ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | CBASS | | データ収集 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | SHELXD | | 位相決定 | SHARP | | 位相決定 | ARP/wARP | | モデル構築 |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.04→40.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 143575.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The missing residues are due to lack of electron density
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.273 | 1002 | 5.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.231 | - | - | - |
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all | 0.231 | 17182 | - | - |
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obs | 0.231 | 17182 | 95.5 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.622 Å2 / ksol: 0.364749 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.6 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.48 Å2 | 0 Å2 | -0.55 Å2 |
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2- | - | -0.19 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -1.28 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.32 Å | 0.26 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.32 Å | 0.22 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.04→40.06 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2123 | 0 | 0 | 79 | 2202 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.006 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.3 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.81 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.32 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.96 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.23 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.19 | 2.5 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.04→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.376 | 92 | 4.9 % |
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Rwork | 0.288 | 1783 | - |
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obs | - | - | 59.6 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | dna-rna_rep.param | dna-rna.top | X-RAY DIFFRACTION | 3 | water_rep.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 4 | ion.paramion.top | | | | | |
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