PDB-2p18: Crystal structure of the Leishmania infantum glyoxalase II

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p18

タイトル

Crystal structure of the Leishmania infantum glyoxalase II

要素

Glyoxalase II

キーワード

HYDROLASE / metalloprotein / beta sandwich / alpha-helical domain

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroxyacylglutathione hydrolase / hydroxyacylglutathione hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania infantum (幼児リーシュマニア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Trincao, J. / Barata, L. / Najmudin, S. / Bonifacio, C. / Romao, M.J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Catalysis and Structural Properties of Leishmania infantum Glyoxalase II: Trypanothione Specificity and Phylogeny.
著者: Silva, M.S. / Barata, L. / Ferreira, A.E. / Romao, S. / Tomas, A.M. / Freire, A.P. / Cordeiro, C.

履歴

登録	2007年3月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p18.cif.gz	74.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p18.ent.gz	53.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p18.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2p18_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2p18_full_validation.pdf.gz	455.9 KB	表示
XML形式データ	2p18_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	2p18_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/2p18	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p1eC 1qh3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1oaa-d 4jpm-d 1nas-d 6qzi-d 6b22-d 1sep-d 3ch3-d 3mbz-d 2rgz-3 1lda-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (2)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#4 - 2000年4月
コラーゲン (Collagen)
類似性 (1)
#116 - 2009年8月
硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glyoxalase II

ヘテロ分子

34.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.705, 88.989, 85.864
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1033- HOH

#1: タンパク質	Glyoxalase II 分子量: 34422.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leishmania infantum (幼児リーシュマニア) 遺伝子: GLO2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus / 参照: UniProt: Q2PYN0, hydroxyacylglutathione hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₉N₃
#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.52 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 30% PEG 4K, 0.2M MgCl2, 0.1M Ammonium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9538
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月17日 / 詳細: Undulator
放射	モノクロメーター: Si(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9538 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→53.376 Å / Num. all: 23962 / Num. obs: 23962 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.069 / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. measured all: 20168 / Num. unique all: 3459 / R_sym value: 0.468 / % possible all: 100

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.7 Å	25.89 Å
Translation	2.7 Å	25.89 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MxCuBE		データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QH3

1qh3

解像度: 1.8→53.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 4.535 / SU ML: 0.076 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.196	1224	5.1 %	RANDOM
R_work	0.171	-	-	-
all	0.246	23955	-	-
obs	0.172	23955	99.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.921 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→53.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2176	0	16	111	2303

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.519	1.939	3070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	11.759	5	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.453	23.883	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.019	15	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.042	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1744
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.108	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.048	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.235	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.205	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.987	1.5	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.009	2	2277
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.123	3	903
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.954	4.5	792

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	95	-
R_work	0.235	1653	-
obs	-	1748	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2283	1.0952	1.0751	2.9543	-0.3371	1.8364	-0.0334	-0.5959	0.2483	0.5208	-0.1064	-0.1091	-0.094	-0.0014	0.1398	-0.0143	-0.0107	0.009	0.0175	-0.0655	-0.1039	21.076	33.741	61.595
2	20.657	9.5332	9.037	13.8456	4.602	8.7224	0.0688	-1.7598	0.9294	0.6675	-0.1972	-0.1009	-0.5422	-0.2691	0.1284	0.1609	0.0023	0.1281	0.3084	-0.2213	0.0156	16.169	37.423	69.35
3	4.1394	-0.7099	0.0858	4.0378	0.5761	2.88	-0.0918	-0.6398	0.7521	0.4309	0.0235	0.1279	-0.2968	-0.2292	0.0683	-0.0482	0.0321	0.0301	-0.0145	-0.1003	0.0225	10.673	36.814	56.562
4	11.2301	-3.8784	-5.1528	6.4694	-0.797	23.2801	-0.1246	-1.9877	1.6029	1.3234	0.4403	-1.1069	-2.8536	-0.6232	-0.3157	0.472	0.1453	-0.0786	0.3371	-0.3445	0.4715	9.746	47.52	60.379
5	1.9109	-0.1557	0.1191	2.7096	-0.1857	1.3775	0.0859	-0.0469	0.3256	0.043	-0.061	-0.091	-0.1043	0.0349	-0.0249	-0.1315	-0.0033	0.0299	-0.1215	-0.0077	-0.0915	19.08	33.454	47.124
6	18.2321	6.5848	3.9225	6.4714	1.8219	4.0097	0.0129	0.8293	-0.0397	-0.5498	0.0778	0.0819	-0.0467	-0.0435	-0.0907	-0.0665	0.0629	-0.0114	-0.0498	0.0024	-0.173	20.269	22.241	37.713
7	2.9391	0.1463	-0.4049	2.8268	0.3433	1.203	0.0475	-0.0743	-0.2098	0.0754	-0.039	-0.2317	0.1147	0.0762	-0.0085	-0.1184	0.0156	-0.028	-0.0885	0.0216	-0.1363	28.717	20.751	49.342
8	9.1725	-5.8029	-8.4258	7.93	7.0391	11.3985	-0.2248	-0.3517	-0.3701	0.8242	0.0646	-0.2275	0.5493	0.285	0.1603	0.0236	0.033	-0.0937	0.0054	0.0986	-0.0611	31.919	11.549	57.132
9	3.9987	-0.3481	-0.3367	1.9754	1.0663	4.1472	0.0996	0.2015	-0.3884	0.0805	0.0446	-0.0702	0.1779	0.242	-0.1442	-0.1189	0.0185	-0.0381	-0.1137	0.0108	-0.0964	28.475	16.187	45.995
10	18.034	0.2333	-7.0581	7.5054	4.7886	9.1922	0.1063	0.4526	-1.4294	0.4391	-0.3045	0.5928	0.6171	-0.3672	0.1982	-0.0211	0.0018	-0.067	-0.0546	-0.0478	0.0369	19.059	9.894	40.489

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1 - 45	17 - 61
2	2	46 - 57	62 - 73
3	3	66 - 90	82 - 106
4	4	91 - 103	107 - 119
5	5	104 - 177	120 - 193
6	6	178 - 189	194 - 205
7	7	190 - 226	206 - 242
8	8	227 - 247	243 - 263
9	9	248 - 284	264 - 300
10	10	285 - 293	301 - 309

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