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- PDB-2oza: Structure of p38alpha complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oza
タイトルStructure of p38alpha complex
要素
  • MAP kinase-activated protein kinase 2
  • Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードSIGNALING PROTEIN/TRANSFERASE / SERINE/THREONINE KINASE / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / P38A / MK2 / SIGNALING PROTEIN-TRANSFERASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


macropinocytosis / CREB phosphorylation / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / ERK/MAPK targets ...macropinocytosis / CREB phosphorylation / calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / ERK/MAPK targets / leukotriene metabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / NOD1/2 Signaling Pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / regulation of tumor necrosis factor production / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / mitogen-activated protein kinase binding / regulation of interleukin-6 production / positive regulation of macrophage cytokine production / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / cartilage condensation / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / D-glucose import / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / response to dietary excess / inner ear development / MAP kinase activity / regulation of ossification / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mitogen-activated protein kinase / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to heat / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / regulation of mRNA stability / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / Neutrophil degranulation / positive regulation of erythrocyte differentiation / osteoclast differentiation / response to cytokine / DNA damage checkpoint signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / positive regulation of D-glucose import / stem cell differentiation / cellular response to ionizing radiation / Regulation of TNFR1 signaling / response to insulin / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / placenta development / cellular response to virus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / spindle pole / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / kinase activity / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / angiogenesis / Oxidative Stress Induced Senescence / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / non-specific serine/threonine protein kinase / calmodulin binding
類似検索 - 分子機能
Protein kinase-like (PK-like) / MAP kinase activated protein kinase 2 / MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / : / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Few Secondary Structures ...Protein kinase-like (PK-like) / MAP kinase activated protein kinase 2 / MAP kinase activated protein kinase, C-terminal / : / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Few Secondary Structures / Irregular / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase-activated protein kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者White, A. / Pargellis, C.A. / Studts, J.M. / Werneburg, B.G. / Farmer II, B.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Molecular basis of MAPK-activated protein kinase 2:p38 assembly
著者: White, A. / Pargellis, C.A. / Studts, J.M. / Werneburg, B.G. / Farmer II, B.T.
履歴
登録2007年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAP kinase-activated protein kinase 2
B: Mitogen-activated protein kinase 14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0832
ポリマ－83,0832
非ポリマー00
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area30450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.310, 83.310, 231.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is a heterodimer containing one p38alpha and one MK2 molecules

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要素

#1: タンパク質 MAP kinase-activated protein kinase 2 / E.C.2.7.11.1 / MAPK-activated protein kinase 2 / MAPKAP kinase 2 / MAPKAPK-2 / MK2


分子量: 40983.469 Da / 分子数: 1 / 断片: MK2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPKAPK2 / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P49137, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / E.C.2.7.11.24 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / CRK1


分子量: 42099.969 Da / 分子数: 1 / 断片: P38A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 5 to 20% PEG 4000, 100mM Na Citrate, 5mM DTT, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月29日 / 詳細: SGX-CAT
放射モノクロメーター: SGX-CAT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→26.8 Å / Num. all: 23258 / Num. obs: 22784 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rsym value: 0.115 / Χ2: 0.9 / Net I/σ(I): 8.8 / Scaling rejects: 19252
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.74 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured all: 12295 / Num. unique all: 1924 / Rsym value: 0.59 / Χ2: 1.07 / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4SSIdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
SGX-CATデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→26.8 Å / FOM work R set: 0.721 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 1110 4.8 %RANDOM
Rwork0.239 ---
all-23258 --
obs-22770 97.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 72.691 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→26.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5440 0 0 60 5500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.094
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.7-2.740.472420.433806848
2.74-2.790.405420.42847889
2.79-2.840.488530.426888941
2.84-2.890.618400.4359801020
2.89-2.940.441470.4059731020
2.94-30.468460.389861032
3-3.070.406580.3619851043
3.07-3.140.384430.3429771020
3.14-3.220.377430.29910161059
3.22-3.30.338490.2769821031
3.3-3.40.325430.2559911034
3.4-3.510.302530.27710141067
3.51-3.640.316620.2449721034
3.64-3.780.29500.22910131063
3.78-3.950.279490.21410041053
3.95-4.160.28670.2119901057
4.16-4.420.24510.19110071058
4.42-4.770.278560.19310121068
4.77-5.250.262450.20510351080
5.25-60.232460.22810541100
6-7.570.283690.20510441113
7.57-500.010.244560.19510841140
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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