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / inositol metabolic process / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / signal transduction / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Stieglitz, K.A. / Roberts, M.F. / Li, W. / Stec, B.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the tetrameric inositol 1-phosphate phosphatase (TM1415) from the hyperthermophile, Thermotoga maritima.
著者: Stieglitz, K.A. / Roberts, M.F. / Li, W. / Stec, B.

履歴

登録	2007年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.5	2024年8月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / Item: _pdbx_initial_refinement_model.source_name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p3n.cif.gz	215.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p3n.ent.gz	172.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p3n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2p3n_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2p3n_full_validation.pdf.gz	484.3 KB	表示
XML形式データ	2p3n_validation.xml.gz	45.2 KB	表示
CIF形式データ	2p3n_validation.cif.gz	61.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/2p3n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p3/2p3n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p3vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r89-1 4xs3-d 4r7f-1 4r89-2 5z6w-d 4xvl-d 6e35-d 2y3r-2 3o82-d 5cyf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inositol-1-monophosphatase

B: Inositol-1-monophosphatase

C: Inositol-1-monophosphatase

D: Inositol-1-monophosphatase

ヘテロ分子

115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.024, 103.873, 80.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Inositol-1-monophosphatase / IMPase / Inositol-1-phosphatase / I-1-Pase 分子量: 28682.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: suhB / プラスミド: pet23a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O33832, inositol-phosphate phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 15% PEG 400, 0.2M magnesium sulfate, 50mM ammonium sulfate, 50mM cacodylate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年7月13日
放射	モノクロメーター: Osmic mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→42 Å / Num. all: 49804 / Num. obs: 46203 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 47 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1775 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
MOLREP		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Homology built model from human, AF and MJ IMPases

解像度: 2.2→42 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.279	1815	-	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
obs	0.209	46203	93.5 %	-
all	-	49804	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.533 Å²	0 Å²	-0.993 Å²
2-	-	9.616 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.083 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8084	0	4	302	8390

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.367

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.3 Å /

	R_factor	反射数
R_free	0.379	241
R_work	0.339	-
obs	-	4916

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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