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万見
- PDB-2ozj: CRYSTAL STRUCTURE OF A CUPIN SUPERFAMILY PROTEIN (DSY2733) FROM D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ozj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A CUPIN SUPERFAMILY PROTEIN (DSY2733) FROM DESULFITOBACTERIUM HAFNIENSE DCB-2 AT 1.60 A RESOLUTION
要素Cupin 2, conserved barrel
キーワードUNKNOWN FUNCTION / CUPIN SUPERFAMILY PROTEIN / CUPIN 2 / CONSERVED BARREL / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


RmlC-like cupin domain superfamily / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic nucleotide-binding protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Cupin 2, conserved barrel (EAT53321.1) from Desulfitobacterium hafniense DCB-2 at 1.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cupin 2, conserved barrel
B: Cupin 2, conserved barrel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0633
ポリマ－25,9702
非ポリマー921
水2,432135
1
A: Cupin 2, conserved barrel

A: Cupin 2, conserved barrel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9702
ポリマ－25,9702
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area10280 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Cupin 2, conserved barrel
ヘテロ分子

B: Cupin 2, conserved barrel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1554
ポリマ－25,9702
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3510 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10180 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)40.930, 69.790, 150.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-186-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11MSEMSEAA1 - 1102 - 111
22ALAALABB2 - 1103 - 111
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS A TRIMER IN SOLUTION. HOWEVER, THE PISA SERVER PREDICTS THE DIMER TO BE STABLE.

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要素

#1: タンパク質 Cupin 2, conserved barrel


分子量: 12985.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
株: DCB-2 / 遺伝子: EAT53321.1, Dhaf_2995 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q18ZY6, UniProt: B8FSC7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: NANODROP, 0.25M Sodium chloride, 33.0% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M Tris-HCl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97941, 0.97917
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月6日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979411
30.979171
反射解像度: 1.6→28.88 Å / Num. obs: 28987 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 22.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 14.16
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsDiffraction-ID% possible all
1.6-1.6697.30.6752.120962197.3
1.66-1.7299.80.5262.718925199.8
1.72-1.899.70.3723.821490199.7
1.8-1.999.70.2525.522010199.7
1.9-2.0299.80.1638.321232199.8
2.02-2.1799.90.10212.420140199.9
2.17-2.391000.0716.6214241100
2.39-2.7399.80.05421.420862199.8
2.73-3.4499.60.03729.621054199.6
3.44-28.998.10.02339.220620198.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→28.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 4.453 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.092
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. THE GEOMETRY OF THE SEVERAL REGIONS ARE POOR DUE TO DISORDER. THESE REGIONS ARE RESIDUES 3-5, 19-30, 47-51 AND 108-110 IN A AND B SUBUNITS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21269 1475 5.1 %RANDOM
Rwork0.1822 ---
obs0.18374 28943 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.049 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3----1.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1674 0 6 135 1815
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221840
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7481.9952509
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96633032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1835245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.48925.13574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.45515329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.374159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2298
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022074
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02343
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.21277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.2852
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21088
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0020.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2830.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2920.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.331246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7393470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.13751916
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0478680
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.41211591
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1237 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.780.5
medium thermal1.412
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 92 -
Rwork0.244 1987 -
obs--97.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.49260.41080.42410.5291.54218.69970.0508-0.1575-0.11420.11310.05450.01490.4950.4015-0.1053-0.04380.03370.0017-0.079-0.0116-0.07895.13132.71269.3193
20.97770.0696-0.43851.06240.1633.7894-0.05430.1749-0.1589-0.19830.01020.04970.1515-0.17820.0441-0.1031-0.02610.0002-0.1018-0.0162-0.056-2.182340.194528.3239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1102 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 1103 - 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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