PDB-2ozt: Crystal structure of O-succinylbenzoate synthase from Thermosynec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ozt

タイトル

Crystal structure of O-succinylbenzoate synthase from Thermosynechococcus elongatus BP-1

要素

Tlr1174 protein

キーワード

LYASE / STRUCTURAL GENOMICS / O-succinylbenzoate synthase / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC

機能・相同性

機能・相同性情報

o-succinylbenzoate synthase / O-succinylbenzoate synthase activity / phylloquinone biosynthetic process / menaquinone biosynthetic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Bonanno, J. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Schwinn, K.D. / Bain, K.T. / Adams, J.M. / Reyes, C. / Rooney, I. / Gheyi, T. ...

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Loss of quaternary structure is associated with rapid sequence divergence in the OSBS family.
著者: Odokonyero, D. / Sakai, A. / Patskovsky, Y. / Malashkevich, V.N. / Fedorov, A.A. / Bonanno, J.B. / Fedorov, E.V. / Toro, R. / Agarwal, R. / Wang, C. / Ozerova, N.D. / Yew, W.S. / Sauder, J.M. ...

履歴

登録	2007年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2014年6月11日	Group: Database references
改定 1.4	2014年8月13日	Group: Database references
改定 1.5	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.6	2018年11月14日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.7	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.8	2021年2月3日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ozt.cif.gz	85.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ozt.ent.gz	65.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ozt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ozt_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ozt_full_validation.pdf.gz	435.5 KB	表示
XML形式データ	2ozt_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	2ozt_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/2ozt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/2ozt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wueC 1wufC 2oktC 2olaC 2pgeC 3cawC 3h70C 3h7vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3h7v-d 4xcs-1 2wdt-2 5kf8-d 5cdz-d 6kvh-d 1fhv-d 5jp3-3 3s95-2 5u1e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-9306e

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Tlr1174 protein

ヘテロ分子

37.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.641, 113.498, 148.155
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Tlr1174 protein 分子量: 37621.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: tlr1174 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DJP8
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 20% PEG8000, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97969 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97969 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.7 % / Av σ(I) over netI: 10.7 / 数: 776620 / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.46 / D res high: 1.42 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 116450 / % possible obs: 95.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.85	20	99.3	1	0.039	2.339	7.6
3.06	3.85	100	1	0.044	2.384	7.7
2.67	3.06	100	1	0.052	2.189	7.6
2.43	2.67	100	1	0.058	1.994	7.3
2.25	2.43	99.8	1	0.065	1.886	7
2.12	2.25	99.2	1	0.069	1.814	6.7
2.01	2.12	97.7	1	0.078	1.62	6.6
1.93	2.01	96.5	1	0.091	1.446	6.5
1.85	1.93	95.6	1	0.112	1.388	6.6
1.79	1.85	95.6	1	0.135	1.226	6.6
1.73	1.79	94.7	1	0.163	1.186	6.6
1.68	1.73	95.2	1	0.199	1.099	6.6
1.64	1.68	94.5	1	0.235	1.046	6.7
1.6	1.64	94.7	1	0.279	0.987	6.6
1.56	1.6	94.9	1	0.312	0.955	6.5
1.53	1.56	94	1	0.356	0.926	6.3
1.5	1.53	92.6	1	0.417	0.903	6.1
1.47	1.5	90.2	1	0.465	0.865	5.9
1.44	1.47	86.2	1	0.592	0.822	5.7
1.42	1.44	82.2	1	0.627	0.817	5.6

反射

解像度: 1.42→20 Å / Num. obs: 116450 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.462 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.42-1.44	5.6	0.627	5013	0.817	1	82.2
1.44-1.47	5.7	0.592	5342	0.822	1	86.2
1.47-1.5	5.9	0.465	5431	0.865	1	90.2
1.5-1.53	6.1	0.417	5681	0.903	1	92.6
1.53-1.56	6.3	0.356	5741	0.926	1	94
1.56-1.6	6.5	0.312	5804	0.955	1	94.9
1.6-1.64	6.6	0.279	5794	0.987	1	94.7
1.64-1.68	6.7	0.235	5784	1.046	1	94.5
1.68-1.73	6.6	0.199	5842	1.099	1	95.2
1.73-1.79	6.6	0.163	5806	1.186	1	94.7
1.79-1.85	6.6	0.135	5801	1.226	1	95.6
1.85-1.93	6.6	0.112	5891	1.388	1	95.6
1.93-2.01	6.5	0.091	5913	1.446	1	96.5
2.01-2.12	6.6	0.078	5943	1.62	1	97.7
2.12-2.25	6.7	0.069	6075	1.814	1	99.2
2.25-2.43	7	0.065	6137	1.886	1	99.8
2.43-2.67	7.3	0.058	6116	1.994	1	100
2.67-3.06	7.6	0.052	6132	2.189	1	100
3.06-3.85	7.7	0.044	6097	2.384	1	100
3.85-20	7.6	0.039	6107	2.339	1	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0028	精密化
SHELX		精密化
DENZO		データ削減
PDB_EXTRACT		データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.42→19.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 1.247 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20706	3115	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17755	-	-	-
obs	0.17909	58225	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.743 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→19.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2555	0	11	382	2948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.495	1.944	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.626	5	326
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.512	23.089	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.31	15	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.021	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	1819
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.211	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.015	1.5	1617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.758	2	2597
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.509	3	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.962	4.5	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.42→1.452 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	168	-
R_work	0.338	3591	-
obs	-	-	81.36 %

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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