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- PDB-2p0y: Crystal structure of Q88YI3_LACPL from Lactobacillus plantarum. N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p0y
タイトルCrystal structure of Q88YI3_LACPL from Lactobacillus plantarum. Northeast Structural Genomics Consortium target LpR6
要素Hypothetical protein lp_0780
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / LpR6 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell shape / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gluconeogenesis factor / CofD-like domains / 2-phospho-L-lactate transferase CofD / CofD-like domain superfamily / 2-phospho-L-lactate transferase CofD / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative gluconeogenesis factor / :
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Benach, J. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Chi, K.H. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Benach, J. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Chi, K.H. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Q88YI3_LACPL from Lactobacillus plantarum.
著者: Benach, J. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Chi, K.H. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2007年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein lp_0780


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1381
ポリマ－38,1381
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.658, 78.130, 149.559
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein lp_0780


分子量: 38137.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
株: NCIMB 8826, WCFS1 / 遺伝子: lp_0780 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q88YI3, UniProt: F9UM03*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 278 K / 手法: microbatch under oil
詳細: 2.0 M Sodium chloride, 10 % PEG 6000, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 278K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97921, 0.97950, 0.96791
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979211
20.97951
30.967911
Reflection

D res high: 3 Å / D res low: 50 Å / 冗長度: 3.8 %

IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2Num. obs% possible obs
112.81241570.0861.243264398.7
211.21244880.11.313265099.3
39.21219620.1311.363227999.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.46509910.0261.1223.8
5.136.4699.910.061.0443.8
4.485.1310010.0621.173.9
4.074.4899.910.0761.1993.9
3.784.0799.910.0961.2363.8
3.563.7810010.1251.2153.8
3.383.5610010.1651.3053.8
3.233.3810010.2021.3163.8
3.113.2310010.2731.43.8
33.1188.710.3641.43.6
6.465099.120.0261.153.8
5.136.4699.920.0681.1133.8
4.485.1310020.071.2453.9
4.074.4810020.0871.2773.9
3.784.0799.920.1171.4113.8
3.563.7810020.1551.3633.8
3.383.5610020.2081.423.8
3.233.3810020.2611.3873.8
3.113.2310020.3491.4223.8
33.1194.320.471.3593.6
6.465099.230.0291.0783.8
5.136.4610030.091.2343.8
4.485.1310030.0891.2763.9
4.074.4810030.1181.3933.8
3.784.0799.930.1661.3853.8
3.563.7810030.2211.4033.8
3.383.5699.930.3061.4473.8
3.233.3810030.3771.443.8
3.113.2310030.4931.493.7
33.1199.730.631.4443.6
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 15950 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.66 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.397 / Num. unique all: 1603 / Χ2: 1.085 / % possible all: 96.6

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位相決定

Phasing dmFOM : 0.67 / FOM acentric: 0.68 / FOM centric: 0.63 / 反射: 7613 / Reflection acentric: 6637 / Reflection centric: 976
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8.4-31.9410.920.960.84379259120
5.3-8.40.790.820.641102909193
4.2-5.30.810.820.7313781185193
3.7-4.20.770.780.6813201176144
3.2-3.70.590.60.5222462021225
3-3.20.370.370.311881087101

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE2.08位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→20 Å / FOM work R set: 0.736 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 1281 8 %
Rwork0.274 --
obs-13650 85.4 %
溶媒の処理Bsol: 10 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 25.126 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.701 Å20 Å20 Å2
2---4.728 Å20 Å2
3---2.028 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1855 0 0 0 1855
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.9591.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.2192
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.1732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.0712.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
3-3.040.519480.346413461
3.04-3.080.352440.309398442
3.08-3.130.333460.313409455
3.13-3.180.34510.332414465
3.18-3.230.3320.268483515
3.23-3.290.354390.259481520
3.29-3.350.342440.301454498
3.35-3.410.324580.289440498
3.41-3.480.444470.303516563
3.48-3.550.314390.287502541
3.55-3.640.425510.265443494
3.64-3.730.364550.287557612
3.73-3.830.299690.251468537
3.83-3.940.31490.209542591
3.94-4.060.312660.245512578
4.06-4.210.255450.239507552
4.21-4.380.233580.215579637
4.38-4.570.219420.203519561
4.57-4.810.268570.231552609
4.81-5.110.332500.237530580
5.11-5.490.494480.314548596
5.49-6.030.38650.305526591
6.03-6.870.323640.287505569
6.87-8.550.355590.304538597
8.55-200.415550.351533588
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.par
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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