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- PDB-2p1j: Crystal structure of a polC-type DNA polymerase III exonuclease d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p1j
タイトルCrystal structure of a polC-type DNA polymerase III exonuclease domain from Thermotoga maritima
要素DNA polymerase III polC-type
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / EXONUCLEASE / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #140 / DNA polymerase III, alpha subunit, Gram-positive type / PolC, middle finger subdomain superfamily / DNA polymerase III epsilon subunit, exonuclease domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #140 / DNA polymerase III, alpha subunit, Gram-positive type / PolC, middle finger subdomain superfamily / DNA polymerase III epsilon subunit, exonuclease domain / DNA polymerase III, alpha subunit / Bacterial DNA polymerase III, alpha subunit, NTPase domain / DNA polymerase, helix-hairpin-helix motif / DNA polymerase III alpha subunit finger domain / Bacterial DNA polymerase III alpha NTPase domain / Helix-hairpin-helix motif / Bacterial DNA polymerase III alpha subunit finger domain / PHP domain / PHP domain / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase III PolC-type
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bonanno, J.B. / Rutter, M. / Bain, K.T. / Izuka, M. / Sridhar, V. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a polC-type DNA polymerase III exonuclease domain from Thermotoga maritima
著者: Bonanno, J.B. / Rutter, M. / Bain, K.T. / Izuka, M. / Sridhar, V. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.62021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.72024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III polC-type
B: DNA polymerase III polC-type


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8132
ポリマ－42,8132
非ポリマー00
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.703, 124.939, 143.062
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-6-

HOH

詳細domain swapped dimer

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III polC-type / PolIII


分子量: 21406.461 Da / 分子数: 2 / 断片: exonuclease domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
生物種: Thermotoga maritima / 株: MSB8, DSM 3109, JCM 10099 / 遺伝子: polC, TM_0576 / プラスミド: modified pET26 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZHF6, DNA-directed DNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.6
詳細: 100mM Tris-HCl pH 8.6, 20% Glycerol, 14% PEG 10000, 150mM Sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月24日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→24.05 Å / Num. all: 17030 / Num. obs: 17030 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 69.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.816 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2323 / Rsym value: 0.816 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 11.231 / SU ML: 0.259 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.447 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 848 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.232 16961 96.02 %-
all-16961 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.804 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.53 Å20 Å20 Å2
2--1.75 Å20 Å2
3----5.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2723 0 0 86 2809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9581.9673746
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2735333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.84723.561132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.85115519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6691522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022054
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2670.21322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.21852
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2220.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0591.51719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80822701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.30631197
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6214.51045
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 70 -
Rwork0.279 1078 -
obs-1148 90.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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