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- PDB-2p23: Crystal structure of human FGF19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p23
タイトルCrystal structure of human FGF19
要素Fibroblast growth factor 19
キーワードSIGNALING PROTEIN / atypical beta-trefoil fold
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bile acid biosynthetic process / betaKlotho-mediated ligand binding / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / FRS-mediated FGFR4 signaling ...negative regulation of bile acid biosynthetic process / betaKlotho-mediated ligand binding / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / FRS-mediated FGFR4 signaling / regulation of cell migration / positive regulation of glucose import / Negative regulation of FGFR4 signaling / positive regulation of JNK cascade / animal organ morphogenesis / growth factor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell differentiation / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor 15/19/21 / HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 19
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mohammadi, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2007
タイトル: Molecular insights into the klotho-dependent, endocrine mode of action of fibroblast growth factor 19 subfamily members.
著者: Goetz, R. / Beenken, A. / Ibrahimi, O.A. / Kalinina, J. / Olsen, S.K. / Eliseenkova, A.V. / Xu, C. / Neubert, T.A. / Zhang, F. / Linhardt, R.J. / Yu, X. / White, K.E. / Inagaki, T. / Kliewer, ...著者: Goetz, R. / Beenken, A. / Ibrahimi, O.A. / Kalinina, J. / Olsen, S.K. / Eliseenkova, A.V. / Xu, C. / Neubert, T.A. / Zhang, F. / Linhardt, R.J. / Yu, X. / White, K.E. / Inagaki, T. / Kliewer, S.A. / Yamamoto, M. / Kurosu, H. / Ogawa, Y. / Kuro-O, M. / Lanske, B. / Razzaque, M.S. / Mohammadi, M.
履歴
登録2007年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor 19
B: Fibroblast growth factor 19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4272
ポリマ－43,4272
非ポリマー00
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.297, 67.297, 54.557
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor 19 / FGF-19


分子量: 21713.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGF19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLys-S / 参照: UniProt: O95750
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.75
詳細: 100 mM tri-sodium citrate, 14% PEG 1000, pH 5.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97928 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月27日
放射モノクロメーター: KOHZU DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 25585 / Num. obs: 25585 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 4 % / Num. unique all: 2564 / Rsym value: 0.34 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PWA

1pwa


解像度: 1.8→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 2491 -Random
Rwork0.251 ---
all-25259 --
obs-25259 100 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.441 Å2-0.277 Å20 Å2
2--2.441 Å20 Å2
3----4.882 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2092 0 0 48 2140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005985
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.30172
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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