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- PDB-2ozu: Crystal structure of human MYST histone acetyltransferase 3 in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ozu
タイトルCrystal structure of human MYST histone acetyltransferase 3 in complex with acetylcoenzyme A
要素Histone acetyltransferase MYST3
キーワードTRANSFERASE / histone acetyltransferase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K12 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3 acetyltransferase activity / myeloid cell differentiation / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis ...histone H4K12 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3 acetyltransferase activity / myeloid cell differentiation / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / protein acetylation / acetyltransferase activity / chromosome organization / histone acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / transcription coregulator activity / PML body / cellular senescence / nucleosome / nucleosome assembly / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-acetyl transferase-like / : / SAM domain-containing protein 1, WH domain / SAMD1-like winged helix (WH) domain profile. / : / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. ...N-acetyl transferase-like / : / SAM domain-containing protein 1, WH domain / SAMD1-like winged helix (WH) domain profile. / : / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / PHD-finger / Acyl-CoA N-acyltransferase / Zinc finger PHD-type signature. / Aminopeptidase / Zinc finger PHD-type profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Arc Repressor Mutant, subunit A / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETAMIDE / ACETYL COENZYME *A / Histone acetyltransferase KAT6A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Min, J. / Wu, H. / Dombrovski, L. / Bernstein, G. / Dong, A. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Min, J. / Wu, H. / Dombrovski, L. / Bernstein, G. / Dong, A. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of human MYST histone acetyltransferase 3 in complex with acetylcoenzyme A
著者: Wu, H. / Min, J. / Dombrovski, L. / Bernstein, G. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N.
履歴
登録2007年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase MYST3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6257
ポリマ－33,5141
非ポリマー1,1116
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.850, 104.045, 109.589
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase MYST3 / MYST protein 3 / MOZ / YBF2/SAS3 / SAS2 and TIP60 protein 3 / Runt-related transcription factor- ...MYST protein 3 / MOZ / YBF2/SAS3 / SAS2 and TIP60 protein 3 / Runt-related transcription factor-binding protein 2 / Monocytic leukemia zinc finger protein / Zinc finger protein 220


分子量: 33514.000 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic region: residues 497-780 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYST3, MOZ, RUNXBP2, ZNF220 / プラスミド: pET28a-MHL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92794, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S
#4: 化合物
ChemComp-ACM / ACETAMIDE / アセトアミド


分子量: 59.067 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.83 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12% PEG 5000, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→75.38 Å / Num. all: 15100 / Num. obs: 15100 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1334 / % possible all: 88.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→75.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 11.144 / SU ML: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24502 756 5 %RANDOM
Rwork0.1906 ---
all0.19334 14336 --
obs0.19334 14336 98.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.251 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å20 Å2
2---0.91 Å20 Å2
3---1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→75.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2121 0 68 132 2321
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222264
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4391.9963052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.755254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.83823.069101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.23715407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.491513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21487
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2680.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.641.51340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05422093
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63431085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2944.5959
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.357 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 51 -
Rwork0.238 921 -
obs--87.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.7597-3.29097.13115.9416-2.196914.4989-0.1870.2364-0.3903-0.11870.0604-0.15450.6422-0.08260.12660.0235-0.05590.0481-0.0697-0.05820.10139.50521.240925.4854
29.04932.63881.57916.4633-1.07390.689-0.17160.5653-0.1603-0.79060.16490.3280.49890.04460.00670.0645-0.00790.01940.0627-0.0696-0.00165.28436.688819.8616
316.247117.1689-0.429519.3797-6.758832.1586-2.10741.23390.1373-4.4345-0.0024-0.19450.5473-1.46912.10990.4980.00160.24470.4272-0.3639-0.019612.97715.152812.8663
44.60292.4424-1.08864.9906-0.1272.9213-0.32220.2649-0.4135-0.12820.0736-0.3979-0.06530.07830.2487-0.03010.01570.06020.0116-0.03040.117916.78416.658824.3209
59.78244.80248.696720.424122.781526.7003-0.0504-0.0181-0.28690.52240.0843-0.78961.16150.7581-0.0339-0.05970.12370.09510.06320.08130.230124.12152.984525.2648
66.0238-2.1374-4.31152.48961.63366.37610.0931-0.57470.15650.05160.1726-0.1833-0.01270.7621-0.2657-0.0054-0.044-0.08410.0781-0.00450.049616.096415.402140.0247
71.22340.2195-0.74791.5186-0.90540.8837-0.08960.17910.1333-0.16210.12160.0974-0.04190.0915-0.0320.052-0.0112-0.00310.03520.02770.07077.900117.546226.619
83.1469-1.17431.22132.4937-2.66165.1730.11280.09210.043-0.21940.0526-0.01650.21460.2173-0.16540.0553-0.0170.0119-0.00830.01020.04369.574217.850131.3085
92.2162-0.80540.38251.658-0.11671.35990.0294-0.02920.0497-0.0937-0.05250.0019-0.0483-0.00960.0230.0312-0.00120.00310.00650.01160.0570.34317.284435.8752
105.76692.01026.19226.98217.310818.4687-0.3717-0.03470.5851-0.57370.20040.032-0.93020.27810.17130.02290.0195-0.00440.01-0.01010.0632-6.233225.666436.2204
110.8678-0.5952-2.78465.78772.354610.88460.08660.1156-0.013-0.091-0.06210.28170.3597-0.8085-0.0245-0.0084-0.0017-0.04730.06820.03670.0995-11.359513.275635.7341
123.33471.53090.45864.8034-3.65943.7153-0.1511-0.54480.10370.47710.058-0.0549-0.8148-0.54740.09310.14990.1275-0.01340.1593-0.003-0.0225-14.839722.127349.7364
134.5050.4149-0.62773.0751-2.25015.5129-0.1914-0.1171-0.1345-0.26760.48240.2694-0.059-0.8852-0.291-0.01760.0409-0.00410.17460.07990.0642-21.047619.587640.3846
1441.1064-13.60147.64616.5094-8.69087.25790.5432-1.9014-2.5704-0.34490.47170.6611.2737-1.3052-1.0150.1336-0.1726-0.03640.0190.25420.0209-18.2949.008652.2093
1513.57915.1727-1.8356.4085-1.29064.3728-0.2347-0.8207-0.11380.13170.0808-0.1216-0.02780.04380.15390.07610.01510.01670.0020.0351-0.08982.082416.876949.0083
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA507 - 51811 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2AA519 - 52923 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3AA530 - 53534 - 39
4X-RAY DIFFRACTION4AA536 - 54940 - 53
5X-RAY DIFFRACTION5AA550 - 55754 - 61
6X-RAY DIFFRACTION6AA558 - 57762 - 81
7X-RAY DIFFRACTION7AA578 - 60582 - 109
8X-RAY DIFFRACTION8AA606 - 625110 - 129
9X-RAY DIFFRACTION9AA626 - 670130 - 174
10X-RAY DIFFRACTION10AA671 - 683175 - 187
11X-RAY DIFFRACTION11AA684 - 696188 - 200
12X-RAY DIFFRACTION12AA697 - 721201 - 225
13X-RAY DIFFRACTION13AA722 - 747226 - 251
14X-RAY DIFFRACTION14AA748 - 762252 - 266
15X-RAY DIFFRACTION15AA765 - 776269 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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