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- PDB-2p2f: Acetyl-CoA Synthetase, wild-type with acetate, AMP, and CoA bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p2f
タイトルAcetyl-CoA Synthetase, wild-type with acetate, AMP, and CoA bound
要素Acetyl-coenzyme A synthetase
キーワードLIGASE / Adenylate-forming enzymes / Domain Alternation / Acyl-CoA ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / acetyl-CoA biosynthetic process / AMP binding / chemotaxis / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. ...Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / COENZYME A / Acetyl-coenzyme A synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Reger, A.S. / Gulick, A.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Biochemical and Crystallographic Analysis of Substrate Binding and Conformational Changes in Acetyl-CoA Synthetase.
著者: Reger, A.S. / Carney, J.M. / Gulick, A.M.
履歴
登録2007年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-coenzyme A synthetase
B: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,8218
ポリマ－144,4732
非ポリマー2,3486
水2,864159
1
A: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4104
ポリマ－72,2361
非ポリマー1,1743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acetyl-coenzyme A synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4104
ポリマ－72,2361
非ポリマー1,1743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.906, 94.933, 161.814
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Acetyl-coenzyme A synthetase / Acetate-CoA ligase / Acyl-activating enzyme


分子量: 72236.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: Typhi / 遺伝子: acs / プラスミド: pTYB1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZKF6, acetate-CoA ligase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / 詳細: USB, 21608
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / 詳細: Sigma, A-1752
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / 詳細: Sigma, C-4780 / コメント: AMP*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 6-15% PEG 8000, 9-13% ethylene glycol, 50 mM BTP, 1 mM CoA, 1 mM Acetate, 1 mM AMP, 1 mM TCEP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月28日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→81.65 Å / Num. obs: 42079 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.58→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 1PG4

1pg4


解像度: 2.58→81.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 20.041 / SU ML: 0.211 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.238 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2261 5.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.186 42079 98.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.048 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20 Å20 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.58→81.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9828 0 150 159 10137
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02210247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5321.95914000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.41651265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.14823.996448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.837151558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.211557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027857
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.24633
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.26918
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2468
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1480.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6111.56445
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.019210159
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.67234421
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6814.53841
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.647 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 144 -
Rwork0.226 2892 -
obs-3036 93.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50340.07070.06930.61090.00770.41110.0265-0.0045-0.0027-0.0152-0.0147-0.03170.06530.0418-0.0117-0.0350.02280.0001-0.03660.0015-0.04982.462730.304716.3629
22.38590.6621-0.94463.16570.80983.6109-0.0067-0.02030.00780.3555-0.0860.22560.1709-0.19770.0927-0.0681-0.02710.0423-0.07980.0054-0.0274-17.407839.269339.6581
30.5323-0.0123-0.0890.39790.06620.76420.0137-0.00930.0365-0.01480.0330.0105-0.1378-0.0196-0.0467-0.02940.0178-0.0205-0.0584-0.0005-0.037-30.230474.973516.9745
40.65640.313-0.34023.28760.90951.78350.0719-0.0097-0.07570.1449-0.19380.26310.0407-0.07120.1219-0.09510.0005-0.0173-0.0176-0.02910.0182-38.76244.529215.9048
51.3441-1.96648.27922.8769-12.112650.9975-0.13120.25811.1218-1.7881-0.7965-1.8053-0.285-2.83620.92770.00140.0010.0017-0.00160.0036-0.0014-7.933143.296320.4865
642.793913.278324.06274.40486.810915.0392.3765-0.70.7963-0.8985-0.4427-3.35710.9041-0.6087-1.9338-0.0039-0.00180.0039-0.0015-0.0044-0.0008-22.990558.97615.801
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA6 - 5176 - 517
22AA518 - 647518 - 647
33BB5 - 5175 - 517
44BB518 - 647518 - 647
55AE9901
66BF9911

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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