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- PDB-2p02: Crystal structure of the alpha subunit of human S-adenosylmethion... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p02
タイトルCrystal structure of the alpha subunit of human S-adenosylmethionine synthetase 2
要素S-adenosylmethionine synthetase isoform type-2
キーワードTRANSFERASE / SYNTHETASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / Methylation / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / one-carbon metabolic process ...methionine adenosyltransferase complex / methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / protein heterooligomerization / Methylation / cellular response to methionine / protein hexamerization / small molecule binding / one-carbon metabolic process / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to leukemia inhibitory factor / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain ...GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Papagrigoriou, E. / Shafqat, N. / Rojkova, A. / Niessen, F.H. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Gorrec, F. / Ugochukwu, E. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. ...Papagrigoriou, E. / Shafqat, N. / Rojkova, A. / Niessen, F.H. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Gorrec, F. / Ugochukwu, E. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the alpha subunit of human S-adenosylmethionine synthetase 2
著者: Papagrigoriou, E. / Shafqat, N. / Rojkova, A. / Niessen, F.H. / Kavanagh, K.L. / von Delft, F. / Gorrec, F. / Ugochukwu, E. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Oppermann, U.
履歴
登録2007年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年3月13日ID: 2HJ2
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthetase isoform type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2423
ポリマ－43,8081
非ポリマー4342
水9,224512
1
A: S-adenosylmethionine synthetase isoform type-2
ヘテロ分子

A: S-adenosylmethionine synthetase isoform type-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4836
ポリマ－87,6152
非ポリマー8684
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.301, 94.106, 117.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-836-

HOH

詳細Biological unit can be generated by applying the following symmetry operation: -X, -Y, Z

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要素

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine synthetase isoform type-2 / Methionine adenosyltransferase 2 / AdoMet synthetase 2 / Methionine adenosyltransferase II / MAT-II


分子量: 43807.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAT2A, AMS2, MATA2 / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31153, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2M Lithium chloride, 0.1M Tris-HCl, 20% PEG 6000, 10.0% Ethylene glycol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→73.52 Å / Num. all: 113895 / Num. obs: 113895 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.16 % / Rmerge(I) obs: 0.0501 / Net I/σ(I): 23.09
反射 シェル解像度: 1.21→1.3 Å / 冗長度: 6.48 % / Rmerge(I) obs: 0.1849 / Mean I/σ(I) obs: 10.93 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QM4

1qm4


解像度: 1.21→73.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 0.598 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.11946 5709 5 %RANDOM
Rwork0.09981 ---
all0.1008 108185 --
obs0.1008 108185 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20 Å20 Å2
2---0.57 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→73.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3030 0 28 524 3582
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223144
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.9794300
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99335288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6225419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.31223.806134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.05115541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3191521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2485
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.2571
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.22349
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21641
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2336
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2610.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5761.52068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5461.5800
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94423177
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.89431311
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7364.51102
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.25835907
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.7453538
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.11735212
LS精密化 シェル解像度: 1.21→1.241 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.112 396 -
Rwork0.087 7725 -
obs--96.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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