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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ozq | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of apo-MUP | ||||||
要素 | Novel member of the major urinary protein (Mup) gene family | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / Lipocalin / Beta Barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of lipid metabolic process / pheromone binding / negative regulation of lipid biosynthetic process / odorant binding / energy reserve metabolic process / positive regulation of glucose metabolic process / insulin receptor activity / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / negative regulation of lipid storage ...positive regulation of lipid metabolic process / pheromone binding / negative regulation of lipid biosynthetic process / odorant binding / energy reserve metabolic process / positive regulation of glucose metabolic process / insulin receptor activity / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to lipid / negative regulation of lipid storage / heat generation / small molecule binding / locomotor rhythm / negative regulation of gluconeogenesis / mitochondrion organization / aerobic respiration / glucose homeostasis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / extracellular space / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Dennis, C.A. / Homans, S.W. / Phillips, S.E.V. / Syme, N.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2007 タイトル: Origin of heat capacity changes in a "nonclassical" hydrophobic interaction. 著者: Syme, N.R. / Dennis, C. / Phillips, S.E. / Homans, S.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ozq.cif.gz | 86.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ozq.ent.gz | 64.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ozq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ozq_validation.pdf.gz | 426.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ozq_full_validation.pdf.gz | 428 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ozq_validation.xml.gz | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ozq_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/2ozq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oz/2ozq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1qy0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20139.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Swiss / 遺伝子: MUP1 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: A2BIN1, UniProt: P11589*PLUS | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.18 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 55 mM Cadmium Chloride, 0.1 M Malate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月31日 |
放射 | モノクロメーター: MSC Confocal Max-Flux optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→42.4 Å / Num. all: 16532 / Num. obs: 16532 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 16.883 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2623 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 95.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1QY0 解像度: 1.8→42.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / SU B: 6.239 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.865 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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